一、农业生产者个人销售自产农产品的进项抵扣。根据发票管理办法的规定，特殊情况下由付款方向收款方开具发票。但“特殊情况下由付款方向收款方开具发票”是指收购单位支付个人款项时开具的发票。因此，一般纳税人直接向个人购买农产品，应当由购买方开具发票。对于直接向农业生产购买其自产的农产品，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条的规定，购买农产品可以按照农产品收购发票上注明的农产品买价和扣除率计算抵扣。在收购发票的开具上，《国家税务总局关于明确营改增试点若干征管问题的公告》(国家税务总局公告2016年第26号)明确规定，餐饮行业增值税一般纳税人购进农业生产者自产农产品，可以使用国税机关监制的农产品收购发票，按照现行规定计算抵扣进项税额。湖北省国家税务局规定：向农业生产者个人购进自产农产品，餐饮企业可开具增值税普通发票(系统在发票左上角自动打印“收购”字样)，并按照增值税普通发票上注明的农产品买价和扣除率(扣除率为10%，但购进农产品用于生产销售16%的,扣除率为12%，下同)计算进项税额。但如果属于个人自产农产品，在自行开具收购发票时，务必保留销售方的身份证、具体住址等有关信息，以便税务机关日后稽查核实。

　　二、农业生产单位销售自产农产品的进项抵扣。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条第二款第(三)项的规定，购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式:进项税额=买价×扣除率。根据《财政部、税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》(财税〔2017〕37号)的规定，所称销售发票，是指农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票。因此，自产免税农业产品的单位开具的免税普通发票，购买方可以按照免税发票注明的农产品买价和扣除率计算进项税额。

　　三、农民专业合作社销售农产品的进项抵扣。农民专业合作社从事的是批发、零售业务，相应达到一般纳税人条件应当申报一般纳税人。《财政部、国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》(财税〔2008〕81号)规定：对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税；增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按扣除率计算抵扣增值税进项税额。所称农民专业合作社，是指依照《中华人民共和国农民专业合作社法》规定设立和登记的农民专业合作社。农民专业合作社本来是从事农产品的批发、零售，但增值税给予农民专业合作社以特殊政策，即农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税，所以，对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品所开具的普通发票，可以根据开具的增值税普通发票上注明的农产品买价和扣除率计算进项抵扣税额。

　　四、小规模纳税人批发、零售农产品的进项抵扣。销售自产农产品给予增值税减免优惠，但小规模纳税人销售非自产的农产品仅限于蔬菜及列举的部分鲜活肉蛋产品免征增值税。根据财税〔2017〕37号的规定：从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和扣除率计算进项税额。批发、零售的小规模纳税人销售农产品依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的增值税专用发票，可以根据开具的增值税专用发票上注明的农产品买价和扣除率计算进项税额。因此，从小规模纳税人购买农产品，如果纳税人主动放弃免征增值税，可以自开或向税务机关申请代开增值税专用发票，相应按照3%征收率缴纳增值税。在这种情况下，购买方可以按照发票金额和扣除率计算进项税额。 

　　五、增值税一般纳税人批发零售农产品的进项抵扣。对一般纳税人从事蔬菜及部分鲜活肉蛋产品批发、零售销售的蔬菜免征增值税。纳税人销售免税货物不能开具增值税专用发票。批发、零售一般纳税人享受免税政策后开具的普通发票不得作为计算抵扣进项税额的凭证。但放弃增值税减免的，可以开具增值税专用发票，所以，一般纳税人向增值税一般纳税人购进非自产蔬菜及部分鲜活肉蛋产品，如果取得了增值税专用发票，则按照增值税专用发票注明的增值税额从销项税额中抵扣。对销售非自产蔬菜及部分鲜活肉蛋产品享受免税政策后开具的普通发票不得作为计算抵扣进项税额的凭证。

　　六、国有粮食购销企业销售农产品的进项抵扣。增值税发票管理办法规定，销售免税货物不得开具专用发票，法律、法规及国家税务总局另有规定的除外。国有粮食购销企业销售粮食以及政府储备食用植物油的销售继续免征增值税。根据《国家税务总局关于加强国有粮食购销企业增值税管理有关问题的通知》(国税函〔1999〕560号)第二条的规定：经税务机关认定为增值税一般纳税人的国有粮食购销企业，1999年内要全部纳入增值税防伪税控系统管理，自2000年1月1日起，其粮食销售业务必须使用防伪税控系统开具增值税专用发票。所以，销售免税货物不得开具增值税专用发票，但国有粮食购销企业销售粮食除外。并且《国家税务总局关于国有粮食购销企业开具粮食销售发票有关问题的通知》(国税明电〔1999〕10号)明确规定：属于一般纳税人的生产，经营单位从国有粮食购销企业购进的免税粮食，可依照国有粮食购销企业开具的增值税专用发票注明的税额抵扣进项税额。另据《国家税务总局关于政府储备食用植物油销售业务开具增值税专用发票问题的通知》(国税函〔2002〕531号)规定，对中国储备粮总公司及各分公司所属的政府储备食用植物油承储企业，按照国家指令计划销售的政府储备食用植物油，可比照国家税务总局《关于国有粮食购销企业开具粮食销售发票有关问题的通知》(国税明电〔1999〕10号)及国家税务总局《关于加强国有粮食购销企业增值税管理有关问题的通知》(国税函〔1999〕560号)的有关规定执行，允许其开具增值税专用发票并纳入增值税防伪税控系统管理。因此，一般纳税人直接向国有粮食购销企业购买的粮食、食用植物油，可以根据其开具的增值税专用发票上注明的增值税额抵扣。

　　七、进口农产品的进项税抵扣。根据增值税规定，进口货物的单位和个人为增值税纳税义务人，因此，进口农产品在进口环节应当按照10%税率缴纳进口增值税，取得海关进口增值税专用缴款书。经税务机关稽核比对相符后，凭海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额抵扣。

　　八、购买农产品实行核定抵扣。实行增值税核定抵扣仅限于财政部和国家税务总局纳入试点范围的增值税一般纳税人购进农产品增值税进项税额，实施核定扣除办法。自2012年7月1日起，在部分行业开展农产品增值税进项税额核定扣除试点，涉及以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油行业。试点纳税人仅是对购进农产品不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额，除农产品以外购进货物、劳务、服务、不动产、无形资产等仍按照规定抵扣。之所以对农产品实行核定抵扣，其目的是从根本上消除虚开农产品收购或销售发票现象。