汇总纳税企业的组织结构改变后需重新审核鉴定，这是《国家税务总局关于公开行政审批事项等相关工作的公告》(国家税务总局公告2014年第10号)公布的非行政许可审批项目之一。其审批是依据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)规定，汇总纳税企业以后年度改变组织结构的，该分支机构应按本办法规定报送相关证据，分支机构所在地主管税务机关重新进行审核鉴定。
居民企业总分支机构所得税征管办法
我国企业所得税实行以法人为基本纳税单位的法人所得税制。居民企业缴纳企业所得税以企业登记注册地为纳税地点，其在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，以该居民企业为纳税人，汇总计算并缴纳企业所得税。居民企业在中国境内跨地区(指跨省、自治区、直辖市和计划单列市)设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业；由汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照(登记证书)，且总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构为二级分支机构。
汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的征管办法。总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分摊缴纳企业所得税。
总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%
分支机构按以下公式计算分摊税款：所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%；某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例。
汇总纳税企业新设分支机构的备案管理
汇总纳税居民企业的总机构和分支机构均应依法办理税务登记，接受所在地主管税务机关的监督和管理。总机构应将其所有二级及以下分支机构的信息报所在地主管税务机关备案；各分支机构应将其总机构、上级分支机构和下属分支机构的信息报所在地主管税务机关备案，均无需办理审核鉴定手续。上述备案信息发生变化的，除另有规定外，应在内容变化后30日内报总机构和分支机构所在地主管税务机关备案，并办理变更税务登记。
汇总纳税企业改变组织结构需报请审核
汇总纳税企业以后年度改变组织结构的，该分支机构应在预缴申报期内，向其所在地主管税务机关报送相关证据(见“重新审核鉴定需报送的相关证据清单图”)，证明其二级及以下分支机构身份，由分支机构所在地主管税务机关重新进行审核鉴定。
