关于合同中包税条款的合法性问题，目前仍然一直存在较大争议，以往法院及税务机关往往以《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第三条第二款来否认其有效性，但近年来逐渐有观点承认其有效性，例如以肖太寿老师的“包税合同条款的法律效力与涉税分析”一文为代表。即使是在税务机关内部，以往的规范性文件规定也并不完全一致，如国家税务总局《关于来我国从事文艺演出及体育表演收入应严格依照税法规定征税的通知》（国税发[1993]089号）中明确，任何单位对外签订的演出或表演合同中，不得列入包税条文。凡违反税法或税收协定的规定，在合同中擅自列入的包税条款，一律无效。而《国家税务总局关于中国银行海外分行取得来源于境内利息收入税务处理问题的函》（国税函[2001]189号）中第三条在谈到“包税”条款问题时又认为，“根据我国税法规定，外国企业来源于我国境内的所得，以收益人为纳税义务人，境内支付人为扣缴义务人。外国企业与国内企业所签订的合同中，有关税收问题，不论条款如何表述，不能改变上述税法所规定的义务。至于合同条款中约定由国内企业在经济上负担外国企业的税款，属于合同当事人之间的一种商业约定，税务部门将不予干涉。但凡合同中约定由国内企业负担外国企业税款的，税务部门将采取将上述不含税收入换算为含税收入后计算征税”。
至于被经常引用的最高人民法院“山西嘉和泰房地产开发有限公司与太原重型机械(集团)有限公司土地使用权转让合同纠纷案”中法院在认定嘉和泰房地产公司和太原重型机械公司约定的包税条款法律效力时，认为“虽然我国税收管理方面的法律法规对于各种税收的征收均明确规定了纳税义务人，但是并未禁止纳税义务人与合同相对人约定由合同相对人或第三人缴纳税款。税法对于税种、税率、税额的规定是强制性的，而对于实际由谁缴纳税款没有作出强制性或禁止性规定。故《补充协议》关于税费负担的约定并不违反税收管理方面的法律法规的规定，属合法有效协议。”
然而笔者认为，现实中包税条款是否有效并不能一概而论，尚需结合具体实际情况综合进行判定，理由如下：
1、包税条款是否无效应结合合同法的规定进行判定
《中华人民共和国合同法》第五十二条“有下列情形之一的，合同无效：（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；（三）以合法形式掩盖非法目的；（四）损害社会公共利益；（五）违反法律、行政法规的强制性规定。”承认包税条款有效的观点认为，虽然税收之债虽然是公法上的债权债务关系，但因其以金钱给付为标的，故而不具有人身的专属性，其履行可由他人代为进行。虽然法律明确规定了具体的纳税义务人，但这并不意味着税收之债必须纳税义务人本人亲自履行，也不意味着税款缴纳的资金来源必须源于纳税义务人自身财产。如果税收之债法律关系外的当事人自愿代替纳税义务人履行纳税义务，国家对此也不应持否定态度。但不能忽视的是，实践中很多企业在进行纳税申报时往往没有自觉将不含税价格转变为含税价格，最终导致合同金额比正常交易额偏低，从而降低了计税基数而造成纳税金额的减少，损害了国家的税收利益。从这个角度来看，包税条款是否无效应该结合国家的税收利益是否受到实际的损害来进行判定。
如果包税双方事先在合同中对包税的具体税种及金额进行详细的约定，在纳税申报时也积极进行了换算，并且没有故意降低税基的意图，则应认定其有效。有观点认为，将不含税金额换算为含税金额是税务机关的责任，此种看法并不正确。由于合同交易方存在交易信息上的优势，税务机关往往对当事人的纳税主体身份信息知之甚少，在适用具体税收政策时需要依赖于纳税人的主动申报与告知，例如纳税义务人是否享受税收优惠，属于增值税一般纳税人或小规模纳税人，税收征管方式属于查账征收抑或核定征收等等。我国税收征管法中也明确纳税人向税务机关报送纳税资料及如实申报的义务，因此在申报人有意无意不提供涉税信息的情形下，税务机关将无法准确计算其应纳税所得额，从而最终造成国家税款的流失。
2、包税条款很多时候属于约定不明的条款
以企业所得税为例，企业所得税法第五条规定，企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。因此，从该规定来看，企业所得税的征税对象是企业的所得（利润），而单项合同交易的费用及税金作为企业所得税的税前扣除项目已经在计算企业的应纳税所得时扣除了，因此企业的应税所得中已经不包括日常交易的费用及税金了，企业所得税的征税对象是企业的年度经营利润而非单次交易行为，因此包税方缴纳的企业所得税并不属于单项合同交易中所必然发生的成本费用。
另外，如果企业所得税作为包税对象还存在适用上的障碍，如法律上的纳税义务人如果是查账征收，其所负的企业所得税只有到其年终汇算清缴时才能确定，交易中涉及的企业所得税到底为多少根本很难确定，而对于核定征收的企业或外国企业实行预提所得税的情形下比较容易确定，但由于国地税不同税收管辖范围的问题，负税方在进行纳税申报时税务机关往往无法弄清纳税义务人的具体税收征管机关，容易造成税收管辖的混乱及纳税人双重征税的法律风险。
不仅如此，合同中的包税条款所涉及的具体税金因涉及双方利益还容易引起缔约双方的法律争议，事实上很多企业在签订包税合同条款时对该条款所指称的具体负担金额并无清晰的认识，在进行纳税申报时绝大多数也没有按照税法的规定将合同约定交易额换算为不含税金额，从该约定的性质上看应属于约定不明的条款，而实务中因合同约定税款数额发生争议的民事案件也时有发生。合同法第一百二十五条对于合同约定不明的处理，虽然规定当事人对合同条款的理解有争议的，应当按照合同所使用的词句、合同的有关条款、合同的目的、交易习惯以及诚实信用原则，确定该条款的真实意思，但该条款在具体如何适用时也不甚容易。
