一般纳税人农副产品的进项税额抵扣问题，按照采购渠道的不同以及供应商的身份不同，导致购进的原辅材料进项税额抵扣可分为几种情况。

　　1.一般纳税人开具的增值税专用发票，购进企业可以按规定进行抵扣，即可以按照票面注明的税额抵扣。

　　2.海关进口增值税专用缴款书。企业购进进口原辅材料的，可以按海关进口增值税专用缴款书注明的税额进行抵扣。

　　3.向农业生产者购进的自产农产品，可以凭农副产品收购发票或自产农副产品销售发票抵扣进项税额。

　　企业经常向农业生产者个人购进自产农产品的，可以向主管税务局申请农副产品收购发票，在购进时自行据实开具;或者，可以由农业生产者去税务局申请代开免税销售发票。无论是企业自开的农副产品收购发票，还是税务局代开的免税农产品销售发票，均可以作为进项税额抵扣凭证。

　　农民专业合作社和农业企业等，销售自产的农产品时，可以开具免税的农副产品销售发票。因此，购进企业向这类农业生产的组织和企业采购农产品，应积极索取合规的发票，以作为进项税额抵扣的凭据。

　　农副产品收购发票或自产自销农副产品销售发票，可以抵扣的进项税额=票面金额×9%，用于生产13%税率深加工产品按照10%扣除率计算进项税额。

　　4.小规模纳税人开具增值税专用发票，分两种情况：

　　(1)生产农业初级产品(税率9%)：以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。

　　比如从小规模纳税人购进农产品并取得增值税专用发票，注明价款金额1000.00元，税额30.00元。该张发票可抵扣的进项税额=1000.00×9%=90.00元，而不是专用发票注明的税额30.00元。

　　(2)深加工产品(税率13%)：以增值税专用发票上注明的金额和10%的扣除率计算进项税额。

　　5.不能抵扣进项税额的凭证

　　(1)流通环节开具免税农产品销售发票

　　目前可以开具农产品免税发票的情形有六种：

　　一是农业生产者销售的自产农产品;

　　二是农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品;

　　三是采取“公司+农户”经营模式销售畜禽;

　　四是制种企业在定点生产经营模式下生产销售种子;

　　五是对从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜;

　　六是从事农产品批发、零售的纳税人销售的部分鲜活肉蛋产品。

　　前四种都属于农业生产者销售自产农产品，取得这四种免税发票，可以按农产品销售发票抵扣进项税额。后两种情形属于流通环节对蔬菜、鲜活肉蛋的免税发票，不能抵扣进项税额。

　　(2)销售非自产农产品开具的普通发票

　　小规模纳税人和一般纳税人销售非自产的农产品开具的普通发票，不能作为进项税额抵扣凭证。

　　将上述涉及到的一般纳税人企业购进农副产品的进项抵扣，总结如下：图-1。

　　

　　根据《财政部 国家税务总局关于增值税一般纳税人向小规模纳税人购进农产品进项税抵扣率问题的通知》(财税﹝2002﹞105号)文件，增值税一般纳税人向小规模纳税人购买农产品，可按照《财政部 国家税务总局关于提高农产品进项税抵扣率的通知》(财税﹝2002﹞12号)的规定依13%的抵扣率抵扣进项税额。