近年来，税务行政复议案件数量增长较快。这要求税务机关需要对相关法律和法理有更多的了解。下面这一税务机关败诉的案例，就是对《立法法》和《合同法》的规定理解不到位造成的。
　　争议
　　2006年H市举行某工程建设招投标，政府以工程附属商铺的40年经营使用权作为中标者的投资回报。C公司中标后于2008年完成了工程建设，并与500多商户签订了商铺经营使用权转让合同，一次性收取了租金。2009年1月，C公司按取得销售不动产收入计算企业所得税，缴清了全部税款。
　　根据《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函〔2010〕79号，以下简称79号文件)规定，如果交易合同或协议中规定租赁期限跨年度，且租金提前一次性支付的，根据《企业所得税法实施条例》第九条规定的收入与费用配比原则，出租人可对上述已确认的收入，在租赁期内，分期均匀计入相关年度收入。2012年，C公司据此认为，2008年度公司发生的转租事项，应按租金收入重新计算并缴纳企业所得税，于是向主管税务机关提出退税申请。
　　主管税务机关于2012年12月作出了涉税事项答复：C公司纳税行为发生在2009年1月，而79号文件在2010年2月才开始执行，因《立法法》规定法律不溯及既往，故不支持退税申请。C公司不服，向上级税务机关申请行政复议。上级税务机关经审理认为，区国税局涉税事项答复并无不妥，C公司随即向中院提起诉讼。
　　判决
　　中院审理认为，本案合同属租赁性质，公司收入属租金收入，符合79号文件的相关规定，根据《税收征管法》第51条规定，“纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还”，判决撤销主管税务机关作出的涉税事项答复。
　　主管税务机关不服，向省高院提起上诉。省高院审理认为，C公司与商户签订的合同是商铺的经营使用权转让，属财产权利让渡性质的合同，并非属于租赁合同，C公司取得的收入是参与出资建设工程取得的收益对价，故本案不适用79号文件的相关规定，主管税务机关对合同性质的认定不正确，作出的答复存在对事实认定的不清和适用法律错误，判决驳回上诉，维持中院判决结果。
　　启示
　　本案争议的焦点主要是合同性质的认定和法律的溯及力问题。C公司主管税务机关在处理复议案件时有两点基本认识：一是79号文件不溯及既往，二是合同属于租赁性质。
　　其实，税务机关对“不溯及既往”理解有误。《立法法》规定“法律、行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例、规章不溯及既往”，C公司主管税务机关认为，79号文件肯定属于法律、行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例、规章中的一种，但忽视了《立法法》同时作出的特别规定，即“为了更好地保护公民、法人和其他组织的权利和利益而作的特别规定除外”。也就是说，在一般情况下法律、行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例、规章不溯及既往，但若对纳税人有利就可溯及既往，而79号文件显然是对C公司有利的。还值得注意的是，根据基本法理和《规章制定程序条例》分析，79号文件并不属于法律、行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例、规章中的任何一种。
　　同时，税务机关对《合同法》理解不到位。《合同法》第二百一十四条规定：“租赁期限不得超过20年，超过20年的，超过部分无效，租赁期间届满，当事人可以续订租赁合同，但约定的租赁期限自续订之日起不得超过20年。”C公司与商户签订的合同明显超过了20年的规定，合同并不属于租赁合同。既然涉案合同不属于租赁性质，当然也不适用79号文件的相关规定了。可见，C公司主管税务机关败诉的根本原因，在于对合同性质的认定错误，进而导致了对法律适用的错误。
　　高院回避了“法律溯及力”等问题，主要从合同性质这一关键问题切入，最终作出了判决。税务机关应该从此案中得到启发，在税企争议中应更加注重法律的作用，不断提升自身行政复议水平。