今后，余杭区内的企业申请研发费加计扣除，需要按新的规定执行。2012年3月，余杭区科技局、国税、地税、发改局联合下发余科〔2012〕8号文，对区内研究开发费加计扣除规定了具体的办法，与国家税务总局关于印发《企业研究开发费用税前扣除管理办法》国税发〔2008〕116号文的规定比较，余科〔2012〕8号文规定如研发项目要求加计扣除，需经区科技局或区发改局进行确认，并取得《企业研究开发项目确认书》，同时规定，企业当年立项或变更立项的研究开发项目，应在当年度申请项目确认和登记；企业跨年度开发的研发项目，在首次立项研发的年度申请项目确认和登记，以后年度不再报送研究开发项目确认和登记资料。也就是说，企业在立项的当年，就必须报科技局进行项目确认。 而国税发(118)号文规定，只有在主管税务机关对企业申报的研究开发项目有异议的，才要求企业提供政府科技部门的鉴定意见书。”
　　此外，从可加计扣除研究开发费用的内容来看，两者无实质性差别。但两份文件可加计扣除研究开发费用情况归集表的格式有所不同，余科〔2012〕8号文的表式是根据《高新技术企业认定管理工作指引》中的《企业研究开发费用结构归集》演化而来，国税发(118)号文规定的格式纯粹系按该文件内容确定，应当说，余科〔2012〕8号文规定的格式更具可操作性，同时，与高新技术企业认定的衔接也更好。