1、只设跨地区项目部的建筑企业
跨地区项目部预缴税款：应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴(只限于跨省、自治区、直辖市和计划单列市设立的项目部。如果是非跨省的异地施工，国家并没有规定要预缴企业所得税)。
总机构预缴税款：扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额在机构所在地预缴。
2、只设二级分支机构的建筑企业
二级分支机构分摊预缴税款：总机构在每月或每季终了之日起十日内，按照上年度各省市分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素，将统一计算的企业当期应纳税额的50%在各分支机构之间进行分摊(总机构所在省市同时设有分支机构的，同样按三个因素分摊)，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库。分摊时三个因素权重依次为0.35、0.35和0.3。
所有分支机构应分摊的预缴总额=统一计算的企业当期应纳所得税额×50%
各分支机构分摊预缴额=所有分支机构应分摊的预缴总额×该分支机构分摊比例。
该分支机构分摊比例=(该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和)×0.35+(该分支机构职工薪酬/各分支机构职工薪酬之和)×0.35+(该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和)×0.30
注：建筑企业所属二级或二级以下分支机构直接管理的项目部(包括与项目部性质相同的工程指挥部、合同段等，下同)不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额应汇总到二级分支机构统一核算。
总机构预缴税款：就地预缴税款。
总机构应预缴总额=统一计算的企业当期应纳税额×50%
3、既设直管跨地区项目部又设跨地区二级分支机构的建筑企业
总机构先扣除已由项目部预缴的企业所得税后，再按照"只设二级分支机构"方法计算总、分支机构应缴纳的税款。总机构、项目部、各分支机构在各自所在地就地预缴税款。
4、以下二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税：
(1)不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
(2)上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。
(3)新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。
(4)当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
(5)汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
三如何进行企业所得税汇总清算
建筑企业总机构应按照有关规定办理企业所得税年度汇算清缴，各分支机构和项目部不进行汇算清缴。总机构年终汇算清缴后应纳所得税额小于已预缴的税款时，由总机构主管税务机关办理退税或抵扣以后年度的应缴企业所得税。
四总机构预缴和汇算清缴时
总机构预缴和汇算清缴时，除正常报送汇算清缴相关资料外，还应附送其所直接管理的跨地区经营项目部就地预缴税款的完税证明。
五跨地区经营的项目部需要向项目所在地主管税机关出具的证明文件
1、《外出经营活动税收管理证明》
2、证明该项目部属于总机构或二级分支机构管理的证明文件
注：未提供上述证明的，项目部所在地主管税务机关应督促其限期补办；不能提供上述证明的，应作为独立纳税人就地缴纳企业所得税。
相关政策文件
1、关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告(国家税务总局公告2012年第57号)
2、关于印发《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理办法》的通知(财预[2012]40号)
3、关于建筑企业所得税征管有关问题的通知(国税函〔2010〕39号)
4、关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知(国税函[2010]156号)
二、个人所得税
一工资薪金个人所得税
1、总承包企业、分承包企业派驻跨省异地工程项目的管理人员、技术人员和其他工作人员在异地工作期间的工资、薪金所得个人所得税，由总承包企业、分承包企业依法代扣代缴并向工程作业所在地税务机关申报缴纳。
2、总承包企业和分承包企业通过劳务派遣公司聘用劳务人员跨省异地工作期间的工资、薪金所得个人所得税，由劳务派遣公司依法代扣代缴并向工程作业所在地税务机关申报缴纳。
3、跨省异地施工单位应就其所支付的工程作业人员工资、薪金所得，向工程作业所在地税务机关办理全员全额扣缴明细申报。凡实行全员全额扣缴明细申报的，工程作业所在地税务机关不得核定征收个人所得税。
4、要求工程作业所在地和扣缴单位机构所在地主管税务机关加强信息传递和沟通协调，避免重复征税，切实维护纳税人权益。
5、建筑安装业省内异地施工作业人员个人所得税征收管理参照上述执行。
相关政策文件
1、关于建筑安装业跨省异地工程作业人员个人所得税征收管理问题的公告(国家税务总局公告2015年第52号)
2、国家税务总局关于印发《个人所得税全员全额扣缴申报管理暂行办法》的通知(国税发[2005]205号)
二企事业承包承租所得个人所得税
国税发〔1996〕127号第六条从事建筑安装业的单位和个人应设置会计账簿，健全财务制度，准确、完整地进行会计核算。对未设立会计账簿，或者不能准确、完整地进行会计核算的单位和个人，主管税务机关可根据其工程规模、工程承包合同(协议)价款和工程完工进度等情况，核定其应纳税所得额或应纳税额，据以征税。具体核定办法由县以上(含县级)税务机关制定。
因此，跨县(市、区)施工，也有可能涉及到被核定征收0.4%~2%的企事业单位的承包经营、承租经营所得个人所得税，经济越欠发达，被核定征收的可能性就越高。
