金融商品买卖业务，是在证券交易市场，与不特定对象通过自由报价、相互竞价，由交易系统进行撮合后成交，完成股权等金融商品买卖的业务，往往不涉及目标公司的工商登记、税务登记变更等事项。检查重点是营业税和企业所得税(现行税收政策规定对个体工商户及其他个人从事外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品买卖业务取得的收入暂免征收营业税)。对企业股票等金融商品买卖业务进行税收检查涉及的相关税收政策如下：
一、营业税相关政策
(一)纳税人主体的确定
根据《营业税暂行条例》(国务院令第540号修订，2009年起施行)第五条第四项以及其实施细则第十八条规定，纳税人从事股票等金融商品的买卖业务，以卖出价减去买入价后的余额为营业额。同时，《财政部、国家税务总局关于个人金融商品买卖等营业税若干免税政策的通知》(财税〔2009〕111号)规定，对个人(包括个体工商户及其他个人)从事股票等金融商品买卖业务取得的收入，暂免征收营业税。
据此，2009年起实施的营业税政策取消了原非金融机构买卖金融商品不征收营业税的规定，自2009年1月1日起，所有单位纳税人从事股票转让等金融商品买卖业务取得收益均应缴纳营业税。
(二)营业额的特殊政策规定
按照相关税收政策规定，股票买卖业务的营业额为股票卖出原价(不扣除任何费用和税金)减去买入原价(不包括各种费用和税金)的差价收入即余额；买卖股票业务适用5%的税率。
国家税务总局《关于金融商品转让业务有关营业税问题的公告》(国家税务总局公告2013年第63号，自2013年12月1日起施行)规定，纳税人从事金融商品转让业务，不再按股票、债券、外汇、其他四大类来划分，统一归为"金融商品"，不同品种金融商品买卖出现的正负差，在同一个纳税期内可以相抵，按盈亏相抵后的余额为营业额计算缴纳营业税。若相抵后仍出现负差的，可结转下一个纳税期相抵，但在年末时仍出现负差的，不得转入下一个会计年度。改变了原将金融商品按股票、债券、外汇、其他四大类划分，只有同一大类中的金融商品买卖出现的正负差，才可以在同一个会计年度内相抵的规定。
(三)营业额(买卖价差)的计算
1.对纳税人买卖股票时，实际操作中可以根据不同取得方式和价格确定股票买卖价格，主要存在以下确定方式：
(1)二级证券交易市场买卖股票：价格以纳税人买卖成交价格为依据，即以纳税人交易交割单据记录价格来确定买入价和卖出价。
(2)以合同、协议方式买卖股票：价格以合同、协议中记载交易价格为依据，确定股票买卖价格。
(3)以拍卖、抵债方式买卖股票：拍卖方式以拍卖成交价格作为双方股票买卖价格为依据，而抵债的以抵债金额为依据，确定股票买卖价格。
(4)参与新股、增发申购、配股认购取得股票：以发行和增发价格确认为买入价格，而配股认购方式主要是以公司股东所持有股票为基础，以较低价格进行一定比例配股，以配股价格为买入价。
(5)原始股东的原始股权投资在公司上市后所形成股票(限售股)：因存在股权变为股票过程，一种观点认为应以上市公司发行价作为买入价。另外一种观点认为应当以实际投入成本作为股票买入价。现有天津市、浙江省、厦门市、青岛市等省市的地方税务机关相继发布公告，对此类限售股的买入价规定为"以该公司获准上市后首次公开发行股票的发行价为买入价。买入价的扣除凭证为股份公司首次公开发行股票的招股说明书"。(青岛市地方税务局关于股票转让缴纳营业税计税营业额问题的2015年1号公告原文附后)
2.对于纳税人所持股票因上市公司分红派息出现除权或除息，导致股票数量和价格有所变动，不能直接以所持股票卖出价减买入价来计算价差收入，应采取复权的方法，还原为股票购入时的价格。
3. 在会计核算上，纳税人根据会计法可以选择采取先进先出法、加权平均法等方法进行核算。
(1)先进先出法。纳税人采用先进先出法核算，可以简单理解为纳税人卖出股票收入抵扣先买入股票成本价格进行核算，按此方法核算比较繁琐，要根据每一笔买卖股票记录进行核算。由于股票市场是不断波动，在上涨行情中，企业买入价格会越来越高，可能会出现前期成本较低，后期成本较高，由于股票买卖营业税是按年汇总缴纳，对后期出现亏损可能无法抵扣，在下跌行情，情况则相反。
(2)加权平均法。纳税人采用加权平均法核算，计算所持股票的期间平均成本，以平均成本价作为买入价抵扣。由于纳税人卖出股票所抵扣是买入股票平均成本，所抵扣成本受行情和时间的影响较少，对按年汇总缴纳的股票买卖营业税影响较小。
由于纳税人核算方法的不同,在出现多次反复买卖的情况下，即使纳税人买卖股票的价差收入相同也会出现缴纳营业税总额不一样，主要是由于纳税人在选择先进先出法核算时，如纳税先期的买入成本较高，易导致后期卖出抵扣产生亏损，而根据营业税相关规定，当年的股票买卖亏损不能结转下一年度，造成下一年度在卖出剩余所持股票时价差收入虚增，多交税款。而纳税人在加权平均法情况下，由于抵扣时是买入股票的平均成本，没有因价格波动导致成本波动，在每一次卖出股票时能真实反映股票买卖盈利情况，能减少因按年度汇总核算造成纳税差异。
二、企业所得税相关政策
根据《企业所得法》及其实施条例规定，企业的收入总额为以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，包括转让财产(股权、债权等)收入，股息、红利等权益性投资收益，利息收入等。企业对外投资期间，投资资产的成本在计算应纳税所得额时不得扣除。
税法同时规定：符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益为免税收入，但是不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。
《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函〔2010〕79号)规定：关于股权转让所得确认和计算问题。企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
关于股息、红利等权益性投资收益收入确认问题。企业权益性投资取得股息、红利等收入，应以被投资企业股东会或股东大会作出利润分配或转股决定的日期，确定收入的实现。
被投资企业将股权(票)溢价所形成的资本公积转为股本的，不作为投资方企业的股息、红利收入，投资方企业也不得增加该项长期投资的计税基础。
《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》(国家税务总局公告2011年第34号)规定：投资企业从被投资企业撤回或减少投资，其取得的资产中，相当于初始出资的部分，应确认为投资收回；相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，应确认为股息所得；其余部分确认为投资资产转让所得。
被投资企业发生的经营亏损，由被投资企业按规定结转弥补；投资企业不得调整减低其投资成本，也不得将其确认为投资损失。
《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕60号)规定：被清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得；剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。
被清算企业的股东从被清算企业分得的资产应按可变现价值或实际交易价格确定计税基础。
《国家税务总局关于企业股权投资损失所得税处理问题的公告》(国家税务总局公告〔2010〕第6号)规定：企业对外进行权益性(简称股权)投资所发生的损失，在经确认的损失发生年度，作为企业损失在计算企业应纳税所得额时一次性扣除。
《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》(国家税务总局公告2011年第25号发布)规定：企业按照市场公平交易原则，通过各种交易场所、市场等买卖债券、股票、期货、基金以及金融衍生产品等发生的损失可以清单申报的方式向主管税务机关申报扣除；除此以外的股权、债权等投资损失应以专项申报的方式办理税前扣除申报手续。
三、印花税相关政策
《国家税务局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》(国税发〔1991〕155号)规定："财产所有权"转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。
经国务院批准，财政部、国家税务总局决定从2008年9月19日起，调整证券(股票)交易印花税征收方式，将现行的对买卖、继承、赠与所书立的A股、B股股权转让书据按1‰的税率对双方当事人征收证券(股票)交易印花税，调整为单边征税，即对买卖、继承、赠与所书立的A股、B股股权转让书据的出让按1‰的税率征收证券(股票)交易印花税，对受让方不再征税。
《财政部、国家税务总局关于在全国中小企业股份转让系统转让股票有关证券(股票)交易印花税政策的通知》(财税〔2014〕47号)规定：自2014年6月1日起，在全国中小企业股份转让系统买卖、继承、赠与股票所书立的股权转让书据，依书立时实际成交金额，由出让方按 1‰的税率计算缴纳证券(股票)交易印花税。
《财政部、国家税务总局关于转让优先股有关证券(股票)交易印花税政策的通知》(财税〔2014〕46号)规定：自2014年6月1日起，在上海证券交易所、深圳证券交易所、全国中小企业股份转让系统买卖、继承、赠与优先股所书立的股权转让书据，均依书立时实际成交金额，由出让方按 1‰的税率计算缴纳证券(股票)交易印花税。
《财政部、国家税务总局关于以上市公司股权出资有关证券(股票)交易印花税政策问题的通知》(财税〔2010〕7号)规定：投资人以其持有的上市公司股权进行出资而发生的股权转让行为，不属于证券(股票)交易印花税的征税范围，不征收证券(股票)交易印花税。
四、"沪港通"股票交易税收政策
《财政部、国家税务总局、证监会关于沪港股票市场交易互联互通机制试点有关税收政策的通知》(财税〔2014〕81号)规定自2014年11月17日起：
(一)所得税
对内地个人投资者通过沪港通投资香港联交所上市股票取得的转让差价所得，自2014年11月17日起至2017年11月16日止，暂免征收个人所得税。
对内地企业投资者通过沪港通投资香港联交所上市股票取得的转让差价所得，计入其收入总额，依法征收企业所得税。
对内地企业投资者通过沪港通投资香港联交所上市股票取得的股息红利所得，计入其收入总额，依法计征企业所得税。其中，内地居民企业连续持有h股满12个月取得的股息红利所得，依法免征企业所得税。
(二)营业税
对香港市场投资者(包括单位和个人)通过沪港通买卖上交所上市A股取得的差价收入，暂免征收营业税。
对内地个人投资者通过沪港通买卖香港联交所上市股票取得的差价收入，按现行政策规定暂免征收营业税。
对内地单位投资者通过沪港通买卖香港联交所上市股票取得的差价收入，按现行政策规定征免营业税。
(三)印花税
香港市场投资者通过沪港通买卖、继承、赠与上交所上市A股，按照内地现行税制规定缴纳证券(股票)交易印花税。内地投资者通过沪港通买卖、继承、赠与联交所上市股票，按照香港特别行政区现行税法规定缴纳印花税。
