国家税务总局制定了《增值税一般纳税人纳税辅导期管理办法》（国税发[2010]40号），本办法自2010年3月20日起执行。《国家税务总局关于加强新办商贸企业增值税征收管理有关问题的紧急通知》（国税发明电[2004]37号）、《国家税务总局关于辅导期一般纳税人实施“先比对、后扣税”有关管理问题的通知》（国税发明电[2004]51号）、《国家税务总局关于加强新办商贸企业增值税征收管理有关问题的补充通知》（国税发明电[2004]62号）、《国家税务总局关于辅导期增值税一般纳税人增值税专用发票预缴增值税有关问题的通知》（国税函[2005]1097号）同时废止，新旧政策对比有几个方面的变化。
　　一般纳税人实行纳税辅导期缩短
　　国税发[2010]40号文件规定，一般纳税人纳税辅导期一般应不少于6个月，对进入纳税辅导期管理的新办小型商贸企业不再实行原临时一般纳税人管理，这里的6个月是下限。文件还规定，新认定为一般纳税人的小型商贸批发企业实行纳税辅导期管理的期限为3个月，其他一般纳税人实行纳税辅导期管理的期限为6个月。实行新办法后，6个月成为纳税辅导期的上限，可见纳税辅导期缩短了。
　　需要注意的是，文件规定，纳税辅导期内，主管税务机关未发现纳税人存在偷税、逃避追缴欠税、骗取出口退税、抗税或其他需要立案查处的税收违法行为的，从期满的次月起不再实行纳税辅导期管理，主管税务机关应制作、送达《税务事项通知书》，告知纳税人。主管税务机关发现辅导期纳税人存在偷税、逃避追缴欠税、骗取出口退税、抗税或其他需要立案查处的税收违法行为的，从期满的次月起按照本规定重新实行纳税辅导期管理，主管税务机关应制作、送达《税务事项通知书》，告知纳税人。
　　纳税辅导期最高开票限额提高
　　国税函[2005]1097号文件规定，辅导期一般纳税人的增值税防伪税控开票系统最高开票限额原则上不得超过1万元，如果开票限额确实不能满足实际经营需要的，主管税务机关可根据纳税人实际经营需要，经审核，按照现行规定审批其增值税防伪税控开票系统最高开票限额和数量。国税发[2010]40号文件则规定，实行纳税辅导期管理的小型商贸批发企业，领购专用发票的最高开票限额不得超过10万元，其他一般纳税人专用发票最高开票限额应根据企业实际经营情况重新核定。
　　需要注意的是，新旧政策均要求对专用发票的领购实行按次限量控制，主管税务机关可根据企业的实际年销售额和经营情况确定每次的专用发票供应数量，但每次发售专用发票数量不得超过25份。同时，辅导期纳税人领购的专用发票未使用完而再次领购的，主管税务机关发售专用发票的份数不得超过核定的每次领购专用发票份数与未使用完的专用发票份数的差额。
　　增购发票预缴税款征收率降低
　　国税函[2005]1097号文件规定，企业按次领购数量不能满足当月经营需要的，可以再次领购，但每次增购前必须依据上一次已领购并开具的专用发票销售额的4%向主管税务机关预缴增值税。由于新增值税条例将小规模纳税人征收率统一降至3%，所以国税发[2010]40号文件规定，辅导期纳税人1个月内多次领购专用发票的，应从当月第二次领购专用发票起，按照上一次已领购并开具的专用发票销售额的3%预缴增值税。虽然新旧政策均明确“未预缴增值税的，主管税务机关不得向其发售专用发票。”但在政策表述方面，国税发[2010]40号文件比国税函[2005]1097号文件更加简洁明了，而且，国税发[2010]40号文件对预缴增值税销售额的确认依据重新进行了明确，即预缴增值税时，纳税人应提供已领购并开具的专用发票记账联，主管税务机关根据其提供的专用发票记账联计算应预缴的增值税。不再要求纳税人提供专用发票清单与专用发票记账联复印件。
　　预缴增值税余额的处理有新规
　　国税发[2010]40号文件首次对纳税辅导期结束后预缴增值税余额的处理进行了明确，即纳税辅导期结束后，纳税人因增购专用发票发生的预缴增值税有余额的，主管税务机关应在纳税辅导期结束后的第1个月内，一次性退还纳税人。
　　同时，国税发[2010]40号文件对辅导期纳税人实施“先比对、后扣税”管理的具体操作办法，并明确规定，扣税凭证必须在比对相符后才能够抵扣。即主管税务机关定期接收交叉稽核比对结果，通过《稽核结果导出工具》导出发票明细数据及《稽核结果通知书》并告知辅导期纳税人。辅导期纳税人根据交叉稽核比对结果相符的增值税抵扣凭证本期数据，申报抵扣进项税额，未收到交叉稽核比对结果的增值税抵扣凭证，留待下期抵扣。