问：什么是非居民企业股权转让所得？
答：非居民企业，是指依照外国(地区)法律成立且实际管理机构不在中国境内，但在中国境内设立机构、场所的，或者在中国境内未设立机构、场所，但有来源于中国境内所得的企业。《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》(国税函〔2009〕698号)中有明确规定，非居民企业股权转让所得是指非居民企业转让中国居民企业的股权(不包括在公开的证券市场买入并卖出中国居民企业的股票)所取得的收入。
问：非居民企业转让居民企业股权的所得，适用税率是多少？
答：根据《中华人民共和国企业所得税法》及实施细则规定，非居民企业转让我国居民企业股权取得所得，需按照10%的税率缴纳企业所得税。如果该非居民企业是与我国签订了税收协定或安排的国家或地区的税收居民，则非居民企业向主管税务机关申请享受税收协定待遇、并经税务机关审批同意后，可按照相关税收协定或安排中关于征税权划分的规定执行。
如香港的居民企业转让其拥有的内地居民企业的股权，按照内地与香港签订的税收安排规定，有两种情况内地有征税权：一是在股份持有人转让公司股份前三年内，该公司财产至少百分之五十曾经直接或者间接由位于内地的不动产所组成；二是该收益人在转让行为前的十二个月内，曾经直接或间接参与该公司至少百分之二十五的资本。如不属于这两种情况，香港居民企业申请享受税收协定待遇并经审批同意后，可不在中国缴税。
问：股权转让所得是如何计算确定的？
答：企业股权转让所得是指股权转让价减除股权成本价的差额。其中：股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币性资产或者权益等形式的金额；股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。被投资企业如有未能分配的利润和税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。
问：若同一非居民企业存在多次、多币种投入或购买股权的，如何确定股权转让所得？
答：在计算股权转让所得时，以非居民企业向被转让股权的中国居民企业投资时或向原投资方购买该股权时的币种计算股权转让价和股权转让成本价。如果同一非居民企业存在多次投资的，以首次投入资本时的币种计算股权转让价和股权成本价，以加权平均法计算股权成本价；多次投资时币种不一致的，则应按照每次投入资本当日的汇率换算成首次投资时的币种。
问：非居民企业转让中国境内居民企业股权采取分期付款方式的，应何时确认收入？
答：非居民企业直接转让中国境内居民企业股权，如果股权转让合同或协议约定采取分期付款方式的，应于合同或协议生效且完成股权变更手续时，确认收入实现。
问：非居民企业股权转让是否可适用特殊性税务处理的规定？
答：非居民企业股权转让符合一定条件可以适用特殊性税务处理的规定。主要文件依据如下：
《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕59号，以下简称"《通知》")第五条规定，企业重组同时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定：
1.具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。
2.被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例。
3.企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。
4.重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例。
5.企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
第七条规定，企业发生涉及中国境内与境外之间(包括港澳台地区)的股权和资产收购交易，除应符合上述条件外，还应同时符合下列条件，才可选择适用特殊性税收处理规定：
1.非居民企业向其100%直接控股的另一非居民企业转让其拥有的居民企业股权，没有因此造成以后该项股权转让所得预提税负担变化，且转让方非居民企业向主管税务机关书面承诺在3年(含3年)内不转让其拥有受让方非居民企业的股权；
2.非居民企业向与其具有100%直接控股关系的居民企业转让其拥有的另一居民企业股权；
3.居民企业以其拥有的资产或股权向其100%直接控股的非居民企业进行投资；
4.财政部、国家税务总局核准的其他情况。
《关于非居民企业股权转让适用特殊性税务处理有关问题的公告》(国家税务总局公告2013年第72号)指出，《通知》第七条第(一)款规定的情形包括因境外企业分立、合并导致中国居民企业股权被转让的情形。
问：非居民企业股权转让选择特殊性税务处理是否需要备案？
答：需要。非居民企业股权转让选择特殊性税务处理的，应于股权转让合同或协议生效且完成工商变更登记手续30日内进行备案。受让方为另一非居民企业的，由转让方向被转让企业所在地所得税主管税务机关备案；受让方为居民企业的，由受让方向其所在地所得税主管税务机关备案。股权转让方或受让方可以委托代理人办理备案事项；代理人在代为办理备案事项时，应向主管税务机关出具备案人的书面授权委托书。
问：非居民企业股权转让选择特殊性税务处理备案时应报送哪些资料？
答：股权转让方、受让方或其授权代理人(以下简称备案人)办理备案时应填报以下资料：
1.《非居民企业股权转让适用特殊性税务处理备案表》；
2.股权转让业务总体情况说明，应包括股权转让的商业目的、证明股权转让符合特殊性税务处理条件、股权转让前后的公司股权架构图等资料；
3.股权转让业务合同或协议(外文文本的同时附送中文译本)；
4.工商等相关部门核准企业股权变更事项证明资料；
5.截至股权转让时，被转让企业历年的未分配利润资料；
6.税务机关要求的其他材料。
问：非居民企业股权转让未进行特殊性税务处理备案的，应如何处理？
答：非居民企业股权转让未进行特殊性税务处理备案或备案后经调查核实不符合条件的，适用一般性税务处理规定，应按照有关规定缴纳企业所得税。
问：非居民企业股权转让所得应如何缴纳企业所得税款？
答：根据《中华人民共和国企业所得税法》、《国家税务总局关于印发<非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法>的通知》(国税发〔2009〕3号)以及《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》(国税函〔2009〕698号)的规定，对非居民企业在我国境内取得股权转让所得应缴纳的企业所得税，实行源泉扣缴，以支付人为扣缴义务人。扣缴义务人未依法扣缴或者无法履行扣缴义务的，非居民企业应自合同、协议约定的股权转让之日(如果转让方提前取得股权转让收入的，应自实际取得股权转让收入之日)起7日内，到被转让股权的中国居民企业所在地负责该居民企业所得税征管的主管税务机关申报缴纳企业所得税，非居民企业未按期如实申报的，依照税收征管法的有关规定处理。
股权转让交易双方均为非居民企业且在境外交易的，被转让股权的境内企业在依法变更税务登记时，应将股权转让合同复印件报送主管税务机关。取得所得的非居民企业自行或委托代理人向被转让股权的境内企业所在地主管税务机关申报纳税。被转让股权的境内企业应协助税务机关向非居民企业征缴税款。
问：什么情况下间接转让股权的非居民企业须向主管税务机关报告股权转让事项、提供相关资料？
答：境外投资方(实际控制方)间接转让中国居民企业股权，如果被转让的境外控股公司所在国(地区)实际税负低于12.5%或者对其居民境外所得不征所得税的，应自股权转让合同签订之日起30日内，向被转让股权的中国居民企业所在地主管税务机关提供以下资料：
1.股权转让合同或协议；
2.境外投资方与其所转让的境外控股公司在资金、经营、购销等方面的关系；
3.境外投资方所转让的境外控股公司的生产、经营、人员、账务、财产等情况；
4.境外投资方所转让的境外控股公司与中国居民企业在资金、经营、购销等方面的关系；
5.境外投资方设立被转让的境外控股公司具有合理商业目的的说明；
6.税务机关要求的其他相关资料。
问：非居民企业间接转让居民企业股权是否具有纳税义务？
答：境外投资方(实际控制方)通过滥用组织形式等安排间接转让中国居民企业股权，且不具有合理的商业目的，规避企业所得税纳税义务的，主管税务机关层报税务总局审核后可以按照经济实质对该股权转让交易重新定性，否定被用作税收安排的境外控股公司的存在，从而判定非居民企业的纳税义务。
某征税案例示例如下：
D公司为一家中国境内的中外合资企业，新加坡C公司持有其50%的股权。新加坡C公司是新加坡B公司的全资子公司，实收资本仅为100元新币。2009年5月，新加坡B公司将其在新加坡设立的全资控股公司C公司100%的股权转让给境内A公司，获取股权转让收益900多万元。
股权架构图如下：
(图片)
通过调查核实，被转让方新加坡C公司实收资本仅为100新币，持有中国境内D公司50%股权外，没有从事其他任何投资和经营活动，也不具备对中国境内公司投资进行决策和承担风险的能力，其作为法人企业的形式与其在交易中所实际发挥的功能之间存在本质差异。其实质是把新加坡C公司充当新加坡B公司转让中国境内D公司股权的管道。根据《中华人民共和国企业所得税法》第四十七条、《企业所得税法实施条例》第一百二十条、《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》(国税函〔2009〕698号)相关规定，新加坡B公司转让C公司股权的实质是转让境内D公司50%的股权，以减少和免除在我国缴纳税款为主要目的的，实施了不具有合理商业目的的安排，税务机关有权按照合理的方法调整。经层报总局，税务机关对新加坡B公司取得的股权转让收益征收企业所得税98万元。
解读国家税务总局公告2011年第24号：重点分析对698号文的解释性规定
国家税务总局于2011年3月28日颁布了2011年第24号公告，就非居民企业所得税管理的若干问题作出了规定。公告自2011年4月1日起施行，并同时适用于施行前发生但未作税务处理的事项。
第一部分 对698号文的解释性规定
第24号公告的重要性之一在于，国家税务总局在该公告中对国税函 [2009]698号文件(即《国家税务总局 关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》，以下简称“698号文”)的某些争议性内容进行了解释和澄清。 由于涉及非居民企业的一些基本术语或概念在698号文中并未得到十分清晰的解释，因此从2009年12月10日文件出台起，该文件就引发了不少争议。国家税务总局在第24号公告的第六条中就其中的一些问题进行了澄清。以下我们将就第六条的内容作逐款讨论：
第(一)款：非居民企业直接转让中国境内居民企业股权，如果股权转让合同或协议约定采取分期付款方式的，应于合同或协议生效且完成股权变更手续时，确认收入实现。
上述条款提及了在分期付款方式下，股权交易收入实现的时点；这在698号文中并没有具体规定。但是，第24号公告没有明确提到，非居民企业在该情况下是否应像698号文第二条中所规定的，自合同、协议约定的股权转让之日(如果提前取得股权转让收入的，则为实际取得股权转让收入之日)起7日内，到中国当地税务局申报缴纳企业所得税。此外，第24号公告也没有提及股权转让价格可能会因为股权转让协议生效和股权变更手续完成后发生的事件而进行调整的情形。
第(二)款：698号文第一条所称“在公开的证券市场上买入并卖出中国居民企业的股票”，是指股票买入和卖出的对象、数量和价格不是由买卖双方事先约定而是按照公开证券市场通常交易规则确定的行为。在公开的证券市场上买入并卖出中国居民企业的股票并不适用698号文的规定。
由以上解释看来，非居民企业通过场外交易或私募交易方式转让中国居民企业的股票似乎仍属于698号文的适用范畴。
第(三)款：对698号文第五条中提到的三个概念进行了定义。如果非居民企业符合第五条规定的条件，则其将需要履行698号文中的报告义务。698号文第五条规定，如果符合下列要求，通过出售中国控股公司以间接转让中国居民企业股权的“境外投资方(实际控制方)”需履行资料报告义务：被转让的境外控股公司所在国(地区)实际税负低于12.5%，或者被转让的境外控股公司所在国(地区)对其居民境外所得不征所得税。
1、“境外投资方(实际控制方)” 鉴于698号文没有进行明确的定义，“境外投资方(实际控制方)”的具体范畴一直备受争议。第24号报告将此界定为间接转让中国居民企业股权的所有境外投资者。因此，这似乎意味着即使间接控制中国企业1%的股份仍然有可能需要履行698号文的报告义务。曾有某些观点认为，未持有多数股权(如小于50%或者25%的持股比例)或是从会计角度不具有实际控制的境外投资方不适用698号文的资料报告要求；与该理解相比，第24号公告的规定似乎更加严苛。对于之前以其对中国居民企业不具有“实际控制”为理由以规避698号文报告义务的非居民企业，如今可能需要根据第24号公告的规定履行698号文的报告义务。
2、“实际税负” 公告发布之前，针对“实际税负”一直存在不同的理解，如被转让的境外中间控股公司的税负，或是控股公司所在国(地区)的税率等。第24号公告对此进行了澄清。 公告将“实际税负”定义为股权转让所得的实际税负。因此，这似乎意味着只要股权转让所得在被转让中间控股公司所在国(地区)的适用税率不低于12.5%，转让方将豁免于698号文的报告义务。
3、对境外所得 “不征所得税” 698号文第五条的字面表述似可理解为，当境外中间控股公司所在国(地区)对境外所得不征所得税时，转让方即负有报告义务。第24号公告明确，该条件仅指被转让的境外中间控股公司所在国(地区)对境外股权转让所得不征企业所得税的情况，且似乎并不包括当地对其他类型的境外所得(例如，股息、利息)不征企业所得税的情形。然而，对于因为税收优惠或者参与免税制度而对资本性所得不征所得税的国家(地区)是否属于第五条所列情形，仍然有待进一步的明确。
第(四)款：两个及两个以上境外投资方同时间转让中国居民企业股权的，可由其中一方按照698号文第五条规定向被转让股权的中国居民企业所在地主管税务机关提供资料。
该条款表明多个非居民投资方可以选择一名代表履行698号文的报告义务。鉴于公告要求所有的投资方都须遵守698号文的规定，该条款可以减轻投资方的整体合规负担，尤其是对于仅拥有少数权益的投资方。因此，各投资方应在其收购协议的谈判中考虑这一规定的影响，并商定合适的方法选取一名投资方代表其他投资方履行698号文的报告义务。
第(五)款：境外投资方同时间接转让两个及两个以上且不在同一省(市)中国居民企业股权的，可以选择向其中一个中国居民企业所在地主管税务机关按照698号文第五条规定提供资料，由该主管税务机关所在省(市)税务机关与其他省(市)税务机关协商确定是否征税，并向国家税务总局报告；如果确定征税的，应分别到各中国居民企业所在地主管税务机关缴纳税款。
该条款解决了在涉及间接转让多个(位于不同地方的)中国居民企业时，境外投资方应向哪家税务局进行资料报告的问题。
第二部分 其他非居民企业税务事项
除了698号文的相关事项以外，第24号公告的第一至第五条还就非居民企业的一些其他税务事项进行了解释。我们就这些条款讨论如下：
第一条 预提所得税的扣缴时点
在合同付款和实际付款时间不一致的情况下，第24号公告明确了扣缴预提所得税的时间。例如，一家中国境内企业可根据有关合同或协议的约定向非居民企业支付利息、租金或特许权使用费。但中国境内企业实际上有可能并未按照合同或协议约定的日期支付上述款项，或者变更或修改合同或协议以延期支付。但是，如果中国境内企业已将上述支出计入企业当期成本、费用，并在企业所得税年度纳税申报中做税前扣除，该境内企业应在企业所得税年度纳税申报时就非居民企业的有关所得(即应支付给非居民企业的相关款项)代扣代缴企业所得税。中国境内企业亦可能将有关利息、租金或特许权使用费计入相应资产原价或企业筹办费，未来在该类资产投入使用或开始生产经营后通过折旧和摊销的方式分年度在企业所得税前扣除。这种情况下，中国境内企业应在企业计入相关资产的年度纳税申报时就上述所得全额代扣代缴企业所得税。此项规定似乎并不符合前文所述的在计入当期成本、费用的同时预提所得税的配比原则，此时支出已计入相应资产原价但并未做税前扣除，却仍然需要扣缴相关的预提所得税。最后，如果企业在合同或协议约定的支付日期之前支付上述所得款项的，应在实际支付时按照企业所得税法有关规定代扣代缴企业所得税。
第二条 担保费
非居民企业取得来源于中国境内的担保费，应按照企业所得税法对利息所得规定的税率计算缴纳企业所得税。根据第24号公告第二条的定义，上述“担保费”，是指中国境内企业、机构或个人在借贷、买卖、货物运输、加工承揽、租赁、工程承包等经济活动中，接受非居民企业提供的担保所支付或负担的担保费或相同性质的费用。第24号公告对担保费的定义包括与非借贷活动(例如买卖、货物运输、加工承揽、租赁、工程承包等)相关的担保费。但是，尚不清楚第24号公告是否旨在将这类担保费定性为利息收入，或是仅表明担保费的适用税率应参照适用于利息的预提税税率。由于在某些税务协定(例如中国内地与香港、新加坡签订的协定)中，“利息”所得可能会享受较低的协定税率优惠，因此这一区分会显得非常重要；而在税收协定中，“利息”一般定义为“从各种债权取得的所得，不论其有无抵押担保或者是否有权分享债务人的利润”。根据第24号公告，与借贷活动相关的担保费或许可以被界定为利息收入以享受优惠的协定待遇。然而，公告提及的与非借贷活动相关的担保费是否可以同样适用协定优惠仍然存在疑问。
第三条 土地使用权的转让
非居民企业在中国境内未设立机构、场所而转让中国境内土地使用权，或者虽设立机构、场所但取得的土地使用权转让所得与其所设机构、场所没有实际联系的，其土地使用权转让所得应适用企业所得税源泉扣缴的规定。其应税所得应为土地使用权转让收入总额减除计税基础后的余额，并由扣缴义务人代扣代缴企业所得税。第24号公告并未对“计税基础”做出定义，或可参照《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第六十六条第一款的规定，即外购的无形资产，以购买价款和支付的相关税费以及直接归属于使该资产达到预定用途发生的其他支出为计税基础。
第四条 融资租赁和不动产的租金收入
第四条第一款针对在中国境内未设立机构、场所的非居民企业，其以融资租赁方式将设备、物件等租给中国境内企业使用，租赁期满后设备、物件所有权归中国境内企业(包括租赁期满后按一定价格转让给中国境内企业)的情形。在该情形下，非居民企业取得的净收入的计算方法为融资租赁租金收入(包括租赁期满后作价转让给中国境内企业的价款)扣除设备、物件价款后的余额。该净收入作为贷款利息所得计算缴纳企业所得税，并由中国境内企业在支付时代扣代缴。
根据第四条第二款，对于未在中国境内设立机构、场所进行日常管理，却出租位于中国境内的房屋、建筑物等不动产的非居民企业，以其取得的租金收入全额计算缴纳企业所得税，由中国境内的承租人在每次支付或到期应支付时代扣代缴。但是，如果非居民企业委派人员在中国境内，或者委托中国境内其他单位或者个人对其不动产进行日常管理，它将被视为在中国设立机构、场所，该非居民企业应在税法规定的期限内自行申报缴纳企业所得税。对于设立在与中国签订税收协定管辖区内的非居民企业，如果其在中国境内的不动产日常管理活动未形成税收协定下的常设机构，则上述规定将如何适用于该情形尚不明确。然而，在没有税收协定的情况下，第四条第二款意味着非居民企业需要就其在中国设立的机构、场所的营业利润，按照25%的法定企业所得税税率缴纳企业所得税。对于经常通过外包或者成立专门的管理公司等方式来进行不动产日常管理的众多房地产投资控股公司而言，上述规定可能会产生重大的影响。
第五条 权益性投资收益
中国境内居民企业需要在作出利润分配决定的日期就支付给非居民企业的上述权益性投资收益代扣代缴企业所得税。如实际支付时间先于利润分配决定日期的，中国境内居民企业需要在实际支付时代扣代缴企业所得税。
综上所述，第24号公告明确了国家税务总局关于非居民企业的多项税收政策，重申了企业所得一些基本原则，如向非居民企业计提有关款项时即应代扣代缴有关税款。对于通过境外控股公司投资中国境内的非居民企业，该公告最重要的部分无疑是国家税务总局对698号文的诠释。如上所述，国家税务总局在该公告中推出了旨在减少非居民企业合规性操作负担以及简化行政程序的若干积极举措。然而，国家税务总局对某些术语，诸如“实际税负”和“不征所得税”的定义可能还会引致进一步的疑问，并需要新一轮的澄清。
此外，虽然该公告明确了698号文中有资料报告义务的“境外投资方”为间接转让中国居民企业股权的所有投资者，但是在实际操作中，698号文是否会在各地得到积极有效的执行可能仍存在疑问。目前而言，遵从698号文的申报似乎多在自愿和自主申报的基础上进行。尽管如此，关注最近高调的税务稽查案例就可以发现，各地主管税务机关已经陆续加强对698号文的执行管理力度。根据698号文第六款，最终非居民企业是否需要就其间接转让中国居民企业股权的所得缴纳中国企业所得税，仍视乎其是否被认定为“滥用组织形式”且“不具有合理的商业目的”。根据近期公开披露的重庆和江都税务案例的情况，相较于中国控股公司的法律形式及商业目的，当地主管税务机关似乎更偏向于其经济实质。而就此动向，该公告并未明确国家税务总局的官方立场。
鉴于上述情况，我们预期国家税务总局可能会在不久的将来提供进一步释义和指引。与此同时，为了应对不断变化的税务法律法规，我们建议纳税人仍应积极审阅其中国控股架构并识别潜在的税务风险。
解读国税函[2010]79号：股权转让所得不扣除留存收益
国家税务总局出台《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函[2010]79号)，文件第三条明确了关于股权转让所得确认和计算问题，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
转让股权纳税义务发生时间
股权转让是股东行使股权经常而普遍的方式，我国《公司法》规定股东有权通过法定方式转让其全部出资或者部分出资。根据《合同法》第四十四条第一款的规定，股权转让合同自成立时生效。但股权转让合同的生效并不当然等同于股权转让生效。按照我国法律，股权转让合同的生效是指对合同当事人产生法律约束力的问题，股权转让的生效是指股权何时发生转移，即受让方何时取得股东身份的问题。国税函〔2010〕79号文件明确了股权转让所得纳税义务发生时间是转让股权生效，且完成股权变更手续时。可以这样认为，股权转让所得的实现，税法更看重股权登记，即使股权转让合同已经签订，只要股权变更手续没有变更，企业当年也不确认股权转让所得。这也符合《物权法》的有关规定，其第二十三条规定，动产物权的设立和转让，自交付时发生效力，但法律另有规定的除外。
股权成本可以先予扣除
取得股权所发生的成本可以扣除，在新旧所得税法下都是一致的条款。在原企业所得税法下，国家税务总局颁布的《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》(国税发〔2000〕118号)其第二条第二款规定，企业股权投资转让所得或损失是指企业因收回、转让或清算处置股权投资的收入减除股权投资成本后的余额。企业股权投资转让所得应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。2008年新企业所得税法实施后，《企业所得税法实施条例》第七十一条规定：“企业所得税法第十四条所称投资资产，是指企业对外进行权益性投资和债权性投资形成的资产。企业在转让或者处置投资资产时，投资资产的成本，准予扣除。投资资产按照以下方法确定成本：1.通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本；2.通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本。”
财政部、国家税务总局适应新企业所得税法变化出台了《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕59号)就企业合并的相关业务进一步进行了明确。财税〔2009〕59号文件第四条第三项规定了一般性税务处理中企业股权收购、资产收购重组交易，相关交易应按以下规定处理：1.被收购方应确认股权、资产转让所得或损失。2.收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定。3.被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。例如，A企业合并B企业，B企业被合并时账面净资产为1000万元，评估公允价值为1500万元。B企业股东收到合并后新企业股权1500万元。此合并中，A企业接受B企业的净资产按公允价值1500万元作为计税基础。B企业资产评估增值500万元需要按规定缴纳企业所得税，税后按清算分配处理。
一般股权转让所得不扣除留存收益
国税函〔2010〕79号文件规定，企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。国税发〔2000〕118号文件也曾有一般股权交易中，留存收益不允许扣减的表述，第二条规定，被投资企业对投资方的分配支付额，如果超过被投资企业的累计未分配利润和累计盈余公积金而低于投资方的投资成本的，视为投资回收，应冲减投资成本；超过投资成本的部分，视为投资方企业的股权转让所得，应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》(国税函〔2009〕698号)对非居民境外转让股权所得规定中也已经有类似规定，文件第三条规定，股权转让所得是指股权转让价减除股权成本价后的差额。股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币资产或者权益等形式的金额。如被持股企业有未分配利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。
例如：某企业股权投资成本为5000万元，在被投资企业有3000万元的留存收益份额，该企业将股权转让，转让价格为10000万元。按照规定，股权转让所得应该为10000-5000=5000(万元)，虽然留存收益3000万元在企业属于税后收益，但是不能在所得额中扣减。
扣除留存收益的特殊情形
当然，股权转让所得中也有个别可扣除留存收益的特殊情况，在实际业务中要注意区分。比如企业清算时，股东分得的剩余资产，可以扣减留存收益。《企业所得税法实施条例》第十一条第二款规定，投资方企业从被清算企业分得的剩余资产，其中相当于从被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中应当分得的部分，应当确认为股息所得；剩余资产减除上述股息所得后的余额，超过或者低于投资成本的部分，应当确认为投资资产转让所得或者损失。还有国家税务总局发布《关于企业股权转让有关所得税问题的补充通知》(国税函〔2004〕390号)规定，企业进行清算或转让全资子公司以及持股95%以上的企业时，投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积应确认为投资方股息性质的所得。为避免对税后利润重复征税，影响企业改组活动，在计算投资方的股权转让所得时，允许从转让收入中减除上述股息性质的所得。
