总机构如何确认分配因素？
    答：《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函2009221号）规定，企业年度应纳所得税额应采用各分支机构汇算清缴所属年度的三因素（即经营收入、职工工资和资产总额）计算确定。《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发200828号）（以下简称28号文）第二十七条规定，各分支机构的经营收入、职工工资和资产总额的数据均以企业财务会计决算报告数据为准，其中，资产总额应按照期末余额确认。
    总机构确认的分配比例如何使用？
    答：为提高分配比例使用效率，减轻纳税人报送负担，总机构只需在年度汇算清缴时报送一次分配比例，且此分配比例不仅用于年度申报时计算企业所得税的依据，同时也作为本年度三、四季度至下年度一、二季度计算分配企业所得税的依据。
    总机构为小型微利企业的，其分支机构是否参与分配且就地预缴企业所得税？
    答：28号文第十二条规定，上年度认定为小型微利企业的，其分支机构不就地预缴企业所得税。
    新设立的分支机构如何参与分配？
    答：28号文第十三条规定，新设立的分支机构，设立当年不就地预缴季度企业所得税。这就意味着新设立的分支机构当年季度申报时不用参与分配，由总机构汇总纳税。同时，为便于新设立的分支机构第二年的下半年参与分配，其在新设立的年度申报时应参与分配。
    注销的分支机构如何参与分配？
    答：注销的分支机构在注销的当年季度和次年的第一、二季度时只分配不申报，在年度时不参与分配。注销的当年和次年年终由总机构上门申报，同时将注销的分支机构应分摊未申报的税款调减主表第34行“本年累计实际已预缴的所得税额”。
    总分支机构如何办理退补税？
    答：28号文第二十二条规定，总机构在年度终了后5个月内，应依照法律、法规和其他有关规定进行汇总纳税企业的所得税年度汇算清缴，办理退  补税事项。各分支机构不进行企业所得税汇算清缴。
    分支机构的财产损失如何申报扣除？
    答：28号文第三十七条规定，分支机构的各项财产损失，应由分支机构所在地主管税务机关审核并出具证明后，再由总机构向所在地主管税务机关申报扣除。
    实行跨地区汇总纳税的总分支机构能否核定征收所得税？
    答：《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理有关问题的通知》（国税函2008747号）规定，跨地区汇总纳税企业的所得税收入涉及到跨区利益，跨区法人应健全财务核算制度并准确计算经营成果，不适用《国家税务总局关于印发〈企业所得税核定征收办法（试行）〉的通知》（国税发200830号）。如分支机构被核定，则该分支机构不应再参与分配。
    如何界定新设立分支机构的征管范围？
    答：《国家税务总局关于调整新增企业所得税征管范围问题的通知》（国税发2008120号）规定，2008年底之前已成立跨区经营汇总纳税企业，2009年起新设立的分支机构，其企业所得税的征管部门应与总机构企业所得税征管部门相一致；2009年起新增跨区经营汇总纳税企业，总机构按基本规定确定的原则划分征管归属，其分支机构企业所得税的管理部门也应与总机构企业所得税管理部门相一致。
    分支机构的资产如何办理加速折旧申请？
    答：《国家税务总局关于企业固定资产加速折旧所得税处理有关问题的通知》（国税发200981号）规定，适用总、分机构汇总纳税的企业，对其所属分支机构使用的符合《实施条例》第九十八条及本通知规定情形的固定资产采取缩短折旧年限或者采取加速折旧方法的，由其总机构向其所在地主管税务机关备案。分支机构所在地主管税务机关应负责配合总机构所在地主管税务机关实施跟踪管理。
    原先享受定期减免过渡税收优惠的分支机构如何申报？
    答：《国家税务总局关于执行企业所得税优惠政策若干问题的通知》（财税200969号）规定，企业在2007年3月16日之前设立的分支机构单独依据原内、外资企业所得税法的优惠规定已享受有关税收优惠的，凡符合《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发200739号）所列政策条件的，该分支机构可以单独享受国发200739号规定的企业所得税过渡优惠政策。
    总机构在2009年企业所得税汇算清缴时应注意哪些事项？
    答：一是要如实填写和报送下列有关资料：总机构及分支机构基本情况、分支机构征税方式、分支机构的预缴税情况；二是要先报送《企业所得税汇总纳税分支机构分配比例审核表》，由税收管理员录入系统后再进行申报。