据东方航空股份公司(简称东航)2009年发布公告，东航于2009年7月董事会通过关于公司换股吸收合并上海航空股份公司(简称上航)议案：东航拟以换股方式吸收合并上航，吸收合并完成后，上航将终止上市并注销法人资格，东航作为合并完成后的存续公司，将依照双方签署的《换股吸收合并协议》，接收上航的所有资产、负债、业务、人员及其他一切权利与义务。东航、上航的换股价格分别为5.28元/股、5.50元/股。双方同意在实施换股时将给予上航股东约25%的风险溢价，由此确定换股比例为1∶1.3，即每股上航股份可换取1.3股公司股份。
根据上述企业合并公告，假如A公司合并B公司(为非同一控制下的企业合并)，A公司股东为甲企业，B公司股东为乙企业。合并日，B公司净资产账面价值为800万元(与计税基础相同)，评估公允价值为1000万元。合并时，经合并各方协商同意，A公司在评估公允价1000万元基础上溢价25%兼并B公司，以发行本公司市价为1250万元股票支付给B公司股东乙企业(乙企业投资B公司的计税成本为450万元)，B公司注销，其所有净资产转入A公司。
企业合并的会计处理
根据《企业会计准则第20号--企业合并(2006)》(财会〔2006〕3号)及相关规定，非同一控制下的企业并购交易中，购买方需要将取得的被购买方可辨认净资产按其公允价值入账。合并成本大于取得的可辨认净资产的公允价值份额，确认为合并商誉。合并成本为购买方在购买日取得对被购买方的控制权而付出的资产、发生或承担的负债，以及发行的权益性证券的公允价值。因此，在会计处理上，A公司合并B公司的净资产按公允价值1000万元确认入账，合并成本1250万元超过净资产公允价值250万元的部分，确认为商誉。
企业合并的企业所得税处理
《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕59号)规定，企业合并重组分别作一般性税务处理和特殊性税务处理。
一般性税务处理。财税〔2009〕59号文件规定，企业合并，当事各方应按下列规定处理：1.合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。2.被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。3.被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。
根据上述规定，税务处理如下：1.A公司接受B公司净资产的计税基础为1000万元，同时确认商誉250万元，与会计处理一致。但250万元商誉平时不能摊销，应在企业整体转让或者清算时，准予扣除。2.B公司解散注销后，税务机关按照清算处理。根据《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕60号)规定，B公司在不考虑其他调整因素情况下，清算所得为200万元(1000-800)，应缴纳企业所得税50万元。此外，B公司的股东乙企业也应按清算处理，其取得1250万元股票视为原持有B公司的股权处置收入，可以减除B公司税后留存收益500万元[(800-450)+(200-50)]和当初的投资成本450万元，股权处置收入为300万元(1250-500-450)，应计入乙企业当年应纳税所得额。3.如B公司以前年度存在亏损，由于已经清算，不得结转入A公司弥补。
特殊性税务处理。财税〔2009〕59号文件规定，企业合并重组符合规定条件的，交易各方对其交易中的股权支付部分，可以选择按以下规定处理：1.合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定。2.被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。3.每年可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。4.被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。
根据上述规定，税务处理如下：1.A公司接受B公司净资产，以800万元确定计税基础。2.B公司原来如有尚未确认的资产损失、分期确认收入的处理，以及尚未享受期满的税收优惠政策承继处理问题等相关所得税事项，由合并后的A公司承继。3.如B公司原存在可以弥补的亏损，可以按规定公式计算结转。4.乙企业(股东)取得A公司的市价为1250万元的股权，计税基础仍为原持有B公司的计税成本450万元。
其他税种的税收处理
根据现行税收政策规定，企业吸收合并涉及的资产转移，不需要缴纳增值税、营业税、土地增值税、契税和印花税。B公司所有的资产因合并注销解散转移至A公司，因此A、B公司均不需要缴纳上述税收。
《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》(国家税务总局公告2011年第13号)规定，纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。《国家税务总局关于纳税人资产重组有关营业税问题的公告》(国家税务总局公告2011年第51号)规定，纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、债务和劳动力一并转让给其他单位和个人的行为，不属于营业税征收范围，其中涉及的不动产、土地使用权转让，不征收营业税。《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字〔1995〕048号)规定，在企业兼并中，对被兼并企业将房地产转让到兼并企业中的，暂免征收土地增值税。
