住房公积金是单位及其在职职工缴存的长期住房储金，是住房分配货币化、社会化、法制化的主要形式。目前涉及住房公积金的成文法规仅有2002年颁布的《住房公积金管理条例》，其余均以部门规章、地区性规章的形式予以规范，这也造成了导致不同地区、行业、企业住房公积金缴存情况各不相同，在计算住房公积金个人所得税税前扣除额时也有较大差异。
一、住房公积金计算、缴存及税前扣除的现行政策
(一)住房公积金缴存基数(月工资)的现行政策。缴存住房公积金的月工资基数，原则上不应超过职工工作地所在设区城市统计部门公布的上一年度职工月平均工资的2倍或者3倍(《关于住房公积金管理若干具体问题的指导意见》(建设部 财政部人民银行 建金管【2005】5号))。单位和职工个人缴存住房公积金的月平均工资不得超过职工工作地所在设区城市上一年度职工月平均工资的3倍，具体标准按照各地有关规定执行(《关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》(财政部、国家税务总局 财税【2006】10号))
(二)住房公积金缴存比例的现行政策。1、职工和单位住房公积金的缴存比例均不得低于职工上一年度月平均工资的5%；有条件的城市，可以适当提高缴存比例(《住房公积金管理条例》(国务院令【2002】第350号))。2、国家机关、国有企业、城镇集体企业、外商投资企业、城镇私营企业及其他城镇企业、事业单位、民办非企业单位、社会团体(以下简称单位)及其在职职工，应当按《住房公积金管理条例》的规定缴存住房公积金。单位和职工缴存比例不应低于5%，原则上不高于12%(《关于住房公积金管理若干具体问题的指导意见》(建设部、财政部、人民银行建金管【2005】5号))。
(三)在计算个人所得税时对缴纳住房公积金部分进行税前扣除的现行政策。单位和个人分别在不超过职工本人上一年度月平均工资12%的幅度内，其实际缴存的住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。(财政部、国家税务总局 财税【2006】10号))
需要说明的是，税务部门在计算住房公积金个人所得税税前扣除额上限与公积金管理部门规定的公积金缴存额上限是两个不同概念。以2012年度无锡市公积金缴纳(个人部分)为例，依据无锡市统计局公布的2011年度无锡全市在岗职工年平均工资40141.5元，可计算出税务部门允许税前扣除的上限为(40141.5/12)*3*0.12=1204.25元；而依据无锡市公积金管理中心《关于调整住房公积金缴存基数等有关问题的通知》规定，2011年7月1日起职工住房公积金月缴存上限为12400*12%=1488元；两者存在一定差异。
二、缴存住房公积金时个人所得税税前扣除额的计算
根据“财税【2006】10号”文件，在计算缴存住房公积金个人所得税税前扣除额时，需要符合“不超过职工本人上一年度月平均工资12%的幅度”这一条件，实际上对公积金的缴存基数(月度平均工资)和缴存比例(12%)两点进行了规范。只要缴存基数、缴存比例中有一个指标超过规定的标准，超出的那部分住房公积金不能在个人所得税税前扣除，应并入个人当期的应纳税所得额，按“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。
(一)准予税前扣除的缴存基数的确定
准予税前扣除的缴存基数，应以“上一年度当地职工月平均工资3倍，上一年度实际月平均工资，该职工实际缴纳住房公积金基数”三者中最低值为准。举例如下：
1、A市2011年度职工月平均工资的3倍为5000元，张某2012年7月实际缴纳住房公积金的基数为6000元，张某2011年月平均工资7000元；缴存比例为12%。
张某的准予税前扣除的缴存基数为2011年A市职工月平均工资的3倍，即5000元。计算个人所得税税前扣除时应扣减(6000-5000)*12%=120元
2、B市2011年度职工月平均工资的3倍为6000元，张某2012年7月实际缴纳住房公积金的基数为7000元，张某2011年月平均工资5000元；缴存比例为12%。
张某的准予税前扣除的缴存基数应为其2011年月平均工资，即5000元。计算个人所得税税前扣除时应扣减(7000-5000)*12%=240元
3、C市2011年度职工月平均工资的3倍为6000元，张某2012年7月实际缴纳住房公积金的基数为5000元，张某上年月平均工资7000元；缴存比例为12%。
张某的准予税前扣除的缴存基数为实际缴纳基数，即5000元, 计算个人所得税税前扣除时无需调整。
(二)准予税前扣除的缴存比例的确定
准予税前扣除的缴存比例，应以“该职工实际住房公积金缴存比例，法律法规中规定的最高缴存比例(12%)”中较低值为准。举例如下：
1、甲某所在公司2012年7月为其缴纳住房公积金扣缴比例为单位18%，个人15%，缴存基数为5000元(缴存基数符合税前扣除规定)
甲某的准予税前扣除的缴存比例为12%，其超出部分应在计算税前扣除时予以扣减，扣减额为5000*(18%-12%)+5000*(15%-12%)=450元。
2、乙某所在公司2012年7月为其缴纳住房公积金扣缴比例为单位10%，个人10%，缴存基数为5000元(缴存基数符合税前扣除规定)
甲某的准予税前扣除的缴存比应例为其实际扣缴比例10%计算，税前扣除时无需调整。
在逐一确定准予税前扣除的缴存基数和缴存比例后，即可计算出准予税前扣除的公积金缴存数额，并进行相应的税务调整。
