控股合并是一个会计概念。在法律语境下，根据《公司法》第一百七十二条，公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。两个以上公司合并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。据此，法律上认可的企业合并只有吸收合并和新设合并两种，企业合并必将会导致法律主体的消灭。所以，《公司法》第一百七十四条规定："公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继"。
税法上的认定基本上与法律保持了一致。财政部、国家税务总局联合出台的《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税【2009】59号，以下简称"59号文")对合并进行了界定，其是指一家或多家企业(以下称为被合并企业)将其全部资产和负债转让给另一家现存或新设企业(以下称为合并企业)，被合并企业股东换取合并企业的股权或非股权支付，实现两个或两个以上企业的依法合并。
但在实务操作中，企业间为了引入战略投资者或合作伙伴，更愿意选择控股合并，即甲公司通过收购乙企业的股份或者相互交换股票取得对方股权，达到对乙公司进行控制的合并形式。合并后，依旧有两个公司主体存续，这是控股合并区别于法律上企业合并的重要特征，因此我们在处理控股合并时，并不能直接从法律、税法规定的企业合并中找到依据。
为了理清控股合并涉及的法律关系，继而找到税务处理依据，我们需要根据甲公司对价支付方式的不同将控股合并进行区分。如果甲公司直接通过资金支付收购乙公司的股份，达到控制目的，那么在甲公司与乙公司股东之间就是股权转让关系，乙公司股东根据股权转让所得缴纳企业所得税或个人所得税。但控股合并的实施目的决定了收购方甲公司不可能将大量的资金用于购买股份，乙公司股东也不会完全退出，甲公司通常会选择以自己的股份为对价支付给乙公司股东，合并后，甲公司成为乙公司的股东，乙公司的原股东成为甲公司的股东。从乙公司股东角度是股权置换，将其持有乙公司的股权换取了甲公司的股权，但乙公司的交易对象是甲公司，而非甲公司的股东，根据《公司法》第一百四十二条规定，甲公司本身是不能持有自己的股份的，即甲公司法律上是不能够拿自己的股权作为支付对价，所谓的股权支付情况下的控股合并，实际上包含了两层法律关系：第一层，乙公司股东将持有的股份转让给甲公司；第二层，乙公司股东用持有股份的价值投资到甲公司。
控股合并在税务上表述为股权收购，是指一家企业(收购方)购买另一家企业(被收购方)的股权，以实现对被收购企业控制的交易，收购支付对价的形式包括股权支付、非股权支付或两者结合。一般情况下，被收购方股东应当确认股权转让所得，收购方取得的股权的计税基础应以公允价值为基础确定，税务处理与普通的股权转让交易相同。
但当满足一定条件时，股权收购双方可以选择特殊性税务处理，根据59号文第五条、第六条，股权收购同时符合下列条件的：
(一)具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的；(二)收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的50%(财税〔2014〕109号修改)；(三)企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动；(四)收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%；(五)企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
可以选择按以下规定处理：被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。即在控股合并中，如果能够满足上述五个条件，被收购企业股东不需要确认股权转让所得，收购企业也无需调整股权价值。
以甲乙公司为例，如果乙公司全部股份账面价值是1亿元人民币，乙公司股东有两人，分别为A企业，持股90%，初始投资金额为9000万元,另一位为B自然人，持股10%,初始投资金额为1000万元。控股合并时，乙公司全部股权的公允价值是10亿元，用于换取甲公司等价值增资扩股股份。甲收购乙公司100%股权，且100%股权支付，假设其他条件也满足特殊性税务处理方法，乙公司股东A企业可以选择按照9000万元来确认取得的甲公司股权(公允价值为9亿元)，甲公司从A企业获取的乙公司股权也按照9000万元入账，A企业则无需缴纳所得税。
由于59号文是企业重整过程中针对企业所得税的特殊处理，对于自然人股东B并不适用。本案中，股东B持有A公司10%的股份评估价值为1亿元，初始投资为1000万元，不考虑其他税费，应纳个人所得税1800万元。该税费由自然人股东自行申报缴纳，股权支付的甲公司没有代扣代缴的义务。
因此，很多自然人股东会选择不申报。但如果公司控股合并为了挂牌或者上市做准备，在确认股权变动历史沿革时，必然审查到存在需要自然人股东补交个税的情形。虽然《财政部、国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》(财税【2015】41号)规定，个人发生非货币性资产投资一次性缴税有困难的，可合理确定分期缴纳计划并报主管税务机关备案后，自发生上述应税行为之日起不超过5个公历年度内(含)分期缴纳个人所得税。但想要享受该项政策，纳税人必须在取得被投资企业股权之日的次月15日内，自行制定缴税计划并向主管税务机关报送《非货币性资产投资分期缴纳个人所得税备案表》、纳税人身份证明、投资协议、非货币性资产评估价格证明材料、能够证明非货币性资产原值及合理税费的相关资料。
因此，如果在企业控股合并时，就已经明确将来是要挂牌或上市的，被收购方的自然人股东最好及时申报并申请在五年内分期缴纳所得税，否则一旦在辅导挂牌或上市阶段被审查出来，自然人股东将会面临一次性缴纳全额税款的资金压力。
