高老师原文:
甲房地产开发公司于2005年3月以接受投资方式取得开发用地，甲公司于2014年清算该地上开发项目土地增值税时，对土地成本的扣除金额与税务机关产生分歧。
甲公司认为：
《企业所得税法实施条例》第六十六条规定："通过投资方式取得的无形资产(含土地使用权)，以该资产的公允价值和支付的相关税费为计税基础。"据此，计算土地增值税时，也应当按照投资作价及缴纳的契税计算扣除。
税务机关认为：
应按照股东购入土地时支付的成本(出让金及契税)确定。理由如下：
(1)《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税【1995】48号)规定:"对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地(房地产)作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。对投资、联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税。"因为投资方投资时免征了土地增值税，因此接受投资方只能以投资方支付的出让金及契税作为土地成本，不然就少了一道土地增值税。
(2)允许扣除的土地成本必须取得发票，因为接受投资时没有开具发票，因此不能扣除土地成本，或者只能按照投资方原历史成本扣除。
请问：上述两种观点，哪种正确？
解析：国家税务总局曾于2009年6月4日通过服务网站回复纳税人："根据《土地增值税暂行条例实施细则》(财法字【1995】6号)规定：'第七条条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：(一)取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。'根据上述规定，在计算土地增值税的扣除项目时，可扣除的土地使用权价款是按接受投资时作价价款和按国家统一规定交纳的有关费用。"
上述回复，可从以下几方面理解：
1、根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第七条，"取得土地使用权所支付的金额"是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。接受投资的土地使用权，应理解为企业受让土地使用权以本公司的股权作为对价，由于股权作价与投资作价相等，因此，允许扣除的土地成本应当按照投资协议确定的价格与缴纳的契税之和确定。
2、关于合法凭据问题，根据《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》(财税【2002】191号)等文件规定，以土地使用权对外投资不征营业税，因此，接受投资的土地使用权不得开具发票。甲公司应当以土地使用权评估报告、投资协议、契税完税凭证等作为入账的合法凭据。
3、《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税【1995】48号)规定，以土地使用权对外投资免征土地增值税。该免税优惠是针对投资方而言，投资方与被投资方是两个独立的法律主体，投资方无论是否免税，不影响被投资方土地成本的确定，不能因投资方免税而将纳税义务转嫁给被投资方，否则就会影响被投资企业其他股东的利益。换个角度，如果因为投资方免税就要求被投资方纳税，那么税收优惠就无法落实。
4、针对有些企业通过土地投资加大开发成本的做法，财政部、国家税务总局已于2006年3月2日以《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税【2006】21号)对财税【1995】48号文件部分条款作了修订，即，从2006年3月2日起，以土地使用权投资到房地产企业用于开发项目，必须视同转让土地使用权缴纳土地增值税。根据"实体从旧原则"该文件只适用于2006年3月2日(含本日)以后发生的土地使用权作价投资行为，对此前发生的土地使用权作价投资行为不作追溯。
《财政部、国家税务总局关于企业改制重组有关土地增值税政策的通知》(财税〔2015〕5号)保留了原财税[2006]21号文件精神，即以土地使用权投资于房地产企业用于开发，或房地产企业以商品房对外投资，需视同销售转让国有土地使用权或视同销售开发产品征收土地增值税。
以上规定，均是针对投资方设定的，但对于被投资方企业而言，无论投资方是否享受免征土地增值税优惠，其在计算土地增值税和企业所得税时，均应以投资作价为基础确定土地成本。
元素说税：
首先还是照例挑点小刺：
1、甲公司据《企业所得税法实施条例》第六十六条规定认为计算土地增值税时也应当按照投资作价及缴纳的契税计算扣除的观点不免让人觉得颇为牵强。如果放在实务中，可能难以得到税务机关的支持，毕竟企业所得税和土地增值税的差异不是一点点。
2、《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税【1995】48号)规定:"对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地(房地产)作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。"，高老师文中"以土地使用权对外投资免征土地增值税"的表述似乎也不太严谨，毕竟"免征"和"暂免"还是存在概念差异的。
应该说，高老师在创作文章时可能是有意识地设置了一个特殊的时间点，即:投资入股的时间点是在2006年3月2日以前，也就是财税【2006】21号文生效之前。在这个时间点，根据财税【1995】48号文的规定，无论接收投资土地的企业是否房地产企业，都享受暂免土地增值税的政策。
而在【2006】21号生效后，将土地使用权投入房地产企业是需要以评估入股价格作为收入来缴纳土地增值税的。那么，既然投资方已经在土地投资环节申报缴纳了土地增值税，根据计税基础衔接的原理，相应的土地的土地增值税计税基础就应当为评估入股价格而不是原始价值，否则必然造成重复征税，不符合税法立法本义。(观点引自来源于某网友公开的国家税务总局2010年11月4日网上答复，真实性未考，但实务中观点确实存在，故用之)因此，税务机关在实务中一般都允许房地产企业在后期清算时土地成本允许按投资者投入土地的完税价格扣除。
对于非房企业之间的土地使用权投资，继续暂免。这一观点被财税[2015]5号予以保留至今，2015年5号文改为"暂不征"。
那么，这就给我们带来了两个难点，第一个是高老师讲到的：你财税【2006】21号文生效以前对于将土地投资到房地产企业的行为，根据"法不溯及既往"的原则，应该暂免征收土地增值税，这种情况下，被投资房地产企业利用该土地进行开发再销售的土地成本如何计算？
第二个高老师没有讲到，但实务中也存在：即非房企业将接收非房企业投入的土地再投入房地产企业的问题，是不是有点绕？我们来举个例子：A是一家非房企业，于2009年10月以600万元的价格取得一处土地的土地使用权。同年12月，A企业将该土地使用权作价800万元投资于一家非房企业B。2011年8月，B企业将该土地使用权作价900万元投入房地产企业C。
这两种情况面临的问题都是一个：上游享受暂免(暂不征)，下游成本如何计算？
高老师的观点是无论上游是否享受税收优惠，都不应该影响我下游的计税成本。这种观点与企业所得税的逻辑很相似。而在实务中，更多的税务机关支持另外一种观点：即如果上游暂免(暂不征)了投资入股土地增值税，那么为了保证税基不被侵蚀，下游就不允许扣除相应金额(有的直接全部金额都不允许扣除，有的不允许扣除溢价部分)。这种观点更类似于增值税的逻辑。
参考文件一：山东省地方税务局关于明确投资入股土地征收土地增值税土地扣除项目金额问题的通知(鲁地税函[2004]30号)已作废，参：《山东省地方税务局关于公布全文失效废止的税收规范性文件目录的公告2011年第3号》
各市地方税务局：
近来有的市询问，企业利用投资入股的土地从事房地产开发，其在转让该宗土地上开发建设的房地产时，如何计算确定土地增值税土地扣除项目金额。经研究，明确如下：
纳税人利用外单位投资入股的土地从事房地产开发的，由于其取得该宗土地使用权时并无支付任何金额，故在转让该宗土地开发建设的房地产计算土地增值税时，不得按照投资入股企业取得土地使用权时支付的金额或投资入股时土地的评估价值作为土地的扣除项目金额予以扣除。
参考文件二：青岛市地方税务局关于印发《房地产开发项目土地增值税清算有关业务问题问答》的通知(青地税函〔2009〕47号)(官网查询目前全文有效)
六、关于以土地使用权投资入股，被投资企业从事房地产开发的，其土地成本如何进行确认？
答：房地产开发企业以接受投资方式取得的土地使用权，根据有关文件的规定，此类情形以《财政部国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税〔2006〕21号)文件的执行日期为界限，分两种情况确认土地成本：
(一)2006年3月2日之后，在投资或联营环节，已对土地使用权投资确认收入，并对投资人按规定征收土地增值税的，以征税价格作为被投资企业取得土地使用权所支付的金额据以扣除。
(二)2006年3月2日之前，以土地作价入股进行投资或联营从事房地产开发的，被投资企业在土地增值税清算时，应以投资者取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用作为其取得土地使用权所支付的金额据以扣除，投资或联营时形成的土地使用权溢价不得扣除。其中，对在2006年3月2日之前虽未办理土地使用权变更登记手续，但受让方已先行合法占有投资开发土地、并已投入资金开始开发的，按照上述规定处理。
应该说，在实务中，高老师的观点并不是各地税务机关的普遍认同的方式。但后一种观点又有一种"羊毛出在鸡身上，黄鼠狼来买单"的窘境。
至于这个问题，其实存在了很久了。记得很早以前元素就参加过中国税网的一个类似讨论。时至今日，争议依然存在，怪不得其他，只能怪土地增值税实在太奇葩！
