自2018年5月1日起，纳税人发生增值税应税销售行为或者进口货物，原适用17%和11%税率的，税率分别调整为16%、10%；纳税人购进农产品，原适用11%扣除率的，扣除率调整为10%，纳税人购进用于生产销售或委托加工16%税率货物的农产品，按照12%的扣除率计算进项税额；原适用17%税率且出口退税率为17%的出口货物，出口退税率调整至16%：原适用11%税率且出口退税率为11%的出口货物、跨境应税行为，出口退税率调整至10%。
增值税税率调整后，纳税人购进农产品抵扣变化，有两条对此作出规定，一条是普遍性规定，伴随税率调整，纳税人购进农产品扣除率同步从11%调整为10%。还有一条是特殊规定，明确纳税人购进用于生产销售或委托加工16%税率货物的农产品，按照12%的扣除率计算进项税额。也就是说，税率调整前，购进农产品可以按照11%、13%扣除，税率调整后，按照10%、12%扣除。
1.农产品深加工企业购进农产品按照12%扣除
2018税率调整，农产品扣除率仍是政策设计时需要考虑的一个问题。2017年7月，增值税税率实施"四并三"改革，农产品税率下调后，为了解决农产品深加工企业可能出现的税负上升问题，给予这部分企业维持扣除力度不变的过渡措施，也就是在11%扣除率的基础上加计了2个点，按照13%扣除率计算进项税额，征扣税率差保持在4个百分点(销项17%，进项13%)。
2018税率调整，农产品深加工企业产成品适用税率由17%下调至16%，考虑是征税率下调，退税率、扣除率均应同步下调，这样有利于下一步规范增值税制度，减少税收风险。因此将其扣除率也同步下调一个点，确定为12%。和税率调整前相比，农产品深加工企业购进农产品加计扣除的力度是一样的，只是在10%的基础上加计2个百分点。
2.12%扣除率的适用范围，仅限于纳税人生产16%税率货物购进的农产品，农产品流通企业或者产成品适用税率是10%的企业，不在加计扣除政策范围内，要按照10%扣除率计算进项税额。
3.纳税人购进农产品可以享受加计扣除政策的票据有三种类型：
一是农产品收购发票或者销售发票。
销售发票必须是农业生产者销售自产农产品适用免税政策开具的普通发票；
二是取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书；
三是从按照3%征收率缴纳增值税的小规模纳税人处取得的增值税专用发票。
需要说明的是，取得批发零售环节纳税人销售免税农产品开具的免税发票，以及小规模纳税人开具的增值税普通发票，均不得计算抵扣进项税额。
案例分析及其财税处理
案例1:某食品有限公司为一般纳税人，是一家肉制品加工企业。2018年7月购进分割猪肉1000吨，含税单价2.2万元/吨，银行转账支付，销售方是小规模纳税人，申请税务局代开了增值税专用发票。7月份生产领用1000吨用于加工香肠(属于初加工)。
根据规定，自2018年5月1日起，简并增值税税率结构，一般纳税人销售或者进口农产品适用税率为10%。
小规模纳税人销售农产品，并向税务机关申请代开增值税专用发票，应按3%的征收率缴纳增值税。
食品公司其会计处理和税务处理分别如下：
1.购进时：
借：原材料 1965万元
进项税额 235万元
贷：银行存款 2200万元
税务处理：简并增值税税率后，纳税人购进农产品时，应按10%的税率进行价税分离。
从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和10%的扣除率计算进项税额。
该公司购进农产品进项税额
=1000*2.2/(1 3%)*10%=235(万元)
2.领用
借：生产成本-香肠 1965万元
贷：原材料 1965万元
香肠应结转生产成本=1965万元)
案例2:某食品有限公司为一般纳税人，是一家肉制品加工企业。2018年7月购进分割猪肉1000吨，含税单价2.2万元/吨，银行转账支付，销售方是小规模纳税人，申请税务局代开了增值税专用发票。7月份生产领用1000吨用于加工火腿肠(属于深加工)。
一般纳税人购进用于生产销售或委托加工16%税率货物的农产品，按照12%的扣除率计算进项税额。
1.购进
借：原材料 1965万元
进项税额 235万元
贷：银行存款 2200万元
购进农产品进项税额
=1000*2.2/(1 3%)*10%=235(万元)
2.领用
借：生产成本-火腿肠 1925.7万元
进项税额 39.3万元
贷：原材料 1965万元
加计扣除农产品进项税额
=当期生产领用农产品已按10%扣除率抵扣的税额÷10%×(12%-10%)
=1965*10%/10%*(12%-10%)
=39.3(万元)
火腿肠的生产成本
=1965-39.3=1925.7(万元)
案例3:食品有限公司是一家肉制品加工企业。2018年7月购进分割猪肉1000吨，含税单价2.2万元/吨，银行转账支付，销售方是小规模纳税人，申请税务局代开了增值税专用发票。7月份生产领用800吨用于火腿肠的生产加工，200吨用于香肠加工。
1.购进
借：原材料 1965万元
进项税额 235万元
贷：银行存款 2200万元
购进农产品进项税额
=1000*2.2/(1 3%)*10%=235(万元)
2.领用
借：生产成本-火腿肠 1540.56万元
进项税额 31.44万元
生产成本-香肠 393万元
贷：原材料 1965万元
香肠应结转生产成本
=1965*20%=393(万元)
加计扣除农产品进项税额
=当期生产领用农产品已按10%扣除率抵扣的税额÷10%×(12%-10%)
=1965*80%*10%/10%*(12%-10%)
=31.44(万元)。
火腿肠的生产成本
=1965-31.44-393=1540.56(万元)
从小规模纳税人取得增值税专用发票且能分开核算的，才能享受加计扣除。一旦享受加计扣除的，就不能将从小规模纳税人处取得的增值税专用发票再填入《增值税纳税申报表附列资料。从一般纳税人和小规模纳税人购进的需要分开核算，才能享受加计扣除；否则，从小规模纳税人购进的农产品并取得3%的增值税专用发票，只能按3%扣除。
