《税收征管法修订草案(征求意见稿)》中新增"税额确认"制度，指税务机关对纳税人申报纳税的真实性、合法性的核实和确定，在申报纳税环节之后确立了一个税务管理环节。可以说，税额确认将是今后税务机关纳税遵从管理的主要手段，具有日常性、大量性的特点。"税额确认"显然来源于当前税收实践中的纳税评估制度，因此，反思纳税评估实践中的问题，对于构建税额确认制度具有重要意义。
　　从1999年在青岛市国家税务局开始纳税评估试点，提出纳税评估概念，到2005年国家税务总局出台《纳税评估管理办法(试行)》，作为加强税源管理的一种探索或曰创新手段，实践中的纳税评估，既含有制度"基因"(《办法(试行)》对纳税评估的定位)，又含有理念"基因"(西方纳税评估理念对实践的影响)。但实践中，理念、理论与制度的结合却是碎片式的，并未形成价值统一、内在和谐的制度架构体系。有关纳税评估法律地位、法律性质及程序合法性的质疑一直不断，给人雾中花、水中月，像雾像雨又像风的感觉。
　　1、纳税评估是内部管理行为还是外部行政行为
　　《纳税评估管理办法(试行)》对纳税评估定义是"税务机关运用数据信息对比分析的方法，对纳税人和扣缴义务人纳税申报的真实性和准确性作出定性和定量的判断，并作出进一步征管措施的行为"。总局《纳税评估工作规程》中指出："纳税评估是指国税机关根据纳税人的申报资料及其他征管信息，按照一定的程序，运用一定的手段和方法，进行审核、比对、分析、核查，对纳税人一定时期内申报纳税的真实性、准确性进行综合评估"。
　　当时总局谢旭人局长在有关讲话中曾指出，"纳税评估是强化税源管理的有效方法，也是基层税务人员的基本功，同时也要看到，纳税评估有深有浅，税收管理员下户了解情况，琢磨琢磨他的管户也算是评估，税源管理部门还可以集中几个专家级的人才集中评估，有的老税干有经验，如在集贸市场的管理中，一看就知道纳税够不够，这都是在做纳税评估工作"。
　　可见，纳税评估概念提出之初，认识上还是感性的成分较多，其核心是"估"，是在当时的"以纳税申报和优化服务为基础，以计算机网络为依托，集中征收，重点稽查"的征管模式下，为解决"疏于管理，淡化责任"现象，意图在"征收"、"稽查"之间构建一个管理环节，强化税务机关内部对申报纳税的监控分析，以便更有效地采取具有法律意义的征管措施，解决管理弱化的问题。
　　以此认识为前提，当大家认为纳税评估缺乏法律定位和授权时，有学者认为"纳税评估作为一种内部管理行为和非强制性措施本身无须法律授权，税务机关可以直接实施"，至于"进一步的征管措施"，"《税收征管法》已经对税务检查做了专章规定，纳税评估最需要法律授权的内容，税务机关基本上都已经得到了，所以纳税评估不存在任何法律障碍"。
　　但一种对纳税人实体权利义务并不产生直接影响的制度安排，如何转化成纳税遵从管理？实践中有各种形态，带来以下问题。
　　2、纳税评估与税务稽查的关系
　　因为"估"的定位，《纳税评估管理办法(试行)》第五章"评估结果处理"中，评估的结果只能是"提请"纳税人自行纠正或移交稽查处理。纳税评估本身并不包括强制性的处理决定。因而，虽然《纳税评估管理办法(试行)》中对纳税人的义务进行了规定，但都是程序性的义务，这一义务来源于《税收征管法》中与税务机关税务检查权相对应的纳税人接受检查的程序性义务，而纳税评估本身对纳税人的实体权利义务并不产生直接影响。
　　基于这样一种定位，实践中有的税务机关往往把纳税评估当作稽查的选案环节或前置程序，如此，纳税评估缺乏独立的功能价值。但问题是，根据《征管法实施细则》的规定，税务稽查专司偷、逃、抗、骗的查处，对于并不涉嫌"偷、逃、抗、骗"，纳税人又不愿意按照税务机关的"提请"自行纠正的，程序又该如何进行下去呢？税务机关又该采取什么措施、按照什么程序去"督促纳税人按照税法规定逐项落实(自行补正申报、补缴税款、调整账目)"？因此，作为一种纳税遵从制度的安排，仅有提请纠正和移交稽查，显然是不够完整的。
　　有的税务机关将纳税评估、税务稽查都作为纳税遵从管理的一种手段，如，《全国税务系统干部教育培训系列教材：征管评估(中级)》中将两者作为并列的一种纳税遵从管理手段(风险应对策略)，并将二者作如下区别，但这种区别缺乏法理方面的基础，在实务中仍带来困扰。
　　(1)举证责任不同。"纳税评估是征纳双方相互举证，纳税人承担主要举证责任；税务稽查则由税务机关举证，纳税人不负有举证责任"，这种区别的法理基础是什么？"证明责任属于实体法领域"，对某个课税事实的举证责任是由税收实体法予以规定，而不是随征管程序变化的。对这个问题的模糊认识，给实务带来的影响是，在纳税评估程序中，部分税务人员认为自己不需要取证，而由纳税人举证。甚而，相同的风险事项，通过纳税评估程序，则由纳税人负举证责任，通过税务稽查，则由税务机关负举证责任。纳税评估制度中的举证责任安排的法律渊源应需要进一步梳理。
　　(2)目的不同。"纳税评估的目的是对纳税人纳税申报内容进行检查、 审核、 确认或调整，对纳税人纳税申报内容的真实性、准确性进行确认；税务稽查的目的是打击涉税违法行为。通过对个案的查处， 打击和震慑涉税违法行为，净化依法纳税环境， 营造公平纳税氛围"；这一区别在实务操作层面也很难清晰地将二者划分开来，即使为了打击的目的，也会涉及对纳税人纳税申报内容检查、审核、确认或调整；而对于属于打击范畴的"偷逃抗骗"，特别是偷税，在审核之初，往往难以判断属于移交稽查的事项，或通过"自行纠正"了事。一方面带来执法风险，另一方面也会导致执法尺度不一。
　　(3)程序不同。纳税评估方式中包含了案头审核、电话、信函、约谈等方式，虽然一定程度上，这可以归入《税收征管法》对规定的税务检查手段中，但毋庸置疑的是，这些手段的程序控制、证据效力都较弱。为什么对纳税评估设定这样的方式？是否是与《纳税评估管理办法(试行)》未赋予纳税评估"强制性处理决定"的定位相适应的？但把纳税评估作为一种对外执法手段(即做出"强制性的处理决定")，如此程序、方式、证据是否足以支持其合法性？有学者指出，"纳税评估方面的法律纠纷一旦产生，税务机关的行为是经不起司法机关审查的"。
　　因此，如果把纳税评估仅作为一种内部管理行为，作为稽查的前置程序，其独立的功能价值则无法体现，税务稽查承担所有的纳税遵从管理任务，既无法承受，也于法无据；而把纳税评估作为一种对外执法手段，现有的执法程序显然难以支撑其合法性。
　　3、什么是"提请纳税人自行纠正"
　　因《纳税评估管理办法(试行)》设定评估的结果只能是"提请"纳税人自行纠正或移交稽查处理，而税务稽查有其专司职责，因而，实践中，纳税评估案件主要通过"提请纳税人自行纠正"方式结案，但这种"提请"的性质是什么，十分的模糊。
　　(1)"提请纠正"的事项，税务机关是否负有阐明事实的义务？因为是纳税人自行纠正，很多税务人员认为其并不负有阐明事实的义务，往往以纳税人自认为理由，对认定的课税事实的证据不去收集。但没有相应的证据，《纳税评估管理办法(试行)》中的"督促纳税人逐项落实"，又哪里来的事实依据？如果提请纠正仅仅是不产生拘束力的"行政指导"行为，税务机关又哪里来的"督促落实"的义务？因"提请纠正"形成的证据意识的模糊，有关评估案件的审理也会陷入尴尬，没有证据的审查，又如何去认定事实？
　　(2)怎么理解纳税评估的容错？有学者指出，"对纳税评估发现的涉税违法行为给予纠错的机会和宽容处理，是纳税评估的宗旨之一，尤其在存在大量税收无知的国度，其税收意义更是不可低估的"，《纳税评估管理办法(试行)》第十八条也相应规定了比较模糊的宽容处理的规定。基于这样的认识，纳税评估"只补税，不处罚"的认识大量存在，但与《税收征管法》有关法律责任的规定不符。也导致，同样的问题，通过稽查程序处理的要定性处罚，而通过评估处理的则"自行纠正"。但目前评估制度的程序、举证责任的安排，要通过评估程序实施定性处罚，又存在极大的困难。
　　(3)对纳税人不按"提请"纠正的，税务机关该怎么办？缺乏后续的制度安排。因此，实践中，评估人员往往很羡慕稽查人员，认为他们有强制手段；而稽查人员又羡慕评估人员，认为"提请纠正""不需要严格的程序、充分的证据，纳税人认可了就行。
　　可见，实践中对纳税评估的认识多面的，恰如横看成岭侧成峰。