国税发[1998]009号文件的规定计算缴纳个人所得税。员工转让持有的股权时，应按“财产转让所得”征收个人所得税。依据现行税法规定，财产转让所得应以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额确认为应纳税所得额。其中有价证券，为买入价以及买入时按照规定缴纳的有关费用。由于员工低价取得股权时得到的“补贴”已经征收了个人所得税，其在计算“财产转让所得”个人所得税时，允许扣除的股权买入价，应当按照购买时的市价或公允价，而不是实际取得时支付的“低价”，以避免重复征税。

　　为做好日后转让股权的扣除申报工作，纳税人或扣缴义务人应将纳税人认购的股票等有价证券的种类、数量、认购价格、市场价格(包括国际市场价格)等情况及有关的证明材料和计税过程一并报当地主管税务机关审核，并将其留存备查。