实务中，税局在对个体工商户或个人独资企业检查时，若取得的发票为不合规发票，又未取得外部凭证或者取得不合规外部凭证的情形，能否适用《企业所得税税前扣除凭证管理办法》(国家税务总局公告2018年28号)相关规定，若纳税人无法提供相关证明资料，则不允许在计算个人所得税前扣除，按照直接调增个人所得税应纳税所得额进行处理。以下引入一个司法判例，简要进行分析。
一、案例引入
甲炉料加工厂系个人独资企业，因其运费支出未取得合规发票，也未能提供符合税局按照相关文件规定的列支凭证，因此稽查局决定其主张的成本费用依法不允许税前扣除。甲厂投资人A某不服，申请行政复议后被维持原决定。而后起诉，一审法院判决撤销税局决定。税局不服上诉，二审法院驳回上诉，维持原判。
二、争议焦点
(一)个人独资企业是否适用企业所得税法相关政策规定
税局认为，列举的《中华人民共和国发票管理办法》《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》《国家税务总局关于开展打击制售假发票和非法代开发票专项整治行动有关问题的通知》已经可以明确个人独资企业由投资者缴纳个人所得税，不符合规定的发票不得税前扣除。《国家税务总局关于加强企业所得税管理的意见》《企业所得税税前扣除凭证管理办法》两个有关企业所得税文件的规定，是基于保护李某权益的角度引用了上述规定，引用该规定有利于李某，只不过虽然允许李某适用上述规定，但最终因不能满足条件未能适用，因此即便错误引用其他规范性文件也不影响定性结果。
A某认为，税局所罗列的法律法规或规范文件，是对发票的管理规定，说明的是不合规发票不能作为企业所得税税前扣除凭证。但发票作为唯一税前扣除凭证，无法律依据。发票只是证明成本是否发生的证据之一，但不是唯一的证据。另外，个人独资企业按照法律规定，不适用《企业所得税法》，应适用《个人所得税法》税前扣除的规定，而《个人所得税法》没有不合规发票必然不能税前扣除方面的规定。
(二)经营所得个人所得税的税前扣除成本口径问题
税局认为，A某没有提供合规的税前扣除发票，同时无法提供《企业所得税税前扣除凭证管理办法》第十四条、第十五条规定的证明资料，未能提供符合法律规定的列支凭证，其税前扣除运费成本的主张缺乏合法的证据支持。
A某认为，企业提供了支付运费凭证、运输车辆信息等资料，能够清晰准确的证明实际发生运费，应允许企业运费成本在个人所得税税前列支，税务机关在查处过程中未予认定。即使运费发票虚开，也应对当期运费进行核定，再在个税前扣除。
三、法院观点
A某投资的甲炉料加工厂系个人独资企业，税局在案涉税务处理决定中适用《国家税务总局关于加强企业所得税管理的意见》、比照国家税务总局关于发布《企业所得税税前扣除凭证管理办法》的公告作为法律依据，属适用法律错误，撤销税局作出的处理决定。
四、相关政策
(一)个人所得税相关规定
《中华人民共和国个人所得税法》规定，经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第十五条规定，个人所得税法第六条第一款第三项所称成本、费用，是指生产、经营活动中发生的各项直接支出和分配计入成本的间接费用以及销售费用、管理费用、财务费用；所称损失，是指生产、经营活动中发生的固定资产和存货的盘亏、毁损、报废损失，转让财产损失，坏账损失，自然灾害等不可抗力因素造成的损失以及其他损失。
从事生产、经营活动，未提供完整、准确的纳税资料，不能正确计算应纳税所得额的，由主管税务机关核定应纳税所得额或者应纳税额。
(二)企业所得税相关规定
《国家税务总局关于加强企业所得税管理的意见》规定，加强发票核实工作，不符合规定的发票不得作为税前扣除凭据。认真落实不征税收入所对应成本、费用不得税前扣除的规定。
《企业所得税税前扣除凭证管理办法》第三条规定，本办法所称企业是指企业所得税法及其实施条例规定的居民企业和非居民企业。
第十四条规定，企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证的，若支出真实且已实际发生，应当在当年度汇算清缴期结束前，要求对方补开、换开发票、其他外部凭证。补开、换开后的发票、其他外部凭证符合规定的，可以作为税前扣除凭证。
企业在补开、换开发票、其他外部凭证过程中，因对方注销、撤销、依法被吊销营业执照、被税务机关认定为非正常户等特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，可凭以下资料证实支出真实性后，其支出允许税前扣除：(一)无法补开、换开发票、其他外部凭证原因的证明资料(包括工商注销、机构撤销、列入非正常经营户、破产公告等证明资料)；(二)相关业务活动的合同或者协议；(三)采用非现金方式支付的付款凭证......前款第一项至第三项为必备资料。
(三)发票管理相关规定
《中华人民共和国发票管理办法》规定，不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。
《国家税务总局关于开展打击制售假发票和非法代开发票专项整治行动有关问题的通知》规定，对于不符合规定的发票和其他凭证，包括虚假发票和非法代开发票，均不得用以税前扣除、出口退税、抵扣税款。
五、风险提示
(一)适用法律法规及相关政策规定时要严谨
经营所得个人所得税的纳税人指的是从事生产、经营活动取得所得的个体工商户，来源于境内注册的个人独资企业、合伙企业生产、经营的所得个人独资企业投资人、合伙企业的个人合伙人以及从事其他生产、经营活动取得所得的个人。
企业所得税纳税人指的是境内企业和其他取得收入的组织。个人独资企业、合伙企业不适用企业所得税法。
两个税种虽都对所得征税，但纳税主体不同，性质不同，具体要求不同，适用的法律法规及政策也不同。《企业所得税税前扣除凭证管理办法》第三条规定，本办法所称企业是指企业所得税法及其实施条例规定的居民企业和非居民企业。其意自然不包括合伙企业和个人独资企业。本案中税局虽解释是出于有利于纳税人的角度，引用了企业所得税的政策条款，目的是为其经营所得个人所得税税前扣除找一个新的出口。但是在其没有提供合规的税前扣除发票情况下，又严格按照《企业所得税税前扣除凭证管理办法》的要求让其提供证明材料，因其无法提供而不允许税前扣除，这样对文件的引用性质不是参考，而是将此文件列成了执行的依据。
(二)个人所得税和企业所得税前扣除处理要审慎
《企业所得税税前凭证管理办法》解释的税前扣除凭证，是指企业在计算企业所得税应纳税所得额时，证明与取得收入有关的、合理的支出实际发生，并据以税前扣除的各类凭证。旨在对税前扣除凭证做出系统规定和具体解释，减轻纳税人的负担。即发票优先，无合规发票时，考虑其他凭证。若未取得外部凭证或者取得不合规外部凭证的情形，规定了相关的补救措施。但这个补救措施要求提供的证明材料中强调了必备的三项资料，若不满足，即未能凭相关资料证实支出真实性的，相应支出不得在发生年度税前扣除。因此在企业所得税处理时，若企业在规定的期限未能补开、换开符合规定的发票、其他外部凭证，并且未能按照该办法提供相关资料证实其支出真实性的，相应支出不得在发生年度税前扣除。
个人所得税法中税前扣除的要求是生产、经营活动中发生的各项直接支出和分配计入成本费用及生产、经营活动中发生的损失等。个人所得税法及相关文件中对于税前扣除凭证的要求没有具体相关的文件规定，关于个人独资企业和合伙企业相关文件也未见此类内容描述。
但个体工商户个人所得税计税办法中规定，个体工商户资产的税务处理，参照企业所得税相关法律、法规和政策规定执行。实务中造成较大困惑。按照全国人大法工委出台的《立法技术规范》(一)解释，规定以法律法规作为依据的，一般用“依照”。“参照”一般用于没有直接纳入法律调整范围，但是又属于该范围逻辑内涵自然延伸的事项。参照作为参考、对照，是一种指引性的参考，并非必须强制性的遵循，即个体工商户资产的税务处理，可以企业所得税的相关政策规定作为标准加以对比或使用，要结合具体情况，并不是严格按此文件执行。
实操来说，对于个人所得税的税前扣除要求在全面核查证据资料基础上，若用以支持扣除项目的证明资料能够相互印证，足以证明其真实发生、合理相关，无须必须满足《企业所得税税前凭证管理办法》中必备的三项资料，允许在税前扣除。另外，若相关的证明资料无法采信，可以考量其是否符合征管法三十五条有权核定的相关情形，以核定方式来处理。
