国家税务总局广州、各地级市、珠海市横琴新区税务局、广州市南沙区税务局，各地级以上市自然资源主管部门：
为进一步支持佛山市顺德区率先建设广东省高质量发展体制机制改革实验区，加速推进我省村镇工业集聚区升级改造，不断盘活存量土地资源，助推产业加快转型升级，促进我省经济社会高质量发展，国家税务总局广东省税务局、广东省自然资源厅组织编写了《顺德区村镇工业集聚区升级改造税收指引》，现印发给你们。
附件：《顺德区村镇工业集聚区升级改造税收指引》.doc
国家税务总局广东省税务局 广东省自然资源厅
2020年12月29日
顺德区村镇工业集聚区升级改造税收指引
目 录
1政府挂账收储模式
1.1情况描述
1.2典型案例
1.3税务事项处理意见
1.3.1被征收方
1.3.2受让方
1.3.3工程施工方
2政府直接征收模式
2.1情况描述
2.2典型案例
2.3税务事项处理意见
2.3.1被征收方
2.3.2受让方
2.3.3工程施工方
2.4挂账收储或直接征收后以“限地价、竞配建”方式供地
2.4.1情况描述
2.4.2税务事项处理意见
3政府生态修复模式
3.1情况描述
3.2典型案例
3.3税务事项处理意见
3.3.1原权属人
3.3.2工程施工方
4企业长租自管模式
4.1情况描述
4.2典型案例
4.3税务事项处理意见
4.3.1集体土地使用方
4.3.2农村集体经济组织
4.3.3土地受让(承租)方(甲开发企业)
4.3.4工程施工方
5政府统租统管模式
5.1情况描述
5.2典型案例
5.3税务事项处理意见
5.3.1集体土地使用方
5.3.2农村集体经济组织
5.3.3土地受让方(甲开发企业)
5.3.4工程施工方
6企业自主改造模式
6.1情况描述
6.2典型案例
6.3税务事项处理意见
6.3.1不动产权属人
6.3.2工程施工方
7一二级联动开发模式
7.1情况描述
7.2典型案例
7.3税务事项处理意见
7.3.1集体土地承租人
7.3.2农村集体经济组织
7.3.3市场改造主体
8国有集体混合开发模式
8.1情况描述
8.2典型案例
8.3税务事项处理意见
8.3.1国有土地原权属人A
8.3.2集体土地使用人B
8.3.3农村集体经济组织C
8.3.4工程施工方D
8.3.5市场改造主体E
本指引覆盖顺德区现行的八类改造模式，包括：政府挂账收储模式、政府直接征收模式、政府生态修复模式、企业长租自管模式、政府统租统管模式、企业自主改造模式、一二级联动开发模式、国有集体混合开发模式。
本指引基于每种模式的典型案例，梳理改造过程中涉及的增值税、企业所得税、个人所得税、土地增值税、契税以及房产税、城镇土地使用税等税种相关税务处理事项，用于指导村镇工业集聚区升级改造项目的涉税管理。顺德区以外的村镇工业集聚区升级改造项目可参照本指引执行。本指引未尽事宜按照税收法律、法规及相关规定执行。今后国家和省有新规定的按新规定执行。
1 政府挂账收储模式
1.1 情况描述
政府挂账收储模式指的是由政府统筹，改造项目实施方案经改造范围内的土地权属人同意(涉及集体用地的，需经农村集体经济组织表决同意)后，由政府土地储备机构与土地权属人签订挂账收储协议(涉及集体土地的，需先由农村集体经济组织申请将集体土地转为国有)。收储时政府不支付收储补偿费用，待土地完成整理并通过公开交易方式出让后，再向原土地权属人进行补偿。土地出让须满足各镇(街道)的招商要求，由竞得人进行开发建设。
1.2 典型案例
某项目属于拆除重建类“工改工”项目，项目改造范围内土地现状为村级工业区用地，面积约160亩，土地性质为集体建设用地,存在开发强度低、建设标准低、环境污染大、经济效益差、农村集体经济组织收益少等问题。经农村集体经济组织表决同意，集体土地转为国有，政府通过挂账收储形式将土地收储后公开出让。
1.3 税务事项处理意见
该典型案例的税务事项涉及三类纳税人，分别是被征收方(土地权属人及厂房权属人)、土地受让方和工程施工方。涉及的主要税种包括增值税、土地增值税、契税、企业所得税。其中在土地收回环节，增值税、土地增值税、契税可享受相关税收优惠政策。
1.3.1 被征收方
1.3.1.1 土地权属人(集体经济组织)
土地权属人的厂房用地被政府以挂账收储方式收回，并取得货币补偿。
一、增值税
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36号)附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一条第三十七款规定，土地使用者将土地使用权归还给土地所有者免征增值税。原权属人的土地使用权被政府收回，属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者，免征增值税。
二、土地增值税
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第八条、《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》(财法字[1995]6号)第十一条规定，对被征收单位或个人因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用、收回房地产的，免征土地增值税。
三、契税
根据《广东省契税实施办法》(广东省人民政府令第41号)第八条第四项及《关于解释〈广东省契税实施办法〉第八条第四项的批复》(粤府函[2007]127号)规定，被征收方的土地、房屋被县级以上人民政府征用、占用后，异地或原地重新承受土地、房屋权属，其成交价格或补偿面积没有超出规定补偿标准的，免征契税;超出的部分应按规定缴纳契税。
四、企业所得税
集体经济组织收回土地使用权后，土地被政府收储，取得的属于集体经济组织的货币补偿，应按照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的相关规定计入企业所得税收入总额，与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。集体经济组织被政府收储土地的成本，可按合理方法确定。
1.3.1.2 厂房权属人(集体土地使用方)
一、增值税
集体土地使用方因农村集体经济组织提前解除租赁合同而收到违约费用、拆迁补偿费用等经济利益，未提供增值税应税行为，无需缴纳增值税。
二、企业所得税
集体土地使用方因农村集体经济组织提前解除租赁合同而收到违约费用、拆迁补偿费用等经济利益以及集体经济组织的厂房用地被政府征收、并取得货币补偿，对纳入政府“三旧”改造、取得县级以上(含县级)批复文件，符合《国家税务总局关于发布〈企业政策性搬迁所得税管理办法〉的公告》(国家税务总局公告2012年第40号)和《国家税务总局关于企业政策性搬迁所得税有关问题的公告》(国家税务总局公告2013年第11号)规定的，可适用政策性搬迁的相关规定进行处理：企业在搬迁期间发生的搬迁收入和搬迁支出，可以暂不计入当期应纳税所得额，而在完成搬迁(不超过五年)的年度，对搬迁收入和支出进行汇总清算。
若不适用政策性搬迁规定的，按照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的相关规定处理。
1.3.2 受让方
受让方以出让方式取得土地使用权。
一、增值税
受让方为房地产开发企业的，以出让方式取得土地使用权，向政府部门支付土地价款，按《国家税务总局关于发布<房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法>的公告》(国家税务总局公告2016年第18号)的相关规定处理。
二、契税
根据《财政部 国家税务总局关于国有土地使用权出让等有关契税问题的通知》(财税[2004]134号)规定，以协议方式出让的，其契税计税价格为成交价格。成交价格包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费等承受者应支付的货币、实物、无形资产及其他经济利益。
根据《国家税务总局关于明确国有土地使用权出让契税计税依据的批复》(国税函[2009]603号)规定，通过招标、拍卖或者挂牌程序承受国有土地使用权的，对承受者应按照土地成交总价款计征契税，其中的土地前期开发成本不得扣除。
三、企业所得税
根据《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》(国税发[2009]31号)规定，取得土地使用权所发生的支出作为土地开发成本进行税务处理。
1.3.3 工程施工方
工程施工方提供建筑物拆除、土地平整等劳务。
一、增值税
工程施工方提供建筑物拆除、土地平整等服务，应按建筑服务缴纳增值税。
二、企业所得税
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定，施工企业从事建筑、安装、装配工程业务等各项收入，应计入企业所得税收入总额，发生与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。企业从事上述劳务持续时间超过12个月的，按照纳税年度内完工进度或者完成的工作量确认收入的实现。
2 政府直接征收模式
2.1 情况描述
该模式由政府统筹，改造项目实施方案通过农村集体经济组织表决同意后，由政府根据土地管理、房屋征收等法律、法规规定的程序和权限对农村集体经济组织的土地进行征收，征收的土地再由政府依据法定程序进行出让或划拨。
2.2 典型案例
该项目属于拆除重建类项目，现状为集体建设用地工业区，面积约1000亩，存在开发强度低、建设标准低、环境污染大、经济效益差等问题。考虑到农村集体经济组织缺乏土地整理能力，项目拟以政府直接征收模式进行升级改造。具体为：
农村集体经济组织表决同意后，政府开展土地整理工作，按照《佛山市顺德区村级工业园升级改造工作领导小组办公室关于印发<顺德区村级工业园厂房搬迁补偿工作指引>的通知》(顺村改办[2018]1号)和《佛山市顺德区村级工业园升级改造工作领导小组办公室关于印发<顺德区村级工业园厂房搬迁补偿工作指引有关规定>的通知》(顺村改办[2018]8号)的搬迁补偿标准对搬迁厂房进行补偿，给予农村集体经济组织相应的补偿，并委托施工企业完成建筑物拆除、土地平整等，在农村集体经济组织申请将集体土地转为国有土地后完成土地收储。其后，政府再将地块公开出让，由竞得人投入资金开发建设。
2.3 税务事项处理意见
该典型案例的税务事项涉及三个纳税人，分别是被征收方(土地权属人及厂房权属人)、土地受让方和工程施工方。涉及的主要税种包括增值税、土地增值税、契税、企业所得税、个人所得税。其中在土地征收环节，增值税、土地增值税、契税和个人所得税可享受相关税收优惠政策。
2.3.1 被征收方
2.3.1.1 土地权属人(集体经济组织)
土地权属人的厂房用地被政府以直接征收方式征收，并取得货币补偿。
一、增值税
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36号)附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一条第三十七款规定，土地使用者将土地使用权归还给土地所有者免征增值税。被征收方的土地使用权被政府征收，属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者，按规定可免征增值税。
二、土地增值税
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第八条、《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》(财法字[1995]6号)第十一条规定，对被征收单位或个人因国家建设的需要而被政府批准征用、收回房地产的，免征土地增值税。
三、契税
根据《广东省契税实施办法》(广东省人民政府令第41号)第八条第四项及《关于解释〈广东省契税实施办法〉第八条第四项的批复》(粤府函[2007]127号)规定，被征收方的土地、房屋被县级以上人民政府征用、占用后，异地或原地重新承受土地、房屋权属，其成交价格或补偿面积没有超出规定补偿标准的，免征契税;超出的部分应按规定缴纳契税。
四、企业所得税
土地权属人的厂房用地被政府以直接征收方式征收，并取得货币补偿，应按照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的相关规定计入企业所得税收入总额，与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。集体经济组织被政府征收土地的成本，可按合理方法确定。
2.3.1.2 厂房权属人(集体土地使用方)
一、增值税
集体土地使用方因农村集体经济组织提前解除租赁合同而收到违约费用、拆迁补偿费用等经济利益，未提供增值税应税行为，无需缴纳增值税。
二、企业所得税
集体土地使用方因农村集体经济组织提前解除租赁合同而收到违约费用、拆迁补偿费用等经济利益以及集体经济组织的厂房用地被政府征收、并取得货币补偿，对纳入政府“三旧”改造、取得县级以上(含县级)批复文件，符合《国家税务总局关于发布〈企业政策性搬迁所得税管理办法〉的公告》(国家税务总局公告2012年第40号)和《国家税务总局关于企业政策性搬迁所得税有关问题的公告》(国家税务总局公告2013年第11号)规定的，可适用政策性搬迁的相关规定进行处理：企业在搬迁期间发生的搬迁收入和搬迁支出，可以暂不计入当期应纳税所得额，而在完成搬迁(不超过五年)的年度，对搬迁收入和支出进行汇总清算。
若不适用政策性搬迁规定的，按照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的相关规定处理。
2.3.2 受让方
受让方以出让方式取得土地使用权。
一、增值税
受让方为房地产开发企业的，以出让方式取得土地使用权，向政府部门支付土地价款，按《国家税务总局关于发布<房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法>的公告》(国家税务总局公告2016年第18号)的相关规定处理。
二、契税
根据《财政部 国家税务总局关于国有土地使用权出让等有关契税问题的通知》(财税[2004]134号)规定，以协议方式出让的，其契税计税价格为成交价格。成交价格包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费等承受者应支付的货币、实物、无形资产及其他经济利益。
根据《国家税务总局关于明确国有土地使用权出让契税计税依据的批复》(国税函[2009]603号)规定，通过招标、拍卖或者挂牌程序承受国有土地使用权的，对承受者应按照土地成交总价款计征契税，其中的土地前期开发成本不得扣除。
三、企业所得税
根据《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》(国税发[2009]31号)规定，取得土地使用权所发生的支出作为土地开发成本进行税务处理。
2.3.3 工程施工方
工程施工方提供建筑物拆除、土地平整等劳务。
一、增值税
工程施工方提供建筑物拆除、土地平整等服务，应按建筑服务缴纳增值税。
二、企业所得税
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定，施工企业从事建筑、安装、装配工程业务等各项收入，应计入企业所得税收入总额，与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。企业从事上述劳务持续时间超过12个月的，按照纳税年度内完工进度或者完成的工作量确认收入的实现。
2.4 挂账收储或直接征收后以“限地价、竞配建”方式供地
2.4.1 情况描述
“限地价、竞配建”是指土地“招拍挂”环节政府限定最高地价，达到限定地价后，开发商竞拍配套建设的面积。配套建设移交方式有以下几种：
(一)直接移交方式：配套建设地块和经营性地块合并供地，土地出让合同中列明直接将配套建设地块国有建设用地使用权(可共用宗地)以出让方式首次登记到政府指定行政事业单位。不动产登记部门依法依规将配套建设首次登记到政府指定的行政事业单位。
(二)无偿移交方式：政府指定接收单位与开发企业签订不动产无偿转让协议，不动产权属登记首次登记在开发企业名下，再通过转移登记将权属办至政府指定接收单位名下。
(三)政府回购方式：政府指定回购单位与开发企业按约定价格(不低于成本价的情形)签订商品房买卖合同，不动产权属登记首次登记在开发企业名下，再通过转移登记将权属办至政府指定回购单位名下。
2.4.2 税务事项处理意见
2.4.2.1 受让方
受让方以出让方式取得土地使用权。
一、增值税
(一)受让方取得土地使用权
受让方为房地产开发企业的，以出让方式取得土地使用权，向政府部门支付土地价款，按《国家税务总局关于发布<房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法>的公告》(国家税务总局公告2016年第18号)的相关规定处理。
(二)受让方移交配套建设
1.直接移交方式
不动产登记部门直接将配套建设首次登记到政府指定的行政事业单位，受让方属于为政府无偿提供建筑服务，应按照视同销售的相关规定缴纳增值税。
2.无偿移交方式
受让方按照合同约定无偿移交配套建设，属于无偿转让不动产，应按照视同销售的相关规定缴纳增值税。如配套建设用于公益事业或者以社会公众为对象，不属于视同销售。
3.政府回购方式
受让方通过转移登记将配套建设的权属办至政府指定回购单位名下，应按现行规定缴纳增值税。
二、土地增值税
(一)直接移交方式。其发生的建筑安装工程成本确认为取得土地使用权的成本扣除。
(二)无偿移交方式
1.若无偿向政府职能部门及承担行政职能或从事公益服务的事业单位移交类型为学校、公交站场等公共公益事业设施或政府职能机构、事业单位办公及非营利性用房、场馆，以及《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)第四条第三项规定的物业，按建造与清算项目配套的公共设施处理。
2.若受让方无偿移交的配建物业，属于除上述第1点外的其他情形，应视同销售确认收入，同时将此确认为取得土地使用权的成本，在计算土地增值税时予以扣除。
(三)政府回购方式。出让合同(公告)约定按照不低于成本价移交的，按移交价格确定土地增值税应税收入,不作为取得土地使用权的成本，不在计算土地增值税时予以扣除。
三、契税
根据《财政部 国家税务总局关于国有土地使用权出让等有关契税问题的通知》(财税[2004]134号)规定，以协议方式出让的，其契税计税价格为成交价格。成交价格包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费等承受者应支付的货币、实物、无形资产及其他经济利益。
根据《国家税务总局关于明确国有土地使用权出让契税计税依据的批复》(国税函[2009]603号)规定，通过招标、拍卖或者挂牌程序承受国有土地使用权的，对承受者应按照土地成交总价款计征契税，其中的土地前期开发成本不得扣除。
四、企业所得税
(一)直接移交方式。按照《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》(国税发[2009]31号)第二十七条第(一)点规定，配套建设的相关支出属于土地征用费及拆迁补偿费，计入开发产品计税成本。
(二)无偿移交方式
1.若受让方无偿移交政府或政府指定部门的配建物业，符合《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》(国税发[2009]31号)第十七条第(一)点规定的，作为公共配套设施，其建造费用按公共配套设施费的有关规定进行处理。
2.若受让方无偿移交的配建物业，属于除上述第1点外的其他情形，应作为移交开发产品处理。根据《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》(国税发[2009]31号)第七条规定，应视同销售。同时按照《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》(国税发[2009]31号)第三十一条的规定，确认移交开发产品的计税成本。
(三)政府回购方式。受让方实际取得的相关收入应计入企业所得税收入总额，与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。
3 政府生态修复模式
3.1 情况描述
该模式结合了“减量”规划和生态修复的规划定位，通过城乡建设用地增减挂钩等相关政策，由政府主导征收、收回相关土地或由原权属人利用自有产权的土地实施复垦复绿改造，不再用作工业、商业等建设用途。
3.2 典型案例
项目规划改造范围内的土地共1000亩，属复垦复绿项目，拟采用“政府生态修复模式”实施改造。具体为：
镇(街道)根据已批控规拟定复垦复绿范围，由政府主导直接征收(收回)，开展土地整理工作，全面拆除园区内旧厂房，不再用作工业、商业用途，开展生态修复、复垦复绿工程，建成滨河生态公园，并通过城乡建设用地增减挂钩相关政策，释放城乡建设用地指标。
3.3 税务事项处理意见
该典型案例的税务事项涉及两个纳税人，分别是原权属人和工程施工方。涉及的主要税种包括增值税、土地增值税、契税、企业所得税、个人所得税。其中在土地征收(收回)环节，增值税、土地增值税、契税和个人所得税可享受相关税收优惠政策。
3.3.1 原权属人
原权属人的厂房用地被政府直接征收(收回)，并取得货币补偿。
一、增值税
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36号)附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一条第三十七款规定，土地使用者将土地使用权归还给土地所有者免征增值税。被征收方的土地使用权被政府征收(收回)，属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者，按规定可免征增值税。
二、土地增值税
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第八条、《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》(财法字[1995]6号)第十一条规定，对被征收单位或个人因国家建设的需要而被政府批准征用、收回房地产的，免征其土地增值税。
三、契税
(一)根据《广东省契税实施办法》(广东省人民政府令第41号)第八条第四项及《关于解释〈广东省契税实施办法〉第八条第四项的批复》(粤府函[2007]127号)规定，被征收方的土地、房屋被县级以上人民政府征用、占用后，异地或原地重新承受土地、房屋权属，其成交价格或补偿面积没有超出规定补偿标准的，免征契税;超出的部分应按规定缴纳契税。
(二)根据《财政部 国家税务总局关于企业以售后回租方式进行融资等有关契税政策的通知》(财税[2012]82号)第三条规定，市、县级人民政府根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》有关规定征收居民房屋，居民因个人房屋被征收而选择货币补偿用以重新购置房屋，并且购房成交价格不超过货币补偿的，对新购房屋免征契税;购房成交价格超过货币补偿的，对差价部分按规定征收契税。居民因个人房屋被征收而选择房屋产权调换，并且不缴纳房屋产权调换差价的，对新换房屋免征契税;缴纳房屋产权调换差价的，对差价部分按规定征收契税。
四、企业所得税
原权属人的厂房用地被政府直接征收，并取得货币补偿,对纳入政府“三旧”改造、取得县级以上(含县级)批复文件的情形，符合《国家税务总局关于发布〈企业政策性搬迁所得税管理办法〉的公告》(国家税务总局公告2012年第40号)和《国家税务总局关于企业政策性搬迁所得税有关问题的公告》(国家税务总局公告2013年第11号)规定的，可适用政策性搬迁的相关规定进行处理：企业在搬迁期间发生的搬迁收入和搬迁支出，可以暂不计入当期应纳税所得额，而在完成搬迁(不超过五年)的年度，对搬迁收入和支出进行汇总清算。
若不适用政策性搬迁规定的，按照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的相关规定处理。
五、个人所得税
根据《财政部 国家税务总局关于城镇房屋拆迁有关税收政策的通知》(财税[2005]45号)规定，对被拆迁人按照国家有关规定的标准取得的拆迁补偿款，免征个人所得税。
3.3.2 工程施工方
工程施工方提供建筑物拆除、土地平整等劳务。
一、增值税
工程施工方提供建筑物拆除、土地平整等服务，应按建筑服务缴纳增值税。
二、企业所得税
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定，施工企业从事建筑、安装、装配工程业务等各项收入，应计入企业所得税收入总额，与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。企业从事上述劳务持续时间超过12个月的，按照纳税年度内完工进度或者完成的工作量确认收入的实现。
4 企业长租自管模式
4.1 情况描述
该模式指的是在政府的规划引导和产业定位分析的指导下，经农村集体经济组织表决同意后进行土地整理，并通过集体土地公开流转的方式引入社会资本(企业)进行开发建设、运营管理及招商等，土地的流转年限不能超出国家政策、法律规定的最高年限。该模式有促进投资主体多元化，充分发挥市场配置资源的作用。
4.2 典型案例
项目属于拆除重建类“工改工”项目，现状为集体建设用地工业区，规划改造土地面积250亩，拟通过企业长租自管模式进行升级改造。具体为：
一、改造项目方案经农村集体经济组织股东表决通过，由村集体经济组织收回原用地者承租的土地使用权，并以货币支付土地前期整理费用，包括改造范围内集体土地使用方提前解除租赁合同的违约费用及拆迁补偿费用。
二、完成土地整理达到可出让条件后，农村集体经济组织通过表决将集体土地使用权公开流转，其中100亩土地为出让，出让年限为30年，150亩为租赁，租赁年限20年，前10年土地租金一次性收取，后期土地租金按年收取。甲开发企业(受让方)向农村集体经济组织支付相关价款，将土地开发建成新的工业园区。
4.3 税务事项处理意见
该典型案例的税务事项涉及四个纳税人，分别是集体土地使用方、农村集体经济组织、土地受让(承租)方(甲开发企业)，工程施工方。涉及的主要税种包括增值税、土地增值税、契税、企业所得税、城镇土地使用税。
4.3.1 集体土地使用方
农村集体经济组织以货币向集体土地使用方支付提前解除租赁合同的违约费用及拆迁补偿费用等。
一、增值税
集体土地使用方因农村集体经济组织提前解除租赁合同而收到违约费用、拆迁补偿费用等经济利益，未提供增值税应税行为，不属于增值税的征税范围。
二、企业所得税
集体土地使用方因农村集体经济组织提前解除租赁合同而收到违约费用、拆迁补偿费用等经济利益以及集体经济组织的厂房用地被政府征收、并取得货币补偿，对纳入政府“三旧”改造、取得县级以上(含县级)批复文件，符合《国家税务总局关于发布〈企业政策性搬迁所得税管理办法〉的公告》(国家税务总局公告2012年第40号)和《国家税务总局关于企业政策性搬迁所得税有关问题的公告》(国家税务总局公告2013年第11号)规定的，可适用政策性搬迁的相关规定进行处理：企业在搬迁期间发生的搬迁收入和搬迁支出，可以暂不计入当期应纳税所得额，而在完成搬迁(不超过五年)的年度，对搬迁收入和支出进行汇总清算。
若不适用政策性搬迁规定的，按照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的相关规定处理。
4.3.2 农村集体经济组织
农村集体经济组织将土地使用权流转，并取得流转收益。
一、增值税
(一)根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36号)附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一条第三十七款规定，土地所有者出让土地使用权免征增值税。
(二)农村集体经济组织将土地租赁取得收益，应按不动产经营租赁服务缴纳增值税。
二、土地增值税
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第二条规定，出让集体土地使用权不属于土地增值税的征税范围。
三、企业所得税
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定，农村集体经济组织出让集体土地使用权取得的出让收益，应按规定计入企业所得税收入总额，与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。
如果属于产权转移情形的，一次性计入企业所得税收入总额;如果属于租赁服务情形的，按照受益期间分期计入企业所得税收入总额。
4.3.3 土地受让(承租)方(甲开发企业)
甲开发企业向农村集体经济组织支付地价(租金)款，受让(承租)土地并开发建成新的工业园区。
一、契税
根据《中华人民共和国契税暂行条例》第二条的规定，承受出让集体土地使用权不属于契税征税范围。
二、城镇土地使用税
(一)甲开发企业以出让方式取得土地使用权，根据《财政部 国家税务总局关于房产税城镇土地使用税有关政策的通知》(财税[2006]186号)规定，应从合同约定交付土地时间的次月起缴纳城镇土地使用权;合同未约定交付土地时间的，从合同签订的次月起缴纳城镇土地使用税。
(二)甲开发企业直接从农村集体经济组织承租集体所有建设用地，根据《财政部 国家税务总局关于承租集体土地城镇土地使用税有关政策的通知》(财税[2017]29号)规定，应缴纳城镇土地使用税。
三、企业所得税
(一)根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定，土地受让方利用建筑物取得的经营收入，应计入企业所得税收入总额，与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。
(二)土地受让(承租)方在土地上出资增设建筑物属于固定资产，应按照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的相关规定计提折旧;属于改建支出的，应按照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的相关规定分期进行摊销。
4.3.4 工程施工方
工程施工方提供建筑物拆除、土地平整等劳务。
一、增值税
工程施工方提供建筑物拆除、土地平整等服务，应按建筑服务缴纳增值税。
二、企业所得税
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定，施工企业从事建筑、安装、装配工程业务等各项收入，应计入企业所得税收入总额，与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。企业从事上述劳务持续时间超过12个月的，按照纳税年度内完工进度或者完成的工作量确认收入的实现。
5 政府统租统管模式
5.1 情况描述
该模式指的是在工业园区确有改造必要，但社会资本介入园区土地整理的意愿不强，或农村集体经济组织难以选定合作方的情况下，通过农村集体经济组织表决同意，并经相关部门批准，政府通过统租方式协助农村集体经济组织完成前期土地整理后，由农村集体经济组织以公开流转的形式供地，由竞得人进行开发建设，并按约定的方式返还政府前期土地整理的成本。
5.2 典型案例
该项目属于拆除重建类“工改工”项目，现状为集体建设用地工业区，规划改造土地面积350亩，拟通过政府统租统管模式改造为现代化产业园。具体为：
一、农村集体经济组织股东表决通过项目方案后，由镇土地发展中心与农村集体经济组织签订土地统租合同，连片接租农村集体经济组织原已对外租赁的土地使用权。
二、镇土地发展中心具体开展改造实施，以货币垫支土地前期整理费用，包括改造范围内集体土地使用方提前解除租赁合同的违约费用及拆迁补偿费用。
三、镇土地发展中心完成土地整理后，统租合同终止。农村集体经济组织通过表决将整理后的集体土地使用权公开出让，出让年限为40年，甲开发企业(土地受让方)向农村集体经济组织支付地价款以及前期土地整理垫支款，受让土地并开发建成新的工业园区。
四、农村集体经济组织取得土地出让收益后，按约定向镇政府返还其前期土地整理垫支款。
5.3 税务事项处理意见
该典型案例的税务事项涉及四个纳税人，分别是集体土地使用方、农村集体经济组织、土地受让方(甲企业)、工程施工方。涉及的主要税种包括增值税、土地增值税、契税、企业所得税、城镇土地使用税。
5.3.1 集体土地使用方
镇土地发展中心以货币向集体土地使用方支付提前解除租赁合同的违约费用及拆迁补偿费用等。
一、增值税
集体土地使用方因提前解除租赁合同而收到违约费用、拆迁补偿费用等经济利益，未提供增值税应税行为，不属于增值税的征税范围。
二、企业所得税
集体土地使用方因提前解除租赁合同，而收到的违约费用、拆迁补偿费用等经济利益，对纳入政府“三旧”改造、取得县级以上(含县级)批复文件，符合《国家税务总局关于发布〈企业政策性搬迁所得税管理办法〉的公告》(国家税务总局公告2012年第40号)和《国家税务总局关于企业政策性搬迁所得税有关问题的公告》(国家税务总局公告2013年第11号)规定的，可适用政策性搬迁的相关规定进行处理：企业在搬迁期间发生的搬迁收入和搬迁支出，可以暂不计入当期应纳税所得额，而在完成搬迁(不超过五年)的年度，对搬迁收入和支出进行汇总清算。
若不适用政策性搬迁规定的，按照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的相关规定处理。
5.3.2 农村集体经济组织
农村集体经济组织将土地使用权公开出让，并取得出让收益。
一、增值税
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36号)附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一条第三十七款规定，土地所有者出让土地使用权免征增值税。
二、土地增值税
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第二条规定，出让集体土地使用权不属于土地增值税的征税范围。
三、企业所得税
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定，农村集体经济组织出让集体土地使用权取得的出让收益，应按规定计入企业所得税收入总额，与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。
如果属于产权转移情形的，一次性计入企业所得税收入总额;如果属于租赁服务情形的，按照受益期间分期计入企业所得税收入总额。
5.3.3 土地受让方(甲开发企业)
甲开发企业向农村集体经济组织支付地价款，受让土地并开发建成新的工业园区。
一、契税
根据《中华人民共和国契税暂行条例》第二条规定，以出让方式受让集体土地使用权不属于契税征税范围。
二、城镇土地使用税
根据《财政部 国家税务总局关于房产税城镇土地使用税有关政策的通知》(财税[2006]186号)规定，以出让或转让方式有偿取得土地使用权的，应由受让方从合同约定交付土地时间的次月起缴纳城镇土地使用税;合同未约定交付土地时间的，由受让方从合同签订的次月起缴纳城镇土地使用税。
三、企业所得税
(一)根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定，土地受让方利用建筑物取得的经营收入，应计入企业所得税收入总额，与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。
(二)土地受让方在土地上出资增设建筑物属于固定资产的，应按照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的相关规定计提折旧;属于改建支出的，应按照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的相关规定分期进行摊销。
5.3.4 工程施工方
工程施工方提供建筑物拆除、土地平整等劳务。
一、增值税
工程施工方提供建筑物拆除、土地平整等服务，应按建筑服务缴纳增值税。
二、企业所得税
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定，施工企业从事建筑、安装、装配工程业务等各项收入，应计入企业所得税收入总额，与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。企业从事上述劳务持续时间超过12个月的，按照纳税年度内完工进度或者完成的工作量确认收入的实现。
6 企业自主改造模式
6.1 情况描述
企业根据自身产业需求，依据《佛山市人民政府办公室关于深入推进城市更新(“三旧”改造)工作的实施意见(试行)》(佛府办[2018]27号)和《佛山市顺德区人民政府关于印发顺德区深入推进城市更新(“三旧”改造)工作实施细则的通知》(顺府发[2019]47号)相关文件要求，进行自主改造。
6.2 典型案例
某集团(不动产权属人)的旧厂房改造项目，由其自行出资，按照原址升级、功能改变的模式实施改造。通过向政府补缴地价，将土地用途由工业用途改变为商业用途，并通过协议出让方式取得土地使用权后进行改造。
6.3 税务事项处理意见
该典型案例的税务事项涉及两个纳税人，分别是不动产权属人和工程施工方。涉及的主要税种包括增值税、房产税、契税和企业所得税。
6.3.1 不动产权属人
不动产权属人通过向政府补缴地价，将土地用途由工业用途改变为商业用途，并通过协议方式取得土地使用权自行进行改造开发。
一、增值税
不动产权属人为房地产开发企业的，通过协议方式取得土地使用权，向政府部门支付土地价款，按《国家税务总局关于发布<房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法>的公告》(国家税务总局公告2016年第18号)的相关规定处理。
二、房产税
(一)根据《财政部 国家税务总局关于安置残疾人就业单位城镇土地使用税等政策的通知》(财税[2010]121号)规定，自行改造企业补缴的地价款应计入房产原值征收房产税。
(二)根据《广东省税务局关于印发房产税、车船使用税若干具体问题的解释和规定的通知》((87)粤税三字第6号)规定，自行改造企业扩建、改建装修后的已税房产在下一个纳税期按扩建、改建、装修后的房产原值计税。
三、契税
根据《国家税务总局关于改变国有土地使用权出让方式征收契税的批复》(国税函[2008]662号)规定，对纳税人因改变土地用途而签订土地使用权出让合同变更协议或者重新签订土地使用权出让合同的，应征收契税。计税依据为因改变土地用途应补缴的土地收益金及应补缴政府的其他费用。
四、企业所得税
(一)企业改造完成作固定资产自用的，根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定，符合固定资产改良支出条件且原固定资产已提足折旧的，按照固定资产预计尚可使用年限分期摊销;未足额提取折旧前进行改扩建的，如属于推倒重置的，该资产原值减除提取折旧后的净值，应并入重置后的固定资产计税成本，并在该固定资产投入使用后的次月起，按照税法规定的折旧年限，一并计提折旧;如属于提升功能、增加面积的，该固定资产的改扩建支出，并入该固定资产计税基础，并从改扩建完工投入使用后的次月起，重新按税法规定的该固定资产折旧年限计提折旧，如该改扩建后的固定资产尚可使用的年限低于税法规定的最低年限的，可以按尚可使用的年限计提折旧。
(二)改变土地用途所补缴的土地出让金及发生的相关支出，按无形资产摊销处理。
6.3.2 工程施工方
工程施工方提供建筑物、构筑物及其附属设施的建造、修缮、装饰，线路、管道、设备、设施等的安装以及其他工程作业。
一、增值税
工程施工方提供建筑物、构筑物及其附属设施的建造、修缮、装饰，线路、管道、设备、设施等的安装以及其他工程作业，应按建筑服务缴纳增值税。
二、企业所得税
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定，施工企业从事建筑、安装、装配工程业务等各项收入，应计入企业所得税收入总额，与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。企业从事上述劳务持续时间超过12个月的，按照纳税年度内完工进度或者完成的工作量确认收入的实现。
7 一二级联动开发模式
7.1 情况描述
该模式指的是由农村集体经济组织通过公开方式选定市场主体，市场主体按照实施方案和合作协议的要求与被拆迁方签订拆迁补偿协议，落实拆迁补偿和安置，完成现状建筑物拆除，并按程序完善用地手续后，由政府部门以协议出让方式将土地出让给市场改造主体进行开发建设。
7.2 典型案例
该项目用地面积300亩，为集体土地，现状及规划用途均为工业。由于村集体前期已将土地租赁给多个承租人，且村集体缺乏土地整理能力，拟通过一二级联动的改造模式引入市场改造主体实施改造。具体为：
一、村集体委托编制连片改造单元规划和实施方案(含对村集体的实物及货币补偿要求)，组织收回原用地者承租的土地使用权，实施方案经过表决后，通过公开交易平台选定市场改造主体。
二、该市场改造主体负责具体实施土地整理等工作，以货币支付土地前期整理费用，包括改造范围内集体土地使用方提前解除租赁合同的违约费用及拆迁补偿费用。
三、村集体整理材料申请办理集转国手续和完善用地手续，由县级以上(含县级)人民政府提供说明属于依法征收或视同政府收回的书面文件，并通过协议出让的方式出让给市场改造主体进行开发建设。
通过该模式改造，村集体可按协议约定获得货币补偿和物业补偿，既增加了分红又保障了长远收益。
7.3 税务事项处理意见
该典型案例的税务事项涉及三个纳税人，分别是集体土地承租人、农村集体经济组织、市场改造主体。涉及的主要税种包括增值税、土地增值税、契税和企业所得税。
7.3.1 集体土地承租人
一、增值税
集体土地承租人因农村集体经济组织提前解除租赁合同而收到违约费用、拆迁补偿费用等经济利益，未提供增值税应税行为，无需缴纳增值税。
二、企业所得税
集体土地使用方因提前解除租赁合同，而收到的违约费用、拆迁补偿费用等经济利益，对纳入政府“三旧”改造、取得县级以上(含县级)批复文件，符合《国家税务总局关于发布〈企业政策性搬迁所得税管理办法〉的公告》(国家税务总局公告2012年第40号)和《国家税务总局关于企业政策性搬迁所得税有关问题的公告》(国家税务总局公告2013年第11号)规定的，可适用政策性搬迁的相关规定进行处理：企业在搬迁期间发生的搬迁收入和搬迁支出，可以暂不计入当期应纳税所得额，而在完成搬迁(不超过五年)的年度，对搬迁收入和支出进行汇总清算。
若不适用政策性搬迁规定的，按照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的相关规定处理。
7.3.2 农村集体经济组织
一、增值税
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36号)附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一条第三十七款规定，土地使用者将土地使用权归还给土地所有者免征增值税。农村集体经济组织申请办理集转国手续和完善用地手续，由县级以上(含县级)人民政府提供说明属于依法征收或视同政府收回的书面文件，按规定可免征增值税。
二、土地增值税
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第八条、《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》(财法字[1995]6号)第十一条规定，对被征收单位或个人因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用、收回房地产的，免征土地增值税。
三、契税
农村集体经济组织取得分成物业，属于征地的补偿。根据《广东省契税实施办法》(广东省人民政府令第41号)第八条第四项及《关于解释〈广东省契税实施办法〉第八条第四项的批复》(粤府函[2007]127号)规定，被征收方的土地、房屋被县级以上人民政府征用、占用后，异地或原地重新承受土地、房屋权属，其成交价格或补偿面积没有超出规定补偿标准的，免征契税;超出的部分应按规定缴纳契税。
四、企业所得税
属于集体经济组织的土地申请转为国有建设用地并交由政府出让，其取得的属于集体经济组织的货币补偿和物业补偿，应按照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的相关规定计入企业所得税收入总额。与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。集体经济组织出让土地的成本，可按合理方法确定。
7.3.3 市场改造主体
一、增值税
(一)市场改造主体提供建筑物拆除、土地平整等服务，应按建筑服务缴纳增值税。
(二)市场改造主体为房地产开发企业的，取得土地使用权并向政府部门支付土地价款，按《国家税务总局关于发布<房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法>的公告》(国家税务总局公告2016年第18号)的相关规定处理。
根据《财政部 国家税务总局关于明确金融、房地产开发、教育辅助服务等增值税政策的通知》(财税[2016]140号)第七条规定，房地产开发企业中的一般纳税人销售其开发的房地产项目(选择简易计税方法的房地产老项目除外)，在取得土地时向其他单位或个人支付的拆迁补偿费用也允许在计算销售额时扣除。纳税人按上述规定扣除拆迁补偿费用时，应提供拆迁协议、拆迁双方支付和取得拆迁补偿费用凭证等能够证明拆迁补偿费用真实性的材料。
(三)市场改造主体将约定物业无偿移交农村集体经济组织，属于无偿转让不动产，应按照视同销售的相关规定缴纳增值税。
二、土地增值税
(一)市场改造主体负责拆迁安置，根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函[2010]220号)规定，用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，按《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)第三条第一款规定确认收入，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费;回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。采取异地安置，异地安置的房屋属于自行开发建造的，房屋价值按国税发[2006]187号第三条第一款的规定计算，计入本项目的拆迁补偿费;异地安置的房屋属于购入的，以实际支付的购房支出计入拆迁补偿费。货币安置拆迁的，凭合法有效凭证计入拆迁补偿费。
(二)市场改造主体支付的建筑物拆除费用、土地平整费用凭合法有效凭证扣除。
三、契税
根据《财政部 国家税务总局关于国有土地使用权出让等有关契税问题的通知》(财税[2004]134号)规定，以协议方式出让的，其契税计税价格为成交价格。成交价格包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费等承受者应支付的货币、实物、无形资产及其他经济利益。因此，市场改造主体支付的拆迁补偿费用、拆除平整费用、土地出让金及实物补偿等其他经济利益应作为契税计税依据。
四、企业所得税
(一)根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定，市场改造主体完成场地围蔽、建筑物拆除、平整土地等工程取得的各项收入，应计入企业所得税收入总额，与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。企业从事上述劳务持续时间超过12个月的，按照纳税年度内完工进度或者完成的工作量确认收入的实现。
(二)根据《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》(国税发[2009]31号)规定，对无偿移交行为视同销售，应计入企业所得税收入总额，同时按照《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》(国税发[2009]31号)第三十一条的规定，确认换入该项土地使用权的计税成本。
8 国有集体混合开发模式
8.1 情况描述
该模式是国有土地和集体土地统一通过公共资源交易平台选定单一市场改造主体，由市场主体按照实施方案和合作协议与被拆迁方签订拆迁补偿协议(涉及国有土地的，由市场改造主体与被拆迁方达成协议)，落实拆迁补偿和安置，完成现状建筑物拆除，注销原有不动产权证，并按程序完善用地手续，按已批改造方案(含土地置换方案)进行土地位置置换、连片归宗，国有土地和集体土地分别按有关规定协议出让给市场主体进行开发建设。
8.2 典型案例
项目用地面积约1000亩，土地性质为集体和国有，现状及规划用途均为工业。集体土地860亩前期由农村集体经济组织进行流转;国有土地共140亩，由分散于改造范围内的各个原权属人所有。村集体缺乏土地整理能力，通过公共资源交易平台公开选定改造主体，双方签订《一二级联动改造开发协议》，由改造主体对集体及国有土地进行一级土地整理及后期二级开发。具体为：
一、改造范围内原分散的国有土地、集体土地拟分别连片归宗，以便集中开发。
二、“三旧”改造方案或其他等效文件经县级以上(含县级)人民政府或其授权单位审批通过。根据改造项目实施方案，通过公开交易平台选择市场改造主体E实施改造，E实施主体经政府主管部门确认后获得该区域的单一改造主体资格。
三、E与改造区域内140亩国有土地上的原权属人A签订拆迁补偿协议，对补偿方式、金额、支付期限、搬迁期限等相关事项，以及对不动产权属证书注销后附着于原房地产的义务和责任承担做出约定。拆迁补偿协议按要求报备。
四、农村集体经济组织C组织收回原用地者B的土地使用权，相关工作由E具体实施。E以货币支付土地前期整理费用，包括改造范围内集体土地使用方提前解除出让合同的违约费用及拆迁补偿费用、搬迁费用等费用。
五、E公司委托工程施工方D组织完成场地围蔽、建筑物拆除与土地平整。
六、根据《广东省人民政府关于深化改革加快推动“三旧”改造促进高质量发展的指导意见》(粤府[2019]71号)第9点的规定，对E公司完成整理的零散国有土地按照“双方自愿、价值相当、面积相近”的原则与农村集体经济组织C拥有的集体土地进行土地空间位置互换，具体操作为区自然资源部门先办理集体土地所有权注销登记、集体土地使用权注销登记、国有土地使用权注销登记，按已批方案进行相关国有、集体土地位置置换、连片归宗，然后办理集体所有权首次登记，E公司向政府主管部门申请建设用地审批，经批准后，由政府主管部门、农村集体经济组织分别与E公司签订国有、集体土地协议出让合同，核发建设用地规划许可证，办理集体建设用地使用权首次登记、国有土地使用权首次登记。
七、政府主管部门根据“三旧”改造相关政策完成零散土地归宗，并由县级以上(含县级)人民政府提供可说明属于依法征收或视同政府收回的书面文件。
8.3 税务事项处理意见
该典型案例税务事项涉及五个纳税人，分别是国有土地原权属人A、集体土地使用人B、农村集体经济组织C、工程施工方D、市场改造主体E。涉及主要税种包括增值税、土地增值税、契税和企业所得税。
8.3.1 国有土地原权属人A
一、增值税
在单一主体归宗改造模式中，完成上盖物拆除后，自然资源部门注销原有不动产权证土地收归国有，再直接与单一改造主体签订协议出让合同。根据《广东省人民政府关于深化改革加快推动“三旧”改造促进高质量发展的指导意见》(粤府[2019]71号)有关指导精神，可凭县级以上(含县级)人民政府通过政府会议纪要、“三旧”改造批复或其他文件证明上述操作属于政府征收(收回)房产、土地并出让的行为。
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36号)附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一条第(三十七)款规定，土地使用者将土地使用权归还给土地所有者免征增值税。原权属人的土地被政府征收(收回)，属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者，按规定可免征增值税。
二、土地增值税
在单一主体归宗改造模式中，完成上盖物拆除后，自然资源部门注销原有不动产权证土地收归国有，再直接与单一改造主体签订协议出让合同。根据《广东省人民政府关于深化改革加快推动“三旧”改造促进高质量发展的指导意见》(粤府[2019]71号)有关指导精神，可凭县级(含县级)以上人民政府通过的政府会议纪要、“三旧”改造方案批复或其他等效文件证明上述操作属于政府征收(收回)房产、土地并出让的行为。依据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》(国务院令第138号)第八条、《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》(财法字[1995]6号)第十一条的规定，免征原权属人的土地增值税。
三、契税
根据《广东省契税实施办法》(广东省人民政府令第41号)第八条第(四)项及《关于解释〈广东省契税实施办法〉第八条第四项的批复》(粤府函[2007]127号)规定，被征收方的土地、房屋被县级以上人民政府征用、占用后，异地或原地重新承受土地、房屋权属，其成交价格或补偿面积没有超出规定补偿标准的，免征契税;超出的部分应按规定缴纳契税。
四、企业所得税
国有土地原权属人A上盖物拆除后，自然资源部门注销原有不动产权证土地收归国有，再直接与单一改造主体签订协议出让合同取得收益，对纳入政府“三旧”改造、取得县级以上(含县级)批复文件，符合《国家税务总局关于发布〈企业政策性搬迁所得税管理办法〉的公告》(国家税务总局公告2012年第40号)和《国家税务总局关于企业政策性搬迁所得税有关问题的公告》(国家税务总局公告2013年第11号)规定的，可适用政策性搬迁的相关规定进行处理：企业在搬迁期间发生的搬迁收入和搬迁支出，可以暂不计入当期应纳税所得额，而在完成搬迁(不超过五年)的年度，对搬迁收入和支出进行汇总清算。
若不适用政策性搬迁规定的，按照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的相关规定处理。
五、个人所得税
根据《财政部 国家税务总局关于城镇房屋拆迁有关税收政策的通知》(财税[2005]45号)规定，对被拆迁人按照国家有关规定的标准取得的拆迁补偿款，免征个人所得税。
8.3.2 集体土地使用人B
一、增值税
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36号)附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一条第(三十七)款规定，土地使用者将土地使用权归还给土地所有者免征增值税。原权属人的集体土地使用权被农村集体经济组织收回，属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者，免征增值税。
二、土地增值税
农村集体经济组织收回集体土地不属于土地增值税的征税范围。
三、企业所得税
集体土地使用方因提前解除租赁合同，而收到的违约费用、拆迁补偿费用等经济利益，对纳入政府“三旧”改造、取得县级及以上批复文件，符合《国家税务总局关于发布〈企业政策性搬迁所得税管理办法〉的公告》(国家税务总局公告2012年第40号)和《国家税务总局关于企业政策性搬迁所得税有关问题的公告》(国家税务总局公告2013年第11号)规定的，可适用政策性搬迁的相关规定进行处理：企业在搬迁期间发生的搬迁收入和搬迁支出，可以暂不计入当期应纳税所得额，而在完成搬迁(不超过五年)的年度，对搬迁收入和支出进行汇总清算。
若不适用政策性搬迁规定的，按照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的相关规定处理。
8.3.3 农村集体经济组织C
农村集体经济组织取得置换的集体土地后协议出让给市场改造主体E进行开发建设。
一、增值税
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36号)附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一条第(三十七)款规定，土地所有者出让土地使用权免征增值税。
二、土地增值税
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第二条的规定，出让集体土地使用权不属于土地增值税的征税范围。
三、企业所得税
农村集体经济组织取得置换的集体土地，协议出让给市场改造主体进行开发建设，其取得的属于集体经济组织的经济利益，应按照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的相关规定计入企业所得税收入总额。与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。集体经济组织置换土地的成本，可按合理方法确定。
8.3.4 工程施工方D
工程施工方提供建筑物拆除、土地平整等劳务。
一、增值税
工程施工方提供建筑物拆除、土地平整等服务，应按建筑服务缴纳增值税。
二、企业所得税
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例，施工企业从事建筑、安装、装配工程业务等各项收入，应计入企业所得税收入总额，与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。企业从事上述劳务持续时间超过12个月的，按照纳税年度内完工进度或者完成的工作量确认收入的实现。
8.3.5 市场改造主体E
市场改造主体以出让方式有偿取得国有及集体土地使用权，向原权属人支付货币补偿。
一、增值税
受让方为房地产开发企业的，取得土地使用权并向政府部门支付土地价款，按《国家税务总局关于发布<房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法>的公告》(国家税务总局公告2016年第18号)的相关规定处理。
根据《财政部 国家税务总局关于明确金融、房地产开发、教育辅助服务等增值税政策的通知》(财税[2016]140号)第七条规定，房地产开发企业中的一般纳税人销售其开发的房地产项目(选择简易计税方法的房地产老项目除外)，在取得土地时向其他单位或个人支付的拆迁补偿费用也允许在计算销售额时扣除。纳税人按上述规定扣除拆迁补偿费用时，应提供拆迁协议、拆迁双方支付和取得拆迁补偿费用凭证等能够证明拆迁补偿费用真实性的材料。
二、契税
(一)根据《财政部 国家税务总局关于国有土地使用权出让等有关契税问题的通知》(财税[2004]134号)规定，以协议方式出让的，其契税计税价格为成交价格。成交价格包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费等承受者应支付的货币、实物、无形资产及其他经济利益。因此，市场改造主体支付的拆迁补偿费用、拆除平整费用、土地出让金等其他经济利益应作为契税计税依据。
(二)根据《中华人民共和国契税暂行条例》第二条的规定，以出让方式受让集体土地使用权不属于契税征税范围。
三、城镇土地使用税
根据《财政部 国家税务总局关于房产税城镇土地使用税有关政策的通知》(财税[2006]186号)规定，以出让或转让方式有偿取得土地使用权的，应由受让方从合同约定交付土地时间的次月起缴纳城镇土地使用权;合同未约定交付土地时间的，由受让方从合同签订的次月起缴纳城镇土地使用税。
四、企业所得税
(一)用于房地产开发情形的，根据《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》(国税发[2009]31号)的规定，可作为土地开发成本进行税务处理。
(二)用于房地产开发以外情形的，根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例，取得的土地使用权支出作为无形资产摊销，发生的各类拆迁补偿支出在税前扣除。
五、土地增值税
(一)货币安置拆迁的，凭合法有效凭证计入拆迁补偿费。
(二)受让方支付的建筑物拆除费用、土地平整费用凭合法有效凭证扣除。
