根据国税发(2009)91号《土地增值税清算管理规程》的规定，企业行政管理部门(总部)为组织和管理生产经营活动而发生的管理费用不应记入开发间接费用。目前，很多房地产开发企业为项目公司，即使是行政管理部门也是服务于公司正在开发的项目，考虑到这个因素，管理人员发生的与项目有关的费用也应该在开发间接费用列支，在计算土地增值税时可以加计扣除。该相关费用包括工资、福利费、差旅费等。
　　例如：假设管理部门发生的相关费用为100万元。如果在土地增值税清算时将该部分费用统计计入开发间接费用，则可增加扣除项目金额130万元[100万×(1 20% 10%)]。若适用税率为30%，则可减少土地增值税39万元。对于企业所得税来说，将管理费用中的100万元计入开发成本，会增加当年的应纳税所得额100万元，但在确认收入、成本的当年可以减少应纳税所得额100万元，即只存在时间上的差异。整体减少土地增值税39万元。当然根据土地增值税清算不拘泥于会计科目处理这一特点，如果企业在上述费用发生时计入管理费用科目，在土地增值税清算时只要原始凭证处理得当，也是可以考虑作为开发间接费来加计扣除的。问题的核心是在土地增值税清算时，需要审核上述费    用发生的真实用途。例如：差旅费报销凭证上是否注明出差的地点以及出差的目的，以明确该笔费用确实属于开发项目的。
　　而对精装修用家用电器的土地增值税清算时则有两种不同方式。房地产企业销售精装修房包括家用电器、可移动家具、日用品、可移动装饰用品(如窗帘、装饰画等)的，在土增税清算时有两种处理意见，一是家用电器、可移动家具、日用品、可移动装饰用品(如窗帘、装饰画等)的金额不予扣除，同时在收入中扣除相应金额；二是可作为扣除成本，但是不得加计扣除。两种方式比较，第二种方式有利于降低清算项目的增值率，降低企业的税负，但是增加了税务部门审核的工作量和难度。对于第二种处理方式，在清算审核中应该有以下考虑。
　　家用电器、可移动家具、日用品、可移动装饰用品(如窗帘、装饰画等)实物存在的真实性。
　　开发商有利用该政策虚列实物(列支开发成本后实物转移掉了)或者多列实物(列支开发成本的数量大于实际存在的数量)的可能性，在土地增值税清算的过程中如何确认实物数量，都需要进一步探讨；实物的核实情况如何在土地增值税清算审核表中体现出来，现行的土增税清算审核表格没有考虑家用电器、可移动家具、日用品、可移动装饰用品(如窗帘、装饰画等)实物的审核。
　　家用电器、可移动家具、日用品、可移动装饰用品(如窗帘、装饰画等)成本的真实性。
　　一般的开发成本的确认有合同、发票、第三方工程审价来确认开发成本的金额，而家电的成本确认现在是依照合同、发票来确认，这个价格是否合理呢，有可能会存在开发商通过虚高家电价格的形式虚列开发成本的可能性，税务机关要采取一定的方式防止家电价格的虚高列开发成本的情况。