2013年1月1日实施的《关于实施上市公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》(财税[2012]85号)规定，个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票，持股期限在1个月以内(含1个月)的，其股息红利所得全额计入应纳税所得额；持股期限在1个月以上至1年(含1年)的，暂减按50%计入应纳税所得额；持股期限超过1年的，暂减按25%计入应纳税所得额。上述所得统一适用20%的税率计征个人所得税。
原《财政部 国家税务总局关于股息红利个人所得税有关政策的通知》【失效】(财税[2005]102号)对个人投资者从上市公司取得的股息红利所得，不论持股期限长短统一减按50%计入个人应纳税所得额。相比较有，鼓励长期投资，抑制短期炒的税收政策的导向作用。合伙制企业也是个税纳税人，而无论是财税[2012]85号还是财税[2005]102号适用的纳税人都是个人投资者，合伙制企业纳税人并不适用。
合伙制企业的所得税纳税人
《财政部国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》(财税[2008]159号)第二条规定，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
1."利息、股息、红利所得"。
《国家税务总局关于<关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>执行口径的通知》(国税函[2001]84号)第二条规定，个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按"利息、股息、红利所得"应税项目计算缴纳个人所得税。
合伙企业也虽然也是个人所得税纳税人但并非直接投资于上市公司取得的股息红利所得，而是通过独资企业和合伙企业对上市公司的投资,再从独资企业和合伙企业分回利润。因此，对于自然人合伙人的间接投资分回的利润，无论是财税[2012]85号还是财税[2005]102号税收优惠均不适用。
2."个体工商户生产经营所得"。
《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》(财税[2000]91号)第四条规定，个人独资企业和合伙企业(以下简称企业)每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以下损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的"个体工商户的生产经营所得"应税项目，适用5%-35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。《国家税务总局关于切实加强高收入者个人所得税征管的通知》(国税发[2011]50号)规定，对个人独资企业和合伙企业从事股权(票)、期货、基金、债券、外汇、贵重金属、资源开采权及其他投资品交易取得的所得，应全部纳入生产经营所得，依法征收个人所得税。
因此，对以合伙企业名义取得的股票转让所得，应按照"个体工商户的生产经营所得"而不是"财产转让所得"项目征收个税。
个人转让上市公司非限售股免税。《财政部国家税务总局证监会关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的通知》(财税[2009]167号)八、对个人在上海证券交易所、深圳证券交易所转让从上市公司公开发行和转让市场取得的上市公司股票所得，继续免征个人所得税。以合伙企业名义取得的股票转让所得不是"财产转让所得"项目，不能享受该项税收优惠。
3.企业所得税
"先分后税"的基本规则。《财政部国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》(财税[2008]159号)三、合伙企业生产经营所得和其他所得采取"先分后税"的原则。具体应纳税所得额的计算按照《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》(财税[2000]91号)及《财政部国家税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》(财税[2008]65号)的有关规定执行。前款所称生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得(利润)。无论是个人合伙人，还是法人合伙人，都采取"先分后税"的基本规则。即按照财税[2000]91号、财税[2008]65号规定计算的应纳税所得额和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额，并入法人合伙人当年的应纳税所得额计算申报缴纳企业所得税。
法人合伙人不适用居民企业之间权益性投资收益免税规定。《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条(二)符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益免税收入。《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第八十三条 企业所得税法第二十六条第(二)项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。企业所得税法第二十六条第(二)项和第(三)项所称股息、红利等权益性投资收益，不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。符合条件的居民企业指的是投资人、被资人都是企业所得税法规定的企业所得税居民企业纳税人。个人独资企业、合伙企业不是企业所得税纳税人，法人合伙人取得合伙企业权益性投资收益的不能适用。
法人合伙人除公司制企业的所得税特点本身就存在重复征税问题之外，由于法人合伙人对合伙企业权益投资收益不能适用股息所得免税收入规定，合伙企业投资对外权益投资分回的已税股息、红利法人合伙人须再纳一道企业所得税，从而造成了所得税多重征收，税负较高的问题。
生产经营所得和对外投资分回的利息或者股息、红利分别计算。按照《国家税务总局关于<关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>执行口径的通知》(国税函[2001]84号)的规定，生产经营所得和对外投资分回的利息或者股息、红利是分别计算的；并且财税[2008]159号五规定，合伙企业的合伙人是法人和其他组织的，合伙人在计算其缴纳企业所得税时，不得用合伙企业的亏损抵减其盈利。也就是说如果合伙企业发生亏损也不能和外投资分回的利息或者股息、红利直接相互抵补。根据"先分后税"的基本规则分回的利息或者股息、红利按照规定计算的应纳税所得额和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额，并入法人合伙人当年的应纳税所得额计算申报缴纳企业所得税。合伙企业的年度亏损(生产经营所得)只能按照财税[2000]91号第十四条规定的用本合伙企业以后不超过5年的生产经营所得弥补。
营业税纳税人
合伙制企业金融商品买卖须纳营业税。《财政部国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》(财税[2003]16号)规定，金融企业(包括银行和非银行金融机构，下同)从事股票、债券买卖业务以股票、债券的卖出价减去买入价后的余额为营业额。2009年新营业税政策颁布实施后，取消了"非金融机构和个人买卖外汇、有价证券或者期货不征收营业税"的规定。将金融商品买卖业务扩大到所有的纳税人。
持有期间股票红利收入也须纳营业税。财税财税[2003]16号文规定，允许从营业额中减除的买入价依照财务会计制度规定，以股票、债券的购入价减去股票、债券持有期间取得的股票、债券红利收入的余额确定。因此，纳税人收到股票红利收入时虽然不须要申报纳税，但是在纳税人卖出股票时把收到股票红利作为债券的购入价的减项，按"金融保险业"税目中的金融商品买卖业务申报纳税。
如果纳税人是个人直接投资金融商品出售则暂免征收营业税。《财政部国家税务总局关于个人金融商品买卖等营业税若干免税政策的通知》(财税[2009]111号)一、对个人(包括个体工商户及其他个人，下同)从事外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品买卖业务取得的收入暂免征收营业税。合伙制企业不属于个人，其从事外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品买卖业务取得的收入应按规定征收营业税，不享受暂免征收营业税优惠。
以上分析可知，合伙制企业的合伙人，由于并非直接投资，自然人合伙人不能享受个人相关的所得税和营业税税收优惠；法人合伙人通过合伙企业对外投资的权益性投资收益所得税多重征税问题，使得合伙制企业纳税人所处的地位十分尴尬。
