2013年10月24日，财政部、国家税务总局联合发布《关于重新印发<</FONT>总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法>的通知》(财税〔2013〕74号)，首次提出营业税改征增值税试点纳税人总分支机构年度清算方式。11月28日，国家税务总局颁布《关于发布<</FONT>航空运输企业增值税征收管理暂行办法>的公告》(国家税务总局公告2013年第68号)，对航空运输企业总分支机构年度清算方式做了进一步说明。该年度清算方式与土地增值税项目清算、企业所得税汇算清缴(包括跨地区经营汇总纳税)明显不同，表现在：
1、并非普通意义上的多退少补。由于总机构在季度合并纳税时已计算当期应补(退)增值税额，因此在第四季度增值税纳税申报期结束时(如果已正常申报缴纳)，总分支机构并不存在对国家层面的增值税补缴义务。这完全不同于土地增值税项目清算、企业所得税年度汇算清缴意义上的多退少补。
2、这种年度清算是总分支机构应税服务增值税总体税负的再平衡，其结果是总分支机构处在同一税负水平。由于按总分支机构应税服务销售额比例进行清算，因此总分支机构应税服务增值税总体税负最终应保持一致。这种总分支机构税负再平衡也与跨地区经营企业所得税汇总纳税有所不同。
3、这种税负的再平衡是通过分支机构应税服务预缴增值税的暂停或补缴自动实现的。这是该年度清算方式最精妙之处，通常在年度结束时，总分支机构应税服务实际已纳增值税负会有差异，但通过分支机构预缴增值税的暂停或补缴，只需一个或数个纳税申报期便会自动平衡。不平衡-平衡-不平衡，就这样循环往复，但国家层面的增值税款在任何一个申报缴纳期(如果已正常申报缴纳)结束时都不曾丧失。
