土地增值税与企业所得税有相似的地方，计税依据在计算时都是以税法规定的收入减除税法规定的扣除项目后得出。扣除项目金额都包括土地费用、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费和开发间接费，还都允许扣除税金和一定的期间费用(房地产开发费用)。由于1995年～2006年期间我国房地产企业发展较快，财政部和国家税务总局又没有出台新的土地增值税政策，尽管两税种的扣除项目是相同的，但每个项目的具体内容并不完全一致，土地增值税扣除项目的内容远远滞后于企业所得说的税前扣除项目的内容，这不仅造成两税种扣除事项的差异，更会造成计算税款时政策把握的难度，增加企业和基层税务机关的工作负担。土地增值税和企业所得税在计算税前扣除项目时的差异主要有：
1、土地费用
在允许扣除的土地费用方面，土地增值税对大市政配套费、土地闲置费、土地变更用途和超面积补交的地价及相关税费、回迁房建造支出、农作物补偿费、危房补偿费等取得土地使用权的费用均没有提及，而企业所得税则规定上述土地使用权而支付的费用均可以计税成本而税前扣除。
2、前期工程费
在前期工程费中，土地增值税对筹建费用没有提及，企业所得说则明确规定筹建费可以作为前期工程费计入计税成本予以扣除。另外，企业所得税中提及的场地通平费比土地增值税的“三通一平”费用的概念要广，随着经济的发展，场地通平费的项目要远多于“通电、通路、通水和土地平整”的标准。
3、建筑安装工程费
土地增值税主要从承建方式上分类，包括出包方式支付给承包单位的建筑安装工程费和自营方式发生的建筑安装工程费，企业所得税主要从建筑安装工程费的内容上分类，包括开发项目的建筑工程费和开发项目安装工程费。建筑安装工程费是房地产企业最基本也是最核心的成本费用，两个税种在建筑安装工程费方面基本没有差异。
4、基础设施费
对于基础设施费，土地增值税采取正列举方式，基础设施费包括道路、供水、供电、供气、排污、排洪、通讯、照明、环卫、绿化等10项内容，企业所得税则规定基础设施费包括社区管网工程费和园林环境工程费两大部分，将道路、供水、供电、供气、排污、排洪、通讯、照明8项内容归入社区管网工程费，将环卫、绿化2项内容划归园林环境工程费。企业所得税里的基础设施费涵盖的内容要比土地增值税要广，立法具有前瞻性。
5、公共配套设施费
土地增值税暂行条例实施细则中规定公共配套设施费包括开发小区内不能有偿转让的公共配套设施发生的支出，而企业所得税(国税发(2009)31号)对公共配套设施费的判定比土地增值税严格，具体标准是：开发项目内发生的、独立的、非营利性的，且产权属于全体业主的，或无偿赠与地方政府、政府公用事业单位的公共配套设施支出。
对于公共配套设施费的内容，土地增值税和企业所得税列举的内容也不同：国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知(国税发〔2006〕187号)中列举的配套设施包括居委会和派出所用房、学校、医院、邮电通信、停车场等。企业所得税(国税发(2009)31号文)列举的配套设施没有上述项目。
对于建造停车场，土地增值税法规没有提及，而企业所得税(国税发(2009)31号文第三十三条)规定：企业单独建造的停车场所，应作为成本对象单独核算。利用地下基础设施形成的停车场所，作为公共配套设施进行处理
对公共配套设施费的税务处理，土地增值税(国税发〔2006〕187号)规定：建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。企业所得税(国税发(2009)31号)规定：(公共配套设施)产权归房地产企业所有的、未明确产权归属的、无偿赠与地方政府和公用事业单位以外其他单位的，企业自用的建造固定资产处理，非自用的按建造开发产品处理。这里按按建造开发产品处理，其含义即指收入作为计税收入，成本作为计税成本。通过比较可以看出，企业所得税列举的情况要比土地增值税要复杂。
6、开发间接费
在间接开发费中，土地增值税未提及工程管理费和项目营销设施建造费。而企业所得税则规定间接开发费包括工程管理费和项目营销设施建造费，开发间接费包括的项目比土地增值税要广，操作性更强。
7、期间费用
(1)土地增值税
土地增值税的扣除项目里的期间费用(房地产开发费用)，是按规定比例计算的限额扣除，不区分销售费用、管理费用和财务费用等会计科目，也不考虑企业实际列支的期间费用的金额，也不实行凭合法票据扣除。开发费用规定的扣除比例根据借款利息的不同情形分5%和10%两种情况，房地产企业的借款利息符合规定条件(1、能按转让房地产项目计算分摊利息；2、提供金融机构证明)可以据实扣除，扣除比例为5%，借款利息不能据实扣除的，扣除比例为10%；
(2)企业所得税
企业所得税允许扣除的有期间费用，具体包括销售费用、管理费用和财务费用，企业所得税对于期间费用的税前扣除，一是要凭合法的票据(发票)扣除，二是遵循实际发生原则，予提费用不允许税前扣除，除此之外，依据费用项目的不同，又有许多具体的规定：
(1)对于广告费和业务宣传费，企业所得税法实施条例(国务院令第512号)第四十四条规定：企业发生的符合条件的广告费和业务宣传费支出，除国务院财政、税务主管部门另有规定外，不超过当年销售(营业)收入15%的部分，准予扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。这里面正确的理解是，企业实际发生的广告费与业务宣传费两项费用之和不超过当年销售(营业)收入的15%，不能理解为广告费和业务宣传费分别不超过当年销售(营业)收入的15%。
(2)对于业务招待费，企业所得税法实施条例(国务院令第512号)第四十三条规定： 企业发生的与生产经营活动有关的业务招待费支出，按照发生额的60%扣除，但最高不得超过当年销售(营业)收入的5‰。即两项标准中取低者。
(4)对于境外销售的佣金，?房地产开发经营业务企业所得税处理办法(国税发〔2009〕31号)第二十条规定：企业委托境外机构销售开发产品的，其支付境外机构的销售费用(含佣金或手续费)不超过委托销售收入10%的部分，准予据实扣除。
(5)关于三项经费，?企业所得税法实施条例(国务院令第512号)有如下规定
企业发生的职工福利费支出，不超过工资薪金总额14%的部分，准予扣除。
企业拨缴的工会经费，不超过工资薪金总额2%的部分，准予扣除。
除国务院财政、税务主管部门另有规定外，企业发生的职工教育经费支出，不超过工资薪金总额2.5%的部分，准予扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。
8、借款利息
(1)土地增值税
财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知(财税字(1995)第048号)第八条规定：扣除项目金额中的利息，上浮幅度按国家的有关规定执行，超过上浮幅度的部分不允许扣除； 对于超过贷款期限的利息部分和加罚的利息不允许扣除。
土地增值税暂行条例实施细则(财法字【1995】第006号)第七条规定： 财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额；凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，利息不允许扣除，但房地产开发费用按取得土地使用权和房地产开发成本之和的10%以内计算扣除。
(2)企业所得税
房地产开发经营业务企业所得税处理办法(国税发〔2009〕31号)第三十一条规定：企业的利息支出按以下规定进行处理：
企业为建造开发产品借入资金而发生的符合税收规定的借款费用，可按企业会计准则的规定进行归集和分配，其中属于财务费用性质的借款费用，可直接在税前扣除。即只限于财务费用中的利息才可以税前扣除。
企业集团或其成员企业统一向金融机构借款分摊集团内部其他成员企业使用的，借入方凡能出具从金融机构取得借款的证明文件，可以在使用借款的企业间合理的分摊利息费用，使用借款的企业分摊的合理利息准予在税前扣除。即统借统还贷款借入方在提供从金融机构取得借款的证明文件后，分摊的利息也可税前扣除。
对于关联企业之间支付的借款利息，未超过财税[2008]121号文规定的关联债资比例(房地产企业为2：1)的部分允许税前扣除，超过部分不得在发生当期和以后年度扣除。
企业所得税法实施条例(国务院令第512号)第三十八条规定：企业在生产经营活动中发生的下列利息支出，准予扣除：
非金融企业向金融企业借款的利息支出、金融企业的各项存款利息支出和同业拆借利息支出、企业经批准发行债券的利息支出；
非金融企业向非金融企业借款的利息支出，不超过按照金融企业同期同类贷款利率计算的数额的部分。
9、税金
土地增值税允许扣除的税金主要是与转让房地产有关的税金，包括在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、教育费附加和印花税。
企业所得税可以扣除的税金是指与整个生产经营有关的税金，不仅包括营业税、城市维护建设税、教育费附加和印花税，还包括土地增值税、土地使用税、房产税、车船税。企业所得税允许扣除的税种比土地增值税要多。
10、转让旧房的旧房价值
土地增值税规定，在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格，同时评估价格须经当地税务机关确认。
企业所得法中没有明确的规定，但在会计处理时，要先将该房屋的净值转入固定资产清理，缴纳的税金和发生的清理费用也计入固定资产清理，最后将固定资产清理科目的余额转入营业外收支科目，纳税申报时营业外收支是企业所得税申报表的计算项目，所以旧房的账面净值是可以扣除的。
11、按揭贷款担保金
土地增值税法规对按揭贷款担保金没有提及，而企业所得税(国税发(2009)31号第十九条)则明确规定：企业采取银行按揭方式销售开发产品的，凡约定企业为购买方的按揭贷款提供担保的，其销售开发产品时向银行提供的保证金(担保金)不得从销售收入中减除，也不得作为费用在当期税前扣除，但实际发生损失时可据实扣除。
12、加计扣除和预提费用
(1)土地增值税
土地增值税暂行条例实施细则第七条规定：对从事房地产开发的纳税人可按取得土地使用权所支付的金额、开发土地和新建房及配套设施的成本的金额之和，加计20%的扣除。加计扣除是在取得土地使用权和房屋开发成本据实扣除的基础上，允许再额外扣除20%的 额度，这里的加计扣除金额是对房地产企业的照顾，是按规定比例和规定项目计算出来的，并不要求实际发生。土地增值税对房地产企业有加计20%扣除的优惠，但不允许预提成本。
(2)企业所得税
企业所得税(国税发(2009)31号第三十二条)以下几项费用可以预提：
出包工程未最终办理结算而未取得全额发票的，在证明资料充分的前提下，其发票不足金额可以预提，但最高不得超过合同总金额的10%。
公共配套设施尚未建造或尚未完工的，可按预算造价合理预提建造费用。此类公共配套设施必须符合已在售房合同、协议或广告、模型中明确承诺建造且不可撤销，或按照法律法规规定必须配套建造的条件。
应向政府上交但尚未上交的报批报建费用、物业完善费用可以按规定预提。物业完善费用是指按规定应由企业承担的物业管理基金、公建维修基金或其他专项基金。
企业所得税法里面没有加计扣除的规定，但对于符合上述规定条件的费用项目可以预提。
