个人所得税征管能力对于保证综合与分类相结合个税模式的实施非常重要。受多方面因素影响，目前个税征管仍然存在着诸多问题。对南京市近20年数据的研究表明，代扣代缴和自行申报相对较好的领域是工资、薪金所得和利息、股息、红利所得。而对于高收入人群来说，除工资、薪金所得以外，其大部分收入税务机关难以掌握。
　　为促进综合与分类相结合的个税制度的建立，有必要进一步完善个税征管机制。笔者建议，加快全国统一的个税征管信息系统建设。推行纳税人税务代码制度是建立健全个税征管信息系统的基础。根据世界各国的成功经验，建议在个人所得税法中作出明确规定，建立纳税人识别号制度并在涉税事务中强制使用，使个人的所有收入项目都能通过这一识别号加以汇总和查询。在此基础上，建立全国统一的个税征管信息系统，实现数据信息的集中和共享。该系统需要涵盖纳税申报、财产收入、代扣代缴、汇算清缴、补退税和数据比对分析等功能。保证做到税务机关在任何地点都能确认纳税人身份，都能受理纳税人的年度申报，调取纳税人日常纳税记录，并根据纳税人的年度申报信息作出补、退税处理。因此，全国税务端必须统一，扣缴义务人端和自行纳税申报端也必须有统一推荐使用的软件。