近日，某事业单位厂区因为政府建设需要被政府征用，得到政府给与的土地、厂房、机器设备的补偿费用，同时该事业单位暂无搬迁计划。本文就上述事项分析如下：
一、厂区土地和建筑物补偿增值税
国家税务总局在1993年出台《营业税税目注释》时，规定土地使用者将土地使用权归还给土地所有者不征收营业税，主要基于两种因素：一是考虑到土地使用者被政府征用环节矛盾比较突出，如果征税，则容易引起被征用土地的使用者的反感，阻碍征收工作进展；二是如果征税，被征用土地的使用者必然要求政府负担税收，对于政府而言如果承担对方税费，相当于先以加大补偿再以税收形式收回，没有任何意义。
鉴于各省实践当中对土地使用者将土地使用权归还给土地所有者判断认定标准不统一，国家税务总局在2008年和2009年先后下发国税函〔2008〕277号和国税函〔2009〕520号，明确如果被征用土地的使用者能够提供县级以上(含)地方人民政府出具的收回土地使用权文件，以及土地管理部门报经县级以上(含)地方人民政府同意后由该土地管理部门出具的收回土地使用权文件，则属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为，不征收营业税。
2016年营改增，国家税务总局在财税〔2016〕36号文件中明确土地使用者将土地使用权归还给土地所有者，免征增值税。因为流转税由原来的不征调整为免征，所以被征用土地的使用者在收取补偿费时也就由营业税时代仅需开具收据，转为增值税时代开具增值税普通发票。
考虑到土地和房产密不可分导致土地征用则附着于该宗土地上的房产必然被征用，考虑到营业税立法不征的缘由和营业税时代各省普遍对同时征用的建筑物补偿费不征营业税的现实，考虑到国务院李克强总理反复强调的营改增不能增税的原则要求，我所建议对该事业单位在土地被征用的同时得到的建筑物补偿免征增值税。
政策依据：《国家税务总局关于印发<营业税税目注释(试行稿)>的通知》(国税发[1993]149号)第八条第三款第(一)项第2目 土地所有者出让土地使用权和土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的行为，不征收营业税。
《国家税务总局关于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为营业税问题的通知》(国税函〔2008〕277号)：纳税人将土地使用权归还给土地所有者时，只要出具县级(含)以上地方人民政府收回土地使用权的正式文件，无论支付征地补偿费的资金来源是否为政府财政资金，该行为均属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的行为，按照《国家税务总局关于印发〈营业税税目注释(试行稿)〉的通知》(国税发[1993]149号)规定，不征收营业税。
《国家税务总局关于政府收回土地使用权及纳税人代垫拆迁补偿费有关营业税问题的通知》(国税函〔2009〕520号)第一条 《国家税务总局关于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为营业税问题的通知》(国税函〔2008〕277号)中关于县级以上(含)地方人民政府收回土地使用权的正式文件，包括县级以上(含)地方人民政府出具的收回土地使用权文件，以及土地管理部门报经县级以上(含)地方人民政府同意后由该土地管理部门出具的收回土地使用权文件。
《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)附件3：《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一条第(三十七)项 土地所有者出让土地使用权和土地使用者将土地使用权归还给土地所有者，免征增值税。
二、机器设备增值税
该事业单位得到的机器设备补偿，应当视为销售货物征收增值税。如果其当初购置环节进项税额抵扣了增值税，则机器设备补偿费按照适用税率征收增值税；如果当初购置环节未抵扣增值税，则机器设备补偿费按照3%的征收率减按2%征收增值税。
政策依据：《国家税务总局关于纳税人转让土地使用权或者销售不动产同时一并销售附着于土地或者不动产上的固定资产有关税收问题的公告》(国家税务总局公告2011年第47号)：纳税人转让土地使用权或者销售不动产的同时一并销售的附着于土地或者不动产上的固定资产中，凡属于增值税应税货物的，应按照《财政部国家税务总局关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知》(财税[2009]9号)第二条有关规定，计算缴纳增值税；凡属于不动产的，应按照《中华人民共和国营业税暂行条例》"销售不动产"税目计算缴纳营业税。
纳税人应分别核算增值税应税货物和不动产的销售额，未分别核算或核算不清的，由主管税务机关核定其增值税应税货物的销售额和不动产的销售额。
《国家税务总局关于一般纳税人销售自己使用过的固定资产增值税有关问题的公告》(国家税务总局公告2012年第1号)第二条 增值税一般纳税人发生按简易办法征收增值税应税行为，销售其按照规定不得抵扣且未抵扣进项税额的固定资产。
《国家税务总局关于简并增值税征收率有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第36号)第五条 将《国家税务总局关于一般纳税人销售自己使用过的固定资产增值税有关问题的公告》(国家税务总局公告2012年第1号)中"可按简易办法依4%征收率减半征收增值税"，修改为"可按简易办法依3%征收率减按2%征收增值税"。
第六条 纳税人适用按照简易办法依3%征收率减按2%征收增值税政策的，按下列公式确定销售额和应纳税额：
销售额=含税销售额/(1+3%)
应纳税额=销售额×2%
《国家税务总局关于增值税简易征收政策有关管理问题的通知》(国税函〔2009〕90号)第四条第(一)项废止。
三、企业所得税
因为该事业单位尚无搬迁计划，所以目前暂时无法提供搬迁规划证据。如果该事业单位在被政府征用土地年度的次年5月31日前仍然无法向主管税务机关提供属搬迁依据和搬迁规划，则不能享受政策性搬迁税收优惠，应当作为财产转让所得一次性计入被政府征用土地年度应纳税所得额，缴纳企业所得税。
政策依据：《中华人民共和国企业所得税法实施条例》(国务院令第512号)第十六条 企业所得税法第六条第(三)项所称转让财产收入，是指企业转让固定资产、生物资产、无形资产、股权、债权等财产取得的收入。
《国家税务总局关于发布<企业政策性搬迁所得税管理办法>的公告》(国家税务总局公告2012年第40号)第四条 企业应按本办法的要求，就政策性搬迁过程中涉及的搬迁收入、搬迁支出、搬迁资产税务处理、搬迁所得等所得税征收管理事项，单独进行税务管理和核算。不能单独进行税务管理和核算的，应视为企业自行搬迁或商业性搬迁等非政策性搬迁进行所得税处理，不得执行本办法规定。
第二十二条 企业应当自搬迁开始年度，至次年5月31日前，向主管税务机关(包括迁出地和迁入地)报送政策性搬迁依据、搬迁规划等相关材料。逾期未报的，除特殊原因并经主管税务机关认可外，按非政策性搬迁处理，不得执行本办法的规定。
第二十三条 企业应向主管税务机关报送的政策性搬迁依据、搬迁规划等相关材料，包括：
(一)政府搬迁文件或公告；
(二)搬迁重置总体规划；
(三)拆迁补偿协议；
(四)资产处置计划；
(五)其他与搬迁相关的事项。
四、土地增值税
该事业单位被政府征用土地房产行为，属于因为国家建设需要而被征用，所以可以免征土地增值税，但是需要向主管税务机关履行土地增值税免税审批程序。
政策依据：《中华人民共和国土地增值税暂行条例》(国务院令第138号)第八条第(二)项 因国家建设需要依法征用、收回的房地产，免征土地增值税。
《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》(财法字〔1995〕6号)第十一条第三款 条例第八条(二)项所称的因国家建设需要依法征用、收回的房地产，是指因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用的房产或收回的土地使用权。
第十一条第五款 符合上述免税规定的单位和个人，须向房地产所在地税务机关提出免税申请，经税务机关审核后，免予征收土地增值税。
五、印花税
该事业单位土地和建筑物被政府征用，办理的是注销登记，并不是产权转移书据所列示的土地使用权出让合同、土地使用权转让合同和商品房销售合同。因为印花税采用的是列举法，所以该事业单位的房产和土地补偿金额不征收印花税，但是机器设备补偿应当视为购销合同，按照万分之三税率贴花。
政策依据：《中华人民共和国印花税暂行条例施行细则》([1988]财税字第255号)第十条 印花税只对税目税率表中列举的凭证和经财政部确定征税的其他凭证征税。
第十七条 同一凭证，因载有两个或者两个以上经济事项而适用不同税目税率，如分别记载金额的，应分别计算应纳税额，相加后按合计税额贴花；如未分别记载金额的，按税率高的计税贴花。
《国家税务局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》(国税发〔1991〕155号)第十条 "产权转移书据"税目中"财产所有权"的转移书据的征税范围如何划定？
"财产所有权"转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。
《财政部 国家税务总局关于印花税若干政策的通知》(财税〔2006〕162号)第三条 对土地使用权出让合同、土地使用权转让合同按产权转移书据征收印花税。
第四条 对商品房销售合同按照产权转移书据征收印花税。
《土地登记办法》(国土资源部令第40号)第四十九条 本办法所称注销登记，是指因土地权利的消灭等而进行的登记。
第五十条 有下列情形之一的，可直接办理注销登记：
(一)依法收回的国有土地；
(二)依法征收的农民集体土地；
(三)因人民法院、仲裁机构的生效法律文书致使原土地权利消灭，当事人未办理注销登记的。
《不动产登记暂行条例实施细则》(国土资源部令第63号)第二十八条 有下列情形之一的，当事人可以申请办理注销登记：
(一)不动产灭失的；
(二)权利人放弃不动产权利的；
(三)不动产被依法没收、征收或者收回的；
(四)人民法院、仲裁委员会的生效法律文书导致不动产权利消灭的；
(五)法律、行政法规规定的其他情形。
