预付工程款是与在建工程密切相关的往来款项。通常有些财务人员习惯通过"预付账款"科目核算预付工程款，这是不准确的。"预付账款"反应企业按照购货合同规定预付给供应单位的款项，是流动资产核算的范围。预付工程款最终会转换为固定资产，是固定资产核算的范围。准确核算预付的工程款，应在"在建工程"科目下设置"预付工程款"二级明细科目，进行预付工程款的明细核算。 
　　具体账务处理举例如下： 某企业建造厂房一幢，由建筑工程公司承包建造，按照承包合同，工程价款为500 000元，先预付60%，余额待工程竣工后付清。 
　　(1)预付工程款60%：
　　借：在建工程--预付工程价款 300 000
　　贷：银行存款一一人民币户 300 000
　　(2)工程竣工验收，结清工程价款余额：
　　借：在建工程--建筑工程--出包 500 000
　　贷：在建工程--预付工程价款 300 000
　　银行存款--人民币户 200 000
　　(3)结转已完工程： 　　借：在建工程--已完工程--厂房 500 000
　　贷：在建工程--建筑工程-一出包 500 000
　　同时转作固定资产： 
　　借：固定资产--房屋及建筑物 500 000
　　贷：在建工程一一已完工程--厂房 500 000
　　对于预付工程款的报表列示，新会计准则讲解："在建工程"项目，反映企业期末各项未完工程的实际支出，包括交付安装的设备价值、未完建筑安装工程已经耗用的材料、工资、和费用支出，预付出包工程的价款等的可收回金额。