在进行土地增值税清算时，有一个特别重要的事情就是要确认何时进行土地增值税。如果一个增值不高的项目，那么及早清算对企业有利;而如果一个增值较高的项目，如果拖延清算就会存在延迟纳税的套利空间。
我们在土地增值税清算中存在"应当清算"与"可要求清算"两个概念。国税法[2006]187号及国税发[2006]91号文规定：
符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算：
1.房地产开发项目全部竣工、完成销售的;
2.整体转让未竣工决算房地产开发项目的;
3.直接转让土地使用权的。
符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：
1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的;
2.取得销售(预售)许可证满三年仍未销售完毕的;
3.纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的;
4.省税务机关规定的其他情况。
在应进行清算的语境下，纳税人的权利义务是明确的，即只要满足了上述条件就必须在规定的时限内完成清算。而实务中，对于一个正常开发的楼盘，要完成100%的销售是极为困难或跨期较长的。所以，通常一个清算项目都只是满足"可要求清算"的条件，尚不满足"应当清算"的条件。可以要求清算的主体是主管税务机关，而非纳税人。在这里，国家税务总局以"可"措辞，而不用"应当"或者"必须"，就相当于授予了主管税务机关选择性的自由裁量权(其可以自由选择做还是不做，当然，大家也额外品出了可以选择"何时做"的意思)。如果税务机关对于"可要求清算"的标准不清晰，就容易出现纳税人之间的税收待遇不公平：有的企业达到清算条件马上就要清算缴税，而有的企业只要不全部销售，就可能一直不进行清算，占用资金。几年下来，光资金利息的差距就是一大截。
因此，我们应当重新审视土地增值税清算条件的设置：
首先，对于应当清算的条款中"房地产开发项目全部竣工、完成销售的"已经几乎沦为一个无用条款。实务中已经很难看到一个楼盘是到100%销售才进行清算的，房地产商留一个车位不卖，就不符合条件。因此，需要考虑是否还应当设置"应清算"和"可要求清算"的两重标准。
其次，关于"可要求清算"的权利，建议应当是双方享有的。即只要满足这些条件，既可以由税务机关要求纳税人进行清算，也可以由纳税人主动提起清算申请。
最后，税务机关在实施"要求清算"时，应当在统一的时间内统一对同时期的项目进行并按时间先后顺序，先建设销售的项目先清算，比如2017年统一对2012年的项目统一要求清算，2018年对2103年……以此类推。