38号文件改变了增值税必须凭借扣税凭证才能抵扣的规定，是为防范虚开发票，完善农产品抵扣制度进行重大改变的探索。
　　在38号文件出台之前，农产品加工企业凭借增值税专用发票、普通发票、农产品收购凭证、海关完税凭证进行抵扣，尤其是自行开具农产品抵扣制度，造成了虚开偷税、骗税，按下葫芦起了瓢的现象。但是在税务稽查实践中，对真假混杂的农产品虚开行为进行检查，存在很多困难：
　　1、税务稽查部门在对农产品加工企业检查时，主要依靠农产品收购凭证的外调证据。即：询问农产品收购凭证中注明的农产品销售人，是否真实销售货物，或者对其身份证明进行比对。   中国淘税网cntaotax.net 淘尽税海精华，网遍财会政策！
　　但是，这种证据看似效力很强，实则有其内在脆弱性，农产品销售人出具书面证明否认出售农产品，不一定是实情，造成书面证据与实际情况脱节。
　　2、由于现行政策规定，农产品收购凭证只能开具给自产农产品个人，但实践中，农产品销售人往往是"二道贩子"。例如：笔者办理的一个案件中，某超市的农产品收购凭证显示，某农民销售给超市巨额的农产品，为了证明此农产品收购凭证记载的经济事项虚假，检查组到农民居住地核查，其究竟有几亩菜地，有多少产量，以此证明业务虚假。从"二道贩子"购买农产品，虽然不符合现行政策，但几乎成为市场经济的普遍现象，仅仅以此就不允许企业抵扣进项税额，也很不公平。   中国淘税网cntaotax.net 淘尽税海精华，网遍财会政策！
　　3、农产品收购凭证一般只允许在本地开具，对于跨地区收购农产品开具农产品收购凭证的程序、管理方法比较繁琐，进一步增大了农产品收购凭证的难度。   中国淘税网cntaotax.net 淘尽税海精华，网遍财会政策！
　　4、其实，在"凭票扣税"政策下，税务机关通过纳税评估也应当关注企业的投入产出、凭票抵扣的进项税额是否与实际经营情况相符。但由于农产品进项税额抵扣制度主要还是依靠扣税凭证，导致税务机关的工作重心、关注度不够。而抵扣制度的改变，就是将工作重心完全放在核查农产品加工企业的实际经营情况上。这是在对农产品加工企业虚开发票税制问题屡查屡出大案的情况下，来换一种思路的重大税政变革。
　　5、在核定扣除政策环境下，税务机关应当非常注重企业生产产品数量、销售产品数量的真实性，否则依然会出现虚开发票现象。
　　例如，经过核定扣除计算，某农产加工企业1元的销项可以抵扣0.95元的进项，则该企业可能以收取8%开票手续费的方式，对外虚开发票，以赚取3%的差价。