这是因为，国税函[2009]年694号文件未下发前，单位为职工个人购买商业性补充养老保险等，在办理投保手续时，作为个人所得税的“工资、薪金所得”项目，并入投保当期工资、薪金所得缴纳个人所得税。
国税函[2009]694号文件下发的后，根据其新的规定：“企业年金的企业缴费计入个人账户的部分是个人因任职或受雇而取得的所得，属于个人所得税应税收入，在计入个人账户时，应视为个人一个月的工资、薪金（不与正常工资、薪金合并），不扣除任何费用，按照‘工资、薪金所得’项目计算当期应纳个人所得税款，并由企业在缴费时代扣代缴。对企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的，在计税时不得还原至所属月份，均作为一个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照适用税率计算扣缴个人所得税。”
这样，不论企业是按月、季度、半年或者年度进行缴费，都要单独作为一个月的工资计算缴纳个人所得税。按月缴费因金额较小，所以适用的个人所得税税率较低，因此，税负最轻。
【例】某公司从2010年1月份起建立企业年金基金，企业缴费部分为职工工资总额的5%，该公司员工李先生，2010年全年月平均工资6000元。
1、如果企业年金按年缴费，李先生2010年企业为其缴纳年金部分应缴纳个人所得税具体计算如下：
企业年金应纳税所得额6000×12×5%=3600（元）
适用的税率个人所得税率为15%全年应缴纳的个人所得税3600×15%-125=415（元）
2、如果企业年金按半年缴费，李先生2010年企业为其缴纳年金部分应缴纳个人所得税计算如下：
企业年金每半度应纳税所得额6000×6×5%=1800（元）
适用的个人所得税率为10%每半年应纳个人所得税额为1800×10%-25=155（元）
全年年金应缴纳的个人所得税为155×2=310（元）
3、如果企业年金按季缴费，李先生2010年企业为其缴纳年金部分应缴纳个人所得税计算如下：
企业年金每季度应纳税所得额6000×3×5%=900（元）
适用的个人所得税率为10%每季度应纳个人所得税为900×10%-25=75（元）
全年年金应缴纳的个人所得税为75×4=300（元）
4、如果企业年金按月缴费，李先生2010年企业为其缴纳年金部分应缴纳个人所得税计算如下：
企业年金每月应纳税所得额6000×5%=300（元）
适用的个人所得税率为5%每月就应纳个人所得税300×5%=15（元）
全年年金应缴纳的个人所得税为15×12=180（元）
因此，李先生在企业按月为其缴费的情况下要比按季、半年、全年缴费分别少缴个人所得税120元、130元、235元，降低个人所得税税负一倍左右。
通过上述分析和举例可以看出，新的文件下发后，企业年金按月缴费比按季度、半年、年度缴费，个人所得税税负明显降低。
