兰州某企业2003年1月注册成立，其他有限责任公司，经营范围是房地产开发、商品房销售、物业管理等，2008年-2009年适用25%税率缴纳企业所得税。2008年-2009年完成二期共17栋楼开发建设，总建筑面积19.57万平方米，总可售面积18.26万平方米，可售面积单位成本2738元/平方米，已售面积16.88万平方米，平均销售单价4429元/平方米。

企业设置了“主营业务收入”、“预收账款”、“开发成本”、“开发间接费用”、“开发产品”、“主营业务成本”、“管理费用”、“销售费用”、“财务费用”、“营业税金及附加”、“应交税费”等主要会计科目，能够规范地对企业的经营情况进行会计核算。开发成本内容主要包括：土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施建设费、公共配套设施费等。成本总金额46737万元，其中：土地开发成本14540万元，占总成本的31%；建筑安装工程成本24154万元，占总成本的52%；其他成本8043万元，占总成本的17%。检查调整后，企业实现经营收入74762万元，营业税金及附加4975万元，经营利润15058万元，企业所得税3957万元，经营利润率20%，税负率12%（含企业所得税）。

查补企业所得税497万元，当期应纳税款8966万元，查补税款占当期应纳税款的5.54%，查补收入正在组织入库。检查发票95份，金额4903万元，已确认假发票31份，金额340万元，查补税款85万元。企业存在的涉税问题主要有：

1、以取得的假发票列支成本费用，应调增应纳税所得额340万元，应补缴企业所得税85万元；

2、超标准列支销售代理手续费及佣金支出，应调增应纳税所得额523万元，应补缴企业所得税131万元；

3、在开发成本中列支与经营活动无关的设备款，应调增应纳税所得额27万元，应补缴企业所得税7万元；

4、收取天然气管网配套费，应计未计收入，应调增应纳税所得额77万元，应补缴企业所得税19万元；

6、多分摊土地开发成本、暂估开发成本，应调增应纳税所得额1020万元，应补缴企业所得税255万元。