按照国税发[2009] 91号文件第三条对土地增值税清算的定义： "《规程》所称土地增值税清算，是指纳税人在符合土地增值税清算条件后，依照税收法律、法规及土地增值税有关政策规定，计算房地产开发项目应缴纳的土地增值税税额，并填写《土地增值税清算申报表》，向主管税务机关提供有关资料，办理土地增值税清算手续，结清该房地产项目应缴纳土地增值税税款的行为"。也就是说，清算实质上是一种计算税款、申报并同时缴纳的过程。审核实质上就是由税务机关针对纳税人提供的清算报告、鉴证报告及其他资料进行审核，判定纳税人是否需要在自行申报缴纳后补税、退税的过程。这种审核与其他税种的申报审核并无不同，但是与企业所得税汇算清缴的审核最为接近。税务机关在清算审核时，按照下列程序下进行：
一、清算条件审核：
(一)应清算情况：按照国税发[2006]187号文件第二条和国税发[2009] 91号文件第九、第十一条的要求，符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算：
1.房地产开发项目全部竣工、完成销售的；
2.整体转让未竣工决算房地产开发项目的；
3.直接转让土地使用权的。
4.纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；
符合应清算条件的纳税人，须在满足清算条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续。
纳税人办理土地增值税清算应报送企业的清算土地增值税书面申请、土地增值税纳税申报表及附表、房地产开发项目清算说明、其他税务机关根据实际需要要求纳税人报送的其他纳税资料(《中华人民共和国税收征收管理法》第二十五条)。
纳税人委托税务中介机构审核鉴证的清算项目，还应报送中介机构出具的《土地增值税清算税款鉴证报告》。
如果未在90日内办理清算手续、报送纳税申报表、缴纳税款的，按照《中华人民共和国税收征收管理法》第六十二条规定，由税务机关下达责令限期改正通知书，责令限期申报，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。
(二)可清算情况：按照国税发[2006]187号文件第二条和国税发[2009] 91号的第十条、第十一条的要求，符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算
1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；
2.取得销售(预售)许可证满三年仍未销售完毕的；
3.省税务机关规定的其他情况。
符合可清算条件的纳税人，对于确定需要进行清算的项目，由主管税务机关下达清算通知，纳税人应当在收到清算通知之日起90日内办理清算手续。(报送资料同应清算情况中所需资料)。
如果未在90日内办理清算手续、报送纳税申报表的，按照《中华人民共和国税收征收管理法》第六十二条规定，由税务机关下达责令限期改正通知书，责令限期申报，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。
主管税务机关按照国税发[2009] 91号文件第六条进行项目管理时，参照国税发[2009] 91号文件第十四条规定，对符合税务机关可要求纳税人进行清算情形的，应当作出评估，并经分管领导批准，确定何时要求纳税人进行清算的时间。
对确定暂不通知清算的，应继续做好项目管理，每年作出评估，及时确定清算时间并通知纳税人办理清算。
二、拒不办理清算手续、依法申报缴纳税款的行为处理
对于达到应清算条件的土地增值税清算项目，税务机关下达责令限期改正通知书，责令限期申报，纳税人仍不依法申报缴纳税款的，按照《中华人民共和国税收征收管理法》第三十五条规定、河南省地方税务局2011年第10号公告第一条第三项第二款，下达税务事项通知书，按照10%的核定征收率实行核定征收。
对于达到可清算条件的土地增值税清算项目，税务机关下达税务事项通知书后，纳税人未在90日向税务机关递交清算报告进行纳税申报缴纳税款。税务机关下达责令限期改正通知书，责令限期申报，纳税人仍不依法申报缴纳税款的，按照《中华人民共和国税收征收管理法》第三十五条规定、河南省地方税务局2011年第10号公告第一条第三项第二款，下达税务事项通知书，按照10%的核定征收率实行核定征收。
三、税务机关组织审核前的受理程序
按照国税发2009 91号第十三条的规定，主管税务机关收到纳税人清算资料后，对符合清算条件的项目，且报送的清算资料完备的，对纳税人下达土地增值税清算审核受理通知书，予以受理；
符合清算条件、但报送的清算资料不全的，主管税务机关应要求纳税人在规定限期内补报，纳税人在规定的期限内补齐清算资料后，对纳税人下达土地增值税清算审核受理通知书，予以受理。
对不符合清算条件的项目，不予受理。
上述具体期限由各省、自治区、直辖市、计划单列市税务机关确定。
河南省地方税务局豫地税函[2009] 188号文件规定，纳税人报送的土地增值税清算资料不全的，主管税务机关应要求纳税人在3个工作日内补齐资料。
主管税务机关已受理的清算申请，纳税人无正当理由不得撤消。
四、 税务机关组织审核的工作程序
主管税务机关受理纳税人清算资料后，按照国税发[2009]91号文件第十五条规定，主管税务机关应在一定期限内及时组织清算审核。上述具体期限由各省、自治区、直辖市、计划单列市税务机关确定。
豫地税函[2009] 188号文件，对具体期限明确如下：
县(市区)级主管税务机关受理纳税人土地增值税清算资料后，应及时组织人员审核，对清算资料齐全的，应在30日内审核完毕；对清算资料不齐全或分期开发项目在5年以上的，应在60日之内审核完毕。
五、纳税人不配合税务机关进行清算审核的法律责任
按照《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第九十六条规定，纳税人、扣缴义务人有下列情形之一的，依照税收征管法第七十条的规定处罚：
(一)提供虚假资料，不如实反映情况，或者拒绝提供有关资料的；
(二)拒绝或者阻止税务机关记录、录音、录像、照相和复制与案件有关的情况和资料的；
(三)在检查期间，纳税人、扣缴义务人转移、隐匿、销毁有关资料的；
(四)有不依法接受税务检查的其他情形的。
《中华人民共和国税收征收管理法》第七十条规定纳税人、扣缴义务人逃避、拒绝或者以其他方式阻挠税务机关检查的，由税务机关责令改正，可以处一万元以下的罚款；情节严重的，处一万元以上五万元以下的罚款。(此款解释上位法，疑似越权无效)
《刑法》第十百六十二条规定，隐匿或者故意销毁依法应当保存的会计凭证、会计帐薄、财务会计报告，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处二万元以上二十万元以下罚金。
单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。
按照《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定》(公通字2010 23号)第八条规定，隐匿或者故意销毁依法应当保存的会计凭证、会计账簿、财务会计报告，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉:
(一)隐匿、故意销毁的会计凭证、会计账簿、财务会计报告涉及金额在五十万元以上的;
(二)依法应当向司法机关、行政机关、有关主管部门等提供而隐匿、故意销毁或者拒不交出会计凭证、会计账簿、财务会计报告的;
(三)其他情节严重的情形。
六、税务代理人违法代理的法律责任
(一)按照《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第九十八条规定，税务代理人违反税收法律、行政法规，造成纳税人未缴或者少缴税款的，除由纳税人缴纳或者补缴应纳税款、滞纳金外，对税务代理人处纳税人未缴或者少缴税款50%以上3倍以下的罚款。
(二)《刑法》第二百二十九条规定：【提供虚假证明文件罪】承担资产评估、验资、验证、会计、审计、法律服务等职责的中介组织的人员故意提供虚假证明文件，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金。
前款规定的人员，索取他人财物或者非法收受他人财物，犯前款罪的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
第一款规定的人员，严重不负责任，出具的证明文件有重大失实，造成严重后果的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
(三)2010年5月7日最高人民检察院、公安部《关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定(二)》(公通字[2010]23号)第81条规定："承担资产许估、验资、验证、会计、审计、法律服务等职责的中介组织的人员故意提供虚假证明文件，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
1.给国家、公众或者其他投资者造成直接经济损失数额在50万元以上的；
2.违法所得数额在10万元以上的；
3.虚假证明文件虚构数额在100万元且占实际数额30%以上的；
4.虽未达到上述数额标准，但具有下列情形之一的：
(I)在提供虚假证明文件过程中索取或者非法接受他人财物的；
(2)两年内因提供虚假证明文件，受过行政处罚二次以上，又提供虚假证明文件的；
5.其他情节严重的情形。"
(四)《关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定(二)》(公通字[2010]23号)第八十二条规定，承担资产评估、验资、验证、会计、审计、法律服务等职责的中介组织的人员严重不负责任，出具的证明文件有重大失实，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
1.给国家、公众或者其他投资者造成直接经济损失数额在一百万元以上的；
2.其他造成严重后果的情形。
(五)2009年12月3日最高人民法院、最高人民检察院《关于办理妨害信用卡管理刑事案件具体应用法律若干问题的解释》(法释〔2009〕19号)第4条第2款规定："承担资产评估、验资、验证、会计、审计、法律服务等职责的中介组织或其人员，为信用卡申请人提供虚假的财产状况、收入、职务等资信证明材料，应当追究刑事责任的，依照刑法第二百二十九条的规定，分别以提供虚假证明文件罪和出具证明文件重大失实罪定罪处罚。"
七、关于"经税务机关通知申报"的认定
最高人民法院关于审理偷税抗税刑事案件具体应用法律若干问题的解释》(法释[2002]33号)第二条规定：纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁用于记帐的发票等原始凭证的行为，应当认定为刑法第二百零一条第一款规定的伪造、变造、隐匿、擅自销毁记帐凭证的行为。
具有下列情形之一的，应当认定为刑法第二百零一条第一款规定的"经税务机关通知申报"：
(一)纳税人、扣缴义务人已经依法办理税务登记或者扣缴税款登记的；
(二)依法不需要办理税务登记的纳税人，经税务机关依法书面通知其申报的；
(三)尚未依法办理税务登记、扣缴税款登记的纳税人、扣缴义务人，经税务机关依法书面通知其申报的。
八、关于"虚假申报"的认定
《刑法》第二百零一条第一款规定的"虚假的纳税申报"，是指纳税人或者扣缴义务人向税务机关报送虚假的纳税申报表、财务报表、代扣代缴、代收代缴税款报告表或者其他纳税申报资料，如提供虚假申请，编造减税、免税、抵税、先征收后退还税款等虚假资料等。
九、虚开普通发票承担的法律责任
《发票管理办法》第二十二条规定：开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。
任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：
(一)为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
(二)让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
(三)介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。
《刑法》修正案(八)第三十三条规定，在刑法第二百零五条后增加一条，作为二百零五条之一："虚开本法第二百零五条规定以外的其他发票，情节严重的，处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金。单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。"
十、税务人员违法行政的法律责任：
《中华人民共和国税收征收管理法》相关规定：
第七十七条纳税人、扣缴义务人有本法第六十三条、第六十五条、第六十六条、第六十七条、第七十一条规定的行为涉嫌犯罪的，税务机关应当依法移交司法机关追究刑事责任。
税务人员徇私舞弊，对依法应当移交司法机关追究刑事责任的不移交，情节严重的，依法追究刑事责任。
第八十条税务人员与纳税人、扣缴义务人勾结，唆使或者协助纳税人、扣缴义务人有本法第六十三条、第六十五条、第六十六条规定的行为，构成犯罪的，依法追究刑事责任；尚不构成犯罪的，依法给予行政处分。
第八十一条 税务人员利用职务上的便利，收受或者索取纳税人、扣缴义务人财物或者谋取其他不正当利益，构成犯罪的，依法追究刑事责任；尚不构成犯罪的，依法给予行政处分。
第八十二条 税务人员徇私舞弊或者玩忽职守，不征或者少征应征税款，致使国家税收遭受重大损失，构成犯罪的，依法追究刑事责任；尚不构成犯罪的，依法给予行政处分。
税务人员滥用职权，故意刁难纳税人、扣缴义务人的，调离税收工作岗位，并依法给予行政处分。
税务人员对控告、检举税收违法违纪行为的纳税人、扣缴义务人以及其他检举人进行打击报复的，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第八十四条 违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收的开征、停征或者减税、免税、退税、补税以及其他同税收法律、行政法规相抵触的决定的，除依照本法规定撤销其擅自作出的决定外，补征应征未征税款，退还不应征收而征收的税款，并由上级机关追究直接负责的主管人员和其他直接责任人员的行政责任；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第八十五条 税务人员在征收税款或者查处税收违法案件时，未按照本法规定进行回避的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分。
第八十七条 未按照本法规定为纳税人、扣缴义务人、检举人保密的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，由所在单位或者有关单位依法给予行政处分。
《中华人民共和国刑法》的相关规定：
第四百零二条【徇私舞弊不移交刑事案件罪】行政执法人员徇私舞弊，对依法应当移交司法机关追究刑事责任的不移交，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役；造成严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑。
第四百零四条【徇私舞弊不征、少征税款罪】税务机关的工作人员徇私舞弊，不征或者少征应征税款，致使国家税收遭受重大损失的，处五年以下有期徒刑或者拘役；造成特别重大损失的，处五年以上有期徒刑。
第四百零五条【徇私舞弊发售发票、抵扣税款、出口退税罪；违法提供出口退税凭证罪】税务机关的工作人员违反法律、行政法规的规定，在办理发售发票、抵扣税款、出口退税工作中，徇私舞弊，致使国家利益遭受重大损失的，处五年以下有期徒刑或者拘役；致使国家利益遭受特别重大损失的，处五年以上有期徒刑。
十一、《刑法》中的危害税收征管罪：
第二百零一条【逃税罪】纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
扣缴义务人采取前款所列手段，不缴或者少缴已扣、已收税款，数额较大的，依照前款的规定处罚。
对多次实施前两款行为，未经处理的，按照累计数额计算。
有第一款行为，经税务机关依法下达追缴通知后，补缴应纳税款，缴纳滞纳金，已受行政处罚的，不予追究刑事责任；但是，五年内因逃避缴纳税款受过刑事处罚或者被税务机关给予二次以上行政处罚的除外。
第二百零二条【抗税罪】以暴力、威胁方法拒不缴纳税款的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处拒缴税款一倍以上五倍以下罚金；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处拒缴税款一倍以上五倍以下罚金。
第二百零三条【逃避追缴欠税罪】纳税人欠缴应纳税款，采取转移或者隐匿财产的手段，致使税务机关无法追缴欠缴的税款，数额在一万元以上不满十万元的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处欠缴税款一倍以上五倍以下罚金；数额在十万元以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处欠缴税款一倍以上五倍以下罚金。
十二、税务稽查
纳税人向税务机关申报缴纳土地增值税，经税务机关审核后，不影响税务稽查的正常执法。
