1、出台背景
一直以来，180天都是增值税抵扣的大限时日。一旦超期，税款就将不能抵扣。
为保障纳税人合法权益，经国务院批准，国家税务总局日前下发了《关于废止逾期增值税扣税凭证一律不得抵扣规定的公告》(2011年第49号公告)，将《国务院办公厅转发国家税务总局关于全面推广应用增值税防伪税控系统意见的通知》(国办发〔2000〕12号)第三条中“凡逾期未申报认证的，一律不得作为扣税凭证，已经抵扣税款的，由税务机关如数追缴，并按《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定进行处罚”规定予以废止，随后对 2007年1月1日以后开具的增值税扣税凭证逾期未认证或未稽核比对如何处理进项税抵扣问题，下发《关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》(2011年第50号公告)作了明确规定。
2011年第50号公告之前，对增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，实行了180天申报抵扣期限的管理措施。即按照《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》(国税函〔2009〕617号)的规定，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证或者稽核比对，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。不管是否存在客观原因，超过180天的期限，一般只有“死路一条”。
2、具体规定
2011年第50号公告明确，对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。这里所称增值税扣税凭证，包括增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书和公路内河货物运输业统一发票。但是，允许抵扣的增值税扣税凭证仅限于客观原因造成，对于其他原因造成增值税扣税凭证逾期的，仍应按照增值税扣税凭证抵扣期限有关规定执行。
纳税人按照2011年第50号公告的规定，向主管税务机关提出申请，除了“税务机关信息系统、网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据等，主管税务机关应在上报文件中详细说明信息系统或网络故障出现、持续的时间，故障原因及表现等”这种情形外，需提供的资料包括逾期增值税扣税凭证抵扣申请单、增值税扣税凭证逾期情况说明、逾期增值税扣税凭证电子信息、逾期增值税扣税凭证复印件。
其中：①因自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素造成增值税扣税凭证逾期的，纳税人应详细说明自然灾害或者社会突发事件发生的时间、影响地区、对纳税人生产经营的实际影响等情况；②增值税扣税凭证被盗、抢造成逾期的，应提供公安机关证明；③因邮寄丢失、误递造成增值税扣税凭证逾期的，应提供邮政单位出具的说明；④有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，纳税人不能正常履行申报义务造成逾期的，应提供相关司法、行政机关证明；⑤买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证造成逾期的，应提供卖方出具的情况说明；⑥纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长造成增值税扣税凭证逾期的，应详细说明办理搬迁时间、注销旧户和注册新户的时间、搬出及搬入地点等情况；⑦由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病造成增值税扣税凭证逾期的，应提供公安机关、交通管理部门或者医院证明；⑧擅自离职、未能办理交接手续造成增值税扣税凭证逾期的，应详细说明事情经过、办税人员姓名、离职时间等情况，并提供解除劳动关系合同及企业内部相关处理决定。
3、注意事项
需要特别提醒注意的是，符合2011年第50号公告要求的增值税扣税凭证逾期，除了发生真实交易外，最重要的是由于客观原因造成的，而非主观原因造成逾期，且客观原因只限于公告中第二条规定的6种情形，时间只限于2007年1月1日以后开具的扣税凭证，并非所有的增值税扣税凭证逾期都适用该公告。同时，对增值税扣税凭证逾期申请抵扣，主管税务机关将定期或者不定期对纳税人进行复查，发现纳税人提供虚假信息，存在弄虚作假行为的，将责令纳税人将已抵扣进项税额转出，并按征管法规定进行处罚。因此，增值税一般纳税人的扣税凭证一旦认证或比对通过，就要按照国税函〔2009〕617号文件的要求在规定限期办理有关认证事宜，并在次月申报期内申报抵扣进项。如果不能及时申报抵扣进项，依然会引发税务风险。
