风险分析与约谈
某市国税局设计开发了数字化信息管理系统作为风险管理重要的信息化平台，有效实现了对CAIS等后台数据进行高效、智能的风险分析、识别、排序等。纳税评估人员利用该系统发现：某有限公司的相关税收风险指标明显异常，2012年销售收入35676056.24元，2011年销售收入84577733.75元，同比减少了48901677.51元；2012年所得税贡献率0.06%，2011年所得税贡献率1.17%，同比下降1.11个百分点；这些涉税指标的严重异常，评估人员将该企业列入了纳税遵从高风险名单，并作为专业化风险应对的重点对象。
首先，评估人员通过CAIS中该企业财务报表进行分析发现：实收资本(或股本)2010年末10000000元，2011年末变为17500000元，2012年末20000000元，引起了评估人员怀疑，可能是由于该企业的股权结构变化引起资产结构调整不善而造成经营下降的原因；又通过CAIS后台数据查询，发现
但在CAIS税务登记信息中无论名称、投资人、成立日期、经营范围等没有什么异常变化，且在税源管理科也没有重组、清算等相关的备案资料。评估人员随后进行了电话约谈，了解到该企业为了拓展市场，研发新产品，于2011年引入英国某(中国)控股有限公司进行强强联合，充分利外资的技术、管理、市场等优势资源，迅速提升企业的竞争力；但是在合资后由于经营管理不善、投资双方合作不到位，造成了产品结构调整不到位，新产品开发也没有到位，外方的市场优势发挥不出应有效应，从而造成了经营业绩严重下降。评估人员根据上述信息进行综合分析，初步认为该企业在纳税人变更名称的背后可能存在企业重组的涉税问题，需进一步实地核实进行深入评估。
变更事实与政策分析
经实地核实发现其业务事实如下：2011年原某机械有限公司(A)主要股东某集团股份有限公司(B)以其股权作为投资引入英国某(中国)公司(C)联合新设立某有限公司(D),某机械有限公司(A)被新公司合并(2011.8.2完成工商登记变更手续)，且合并基准日资产评估价值124731011.2元，计税基础117516588.28元；负债评估价值与计税基础一致。同时，某机械有限公司(A)原主要股东某集团股份有限公司(B)的控股子公司某股份有限公司(E)与外方各取得新设立某有限公司(D)50%的股权。
一方面，某机械有限公司(A)两股东某集团股份有限公司(B)(95%)与某某房地产开发有限公司(F)(5%)均未在法律形式上直接占有某有限公司(D)的股份，但该业务实质是某有限公司(D)合并了原某机械有限公司(A)，因此视为其取得某有限公司(D)股权又立即全部转让给了同一控制下的某集团股份有限公司(B)的控股子公司某股份有限公司(E)；另一方面，该业务也未按规定及时向税务机关进行书面备案。
根据企业重组的相关税法规定，该合并行为不适用特殊重组办法规定，应按照一般重组进行相关税务处理，即某机械有限公司应进行清算，并确认其清算所得,且应当自清算结束之日起15日内，向主管税务机关报送企业清算所得税纳税申报表，结清税款。
政策依据
1、《中华人民共和国税收征收管理法》第四十八条纳税人有合并、分立情形的，应当向税务机关报告，并依法缴清税款。纳税人合并时未缴清税款的，应当由合并后的纳税人继续履行未履行的纳税义务；纳税人分立时未缴清税款的，分立后的纳税人对未履行的纳税义务应当承担连带责任。
2、《中华人民共和国企业所得税法》(中华人民共和国主席令第63号)第五十五条企业在年度中间终止经营活动的，应当自实际经营终止之日起六十日内，向税务机关办理当期企业所得税汇算清缴。企业应当在办理注销登记前，就其清算所得向税务机关申报并依法缴纳企业所得税。
第五十三条企业所得税按纳税年度计算。纳税年度自公历1月1日起至12月31日止。企业在一个纳税年度中间开业，或者终止经营活动，使该纳税年度的实际经营期不足十二个月的，应当以其实际经营期为一个纳税年度。企业依法清算时，应当以清算期间作为一个纳税年度。
3、《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕59号)
一、本通知所称企业重组，是指企业在日常经营活动以外发生的法律结构或经济结构重大改变的交易，包括企业法律形式改变、债务重组、股权收购、资产收购、合并、分立等。
(五)合并，是指一家或多家企业(以下称为被合并企业)将其全部资产和负债转让给另一家现存或新设企业(以下称为合并企业)，被合并企业股东换取合并企业的股权或非股权支付，实现两个或两个以上企业的依法合并。
三、企业重组的税务处理区分不同条件分别适用一般性税务处理规定和特殊性税务处理规定。
(四)企业合并，当事各方应按下列规定处理：
1.合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。
2.被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。
3.被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。
五、企业重组同时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定：
(一)具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。
(二)被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例。
(三)企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。
(四)重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例。
(五)企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
十一、企业发生符合本通知规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。企业未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。
4、《国家税务总局关于发布《企业重组业务企业所得税管理办法》的公告》(国家税务总局公告2010年第4号)
第七条《通知》中规定的企业重组，其重组日的确定，按以下规定处理：(四)企业合并，以合并企业取得被合并企业资产所有权并完成工商登记变更日期为重组日。
第十六条企业重组业务，符合《通知》规定条件并选择特殊性税务处理的，应按照《通知》第十一条规定进行备案；如企业重组各方需要税务机关确认，可以选择由重组主导方向主管税务机关提出申请，层报省税务机关给予确认。
第十三条企业发生《通知》第四条第(四)项规定的合并，应按照财税〔2009〕60号文件规定进行清算。
5、《财政部国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕60号)：二、下列企业应进行清算的所得税处理：(二)企业重组中需要按清算处理的企业。
四、企业的全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额，为清算所得。
企业应将整个清算期作为一个独立的纳税年度计算清算所得。
五、企业全部资产的可变现价值或交易价格减除清算费用，职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，结清清算所得税、以前年度欠税等税款，清偿企业债务，按规定计算可以向所有者分配的剩余资产。
被清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得；剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。
被清算企业的股东从被清算企业分得的资产应按可变现价值或实际交易价格确定计税基础。
6、《国家税务总局关于企业清算所得税有关问题的通知》(国税函〔2009〕684号)
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的有关规定，现就企业清算所得税有关问题通知如下：
一、企业清算时，应当以整个清算期间作为一个纳税年度，依法计算清算所得及其应纳所得税。企业应当自清算结束之日起15日内，向主管税务机关报送企业清算所得税纳税申报表，结清税款。
企业未按照规定的期限办理纳税申报或者未按照规定期限缴纳税款的，应根据《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定加收滞纳金。
二、进入清算期的企业应对清算事项，报主管税务机关备案。
评估处理
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第四十八条纳税人有合并、分立情形的，应当向税务机关报告，并依法缴清税款。纳税人合并时未缴清税款的，应当由合并后的纳税人继续履行未履行的纳税义务。应向某有限公司追缴原某机械有限公司的如下税款与相应的滞纳金：
1、某机械有限公司应进行清算。
清算所得=全部资产可变现价值或交易价格-资产的计税基础-清算费用-相关税费债务清偿损益=124731011.2-117516588.28=7214422.92元
应补缴清算企业所得税=7214422.92*25%=1803605.73元
2、根据《中华人民共和国企业所得税法》第五十三条、五十五条规定，某机械有限公司应于重组时将实际经营期2011年1-7月份为一个纳税年度进行企业所得税汇算清缴：应纳企业所得税=3,192,398.74*25%=798099.69元；2011年1-7月份已预缴798,099.68元。
最后，应对剩余财产进行分配并确认各股东的投资转让所得，由其各自的主管税务机关追缴各股东的股权转让所得税。
分配的剩余资产=全部资产的可变现价值或交易价格-清算费用-职工的工资-社会保险费用-法定补偿金-清算所得税-以前年度欠税-债务=124731011.2-1803605.73-105093919.13=17833486.34元
全部股权转让所得=分配的剩余资产-股息所得(留存收益)-投资成本=17833486.34-(410136.00 4248505.44 7214422.92-1803605.73)-10000000=-2235972.29元。
