江苏省无锡市惠山区地税局稽查局在个人所得税专项检查中，对某工程设计公司采用员工工资打卡少缴个人所得税的违法问题进行了查处。
　　该公司主要从事基桩工程检测、工程勘察、工程设计及设计前期工程的可行性研究及技术咨询业务，公司员工收入较高，因此检查人员将公司员工工资、薪金类收入作为本次稽查重点。在与财务人员沟通后了解到，该公司发放员工工资都通过一个固定的银行账户，因此检查人员决定先了解这一银行账户的进出情况。
　　通过核对银行账户对账单的发放记录与银行日记账后，发现银行对账单上反映公司2010年通过该账户共划出资金3596.6万元，而银行日记账上仅反映划出2838万元，相差758.6万元。2011年情况也是如此，对账单上反映该账户共划出资金4401万元，而银行日记账上仅反映划出4114万元，相差287万元。
　　根据这一重大疑点，检查人员按法定程序到该公司的工资发放银行调取了2010年、2011年度所有发放到员工工资卡上的工资薪金记录。结果表明：银行提供的工资发放信息与对账单反映内容基本一致，而企业银行日记账存在问题。通过逐笔核对，检查人员很快查出差异：
　　2010年1月，银行工资卡发放记录和银行对账单均反映发放工资奖金1127万元，而银行日记账仅反映375万元。2010年6月，银行工资卡发放记录和银行对账单均反映发放款项6.6万元，银行日记账未有反映。
　　2011年2月，银行工资卡发放记录和银行对账单均反映发放工资奖金793万元，而银行日记账仅反映685万元。2011年7月，银行工资卡发放记录和银行对账单反映发放款项153万元，银行日记账上未有反映。2011年8月，银行工资卡发放记录和银行对账单反映发放款项26万元，银行日记账上未有反映。
　　检查人员进一步核对了银行提供的明细发放清单与企业提供的职工花名册，发现差异金额中有一部分发给了企业职工个人。那这部分工资奖金是否进行了账务处理了呢？还是在账外进行支付的？带着这个疑问，检查人员审核了公司的成本及费用的相关账册、凭证。发现该公司2010年、2011年分别开具劳务费专用发票380万元和160万元，大部分原始凭证后面并未附明细发放清单。通过对财务人员及公司人事部门相关人员的询问，了解到公司外聘人员的情况并不算多，因此基本可以确定公司通过开具劳务费专用发票的形式，发放职工工资薪金。
　　此外，检查人员还发现2010年劳务费支付账面上有一组奇怪的数字：12月30日支付常州市某公司合作费60万元、支付盐城市某公司合作费60万元、支付苏州市某公司设计费60万元，原始凭证后面分别附了3份银行汇票。3个公司支付的金额惊人相同，这种情况并不多见。检查人员要求查看相关业务合同，财务人员说合同找不到了。检查人员对这3笔支付业务打了个问号。
　　为核实业务的真实性和资金的真正去向，检查人员向上述3家企业所在地的税务机关发出了协查函，回复结果为：3家企业从未收到该笔资金。检查人员再次到银行进行深入调查，发现3张汇票均通过两次背书于2011年初直接解入企业代发工资账户，并发放给本企业职工，企业在财务账面上未反映该业务内容。另有一笔6.6万元公司收到的代扣代缴个人所得税手续费，也通过银行直接上卡发放，未作账务处理。
　　通过银行账户调查和税收协查、外调、询问等取证方式，该公司职工工资薪金所得的真实情况浮出水面。该公司2010年开具劳务费发票380万元，其中342万元用于发放本单位职工工资，利用以前年度结余的劳务费418万元发放本单位职工工资，少代扣代缴个人所得税279万元。2011开具劳务费发票160万元，其中75万元用于发放本单位职工工资，利用以前年度结余的劳务费186万元发放本单位职工工资。
　　最终，税务机关责成该公司补扣缴2010年个人所得税279万元，2011年个人所得税162万元。