《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税(2009)59号)文规定："企业合并，企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并，可以选择按以下规定处理：
　　1、合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定。
　　2、被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。
　　3、可有合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截止合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。
　　4、被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。"
　　这也就是合并的所得税特殊性税务处理的实体性规定，在该方式下，被合并方不需计算转让收益，由于税法所称合并为吸收合并或新设合并而没有控股合并，因此被合并方需要解散，此时被合并方法人股东也没有纳税义务。
　　而在程序上，59号文则规定："企业发生符合本通知规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。企业未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。"
　　而《企业重组业务企业所得税管理办法》(国家税务总局公告2010年第4号)进一步细化了程序性要求："企业重组业务，符合《通知》规定条件并选择特殊性税务处理的，应按照《通知》第十一条规定进行备案；如企业重组各方需要税务机关确认，可以选择由重组主导方向主管税务机关提出申请，层报省税务机关给予确认。
　　采取申请确认的，主导方和其他当事方不在同一省(自治区、市)的，主导方省税务机关应将确认文件抄送其他当事方所在地省税务机关。
　　省税务机关在收到确认申请时，原则上应在当年度企业所得税汇算清缴前完成确认。特殊情况，需要延长的，应将延长理由告知主导方。"
　　这也意味着，重组的备案或确认，只要在当年度汇算清缴之时进行备案即可，而省级税务机关也可以对确认申请在汇算清缴前完成确认。
　　然而，由于吸收或新设合并涉及被合并方的解散，因此在现实中需要办理工商解散手续和税务注销程序，在实务中往往出现这样的情况：
　　1、合并后存续企业向主管税务机关备案，该备案无任何资料可以传递给被合并企业主管税务机关，此时不确认收益的注销手续就会变得困难；
　　2、采取申请确认，无法及时取得确认文件，导致被合并企业无法及时注销，因此后续的资产过户也无法及时完成；
　　3、特殊性税务处理事后被驳回，此时被合并方已注销，相关税收由哪个税务机关补收不明确；
　　这些问题有时会使一些合并在税务处理上很难获得真正的确定性，直接导致了递延税收式重组无法真正获得企业的认可，希望对于实体消逝式重组，可以给出更有确定性和实操性的法规。