案情介绍：
　　某房地产开发公司开发商品住宅楼一幢，底层为商铺，面积1000平方米，商铺以上为普通标准住宅，面积为5000平方米，合计6000平方米。该住宅楼项目土地成本为120万元，房屋开发成本600万元，其他费用按比例扣除。该项目商铺收入为500万元，普通标准住宅收入为500万元，合计1000万元，营业税金及附加55万元。请问应如何计算缴纳商铺住宅联体楼的土地增值税？
　　涉税分析：
　　《中华人民共和国土地增值税暂行条例》(国务院令第138号)第八条规定："纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税。"但在房地产开发经营中，多数房地产开发企业为了获得尽量大的经济效益，将一些普通标准住宅商品楼的底层部分作为商铺开发销售。对开发这种商铺与住宅联体的商住楼的纳税问题，《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]048号)明确规定：对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用条例第八条的免税规定。
　　由于税法只明确要求分开核算增值额，而对如何计算土地增值税没有具体规定，在实际征收计算中，就会形成两种土地增值税计算方法：一种是按核算项目先整体计算增值额和增值率，确定相应税率后，再按面积分别核算增值额，计算土地增值税；另一种是先按面积分开项目计算增值额与增值率，再分别确定适用税率计算增值税。现将两种计算方法分别阐述如下。
　　方法一：按核算项目先整体计算增值额和增值率，确定相应税率后，再按面积分别核算增值额，计算土地增值税。
　　扣除项目=土地成本+房屋开发成本+费用扣除10%+加计扣除20%+税金=120+600+(120+600)×10%+(120+600)×20%+55=991(万元)。
　　增值额=收入-扣除项目=(500+500)-991=9(万元)。
　　增值率=增值额÷扣除项目×100%=9÷991×100%=0.9%。低于50%，适用30%的税率。
　　由于增值率未超过20%，因此5000平方米普通标准住宅免土地增值税。
　　商铺应纳的土地增值税=9×1000÷6000×30%=0.45(万元)。
　　方法二：先按面积分开项目计算增值额与增值率，再分别确定适用税率计算增值税。
　　普通标准住宅扣除项目=120×5000÷6000+600×5000÷6000+(100+500)×30%+27.5=807.5(万元)(除税金及附加外其他按面积分摊)。
　　普通标准住宅增值额=500-807.5=-307.5(万元)，无增值额。
　　商铺扣除项目=120×1000÷6000+600×1000÷6000+(20+100)×30%+27.5=183.5(万元)；
　　商铺增值额=500-183.5=316.5(万元)；
　　商铺增值率=316.5÷183.5×100%=172%，适用50%的税率。
　　商铺应纳土地增值税=316.5×50%-183.5×15%=130.725(万元)。
　　由此可见，两种方法计算相差悬殊，按第一种方法应纳的土地增值税为0.45万元，按第二种方法应纳土地增值税为130.725万元。
　　到底应该选择方法一还是选择方法二呢？对于企业来讲，应该选择方法一可以使企业节省130.275万元土地增值税(130.725万元-0.45)，对于需要及时完成税收任务的税务机关来讲，更倾向与按照方法二进行计算土地增值税。从现有的税法来看，方法一是正确的税务处理方式。《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》(财法字[1995]6号)第八条规定："土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。"第一种土地增值税计算方法符合按"最基本的核算项目或核算对象为单位计算"的规定，而且计算出整体项目增值额后，按面积进行了增值额分摊，也符合财税字[1995]48号"分别核算增值额"的规定。第二种计算方法虽然符合税法"分别核算增值额"的规定，但是显然不符合"纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算"的规定。