目前，各地税务机关对于106号文中国际货运代理的问题如何操作乱成一团。各种开票方式不一，不过似乎差额征税，全额开票在目前这种情况下有助于解决眼下的问题。不过，这种操作方式，毫无疑问是违背增值税链条抵扣的原理的，这也是大家非常难以接受的地方。因此，我一直在思考，究竟对于国际货运代理业，如何能设计出一套符合整个增值税抵扣原理，又保持税收中性的方案呢。想来想去，如果要解决这个问题，可能需要对目前国际货物运输以及出口退税制度做大的变革，才能很好的解决问题：
　　1、国际货物运输的问题。第一步，需要将国际货物运输业务从目前的直接适用零税率或免税的方式改变过来。借鉴欧盟提出的对于出口劳务增值税的处理方式，在B2B(一般纳税人对一般纳税人)的模式下，国际货物运输公司提供的国际货物运输服务，按照签订的交易合同中对方的所在地在判断(the place of recipient)。如果接受劳务的对方是境外企业，适用零税率。如果接受劳务的对方是境内企业，国际货物运输公司按照正常税率交税并开专票给下一家。
　　2、国际货物运输代理公司同样以这种模式操作，按照经济合同对方的所在地来判断。如果接受劳务的是境外公司，算劳务出口，免税或零税率。如果接受劳务的对方是境内代理公司或境内生产型企业，按正常税率交税并开专票给下一家。
　　3、如果国内的国际货代公司又是和国外的国际货代公司结算的，此时国内国代公司算劳务进口，直接按正常税率扣缴增值税，然后做进项税抵扣。
　　4、在这个基础上，改变目前对于出口企业的退税按照FOB价来计算。而是按照企业签订合同的实际价格来退税，如果合同是FOB价就按FOB价退税，如果是CIF价，此时，上面环节流转过来的涉及运输和代理的增值税全部随着货物出口的环节，直接在出口企业随同货物出口一并退税。此时，不管是你如何代理再代理，还是如何操作，货代环节都征税，把所有的增值税随同货物出口环节一并退给出口企业，这样最干净。
　　个人觉得，如此操作，应该是符合整个增值税链条抵扣的原理的。因为，不考虑行政性收费的问题，这种操作方式整个环节就是按照增值税以税扣税来做的，没有扣额和扣税的交叉问题，从而带来开票问题。而且这种方式，不管你国际货运代理中商业模式如何进行变化，增值税税负不会发生变化，即商业模式不影响增值税税负，保持了增值税的中性地位。但这就需要动中国整个出口退税的增值税制度了，也许中国出口退税的增值税制度在"营改增"后也需要这样的变革吧。