最近，一家非居民企业因为没有依法履行税务备案程序，被主管税务机关依法驳回了享受特殊性重组递延纳税优惠的申请，这家企业就其股权转让所得补缴税款及滞纳金共计1200万元。而记者调查发现，企业忽视税务备案并非个案。
　　近日，非居民企业A公司怎么也没有想到，因为没有及时履行税务备案程序，他们失去了享受特殊重组递延纳税的机会，只能按税务机关要求补缴税款并缴纳滞纳金，共计1200万元。“这是一个深刻的教训！”该公司全球税务高管说。        
　　据了解，A公司注册地位于芬兰，其100%控股位于北京市的居民企业B公司。B公司成立于2003年10月，主营业务为生产电子、电信、计算机和医疗器械行业用注塑零件、金属冲压件、部件、组装件、塑料件及金属零件用模具和工具，以及上述产品的自动化装配线。2008年12月19日，A公司与注册于新加坡的C公司签署协议，决定将B公司的全部股权转让给C公司。股权转让以后，C公司100%控股B公司。
　　经调查，与B公司一起转让的，还有另外3家A公司的中国子公司和位于印度、匈牙利、墨西哥和巴西的子公司。这次股权转让，属于A公司集团内部运营重心的转移，商业目的合理，且同时符合《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕59号，以下简称59号文件)规定的可以享受特殊重组税收优惠的实质条件。
　　经审核，被转让方B公司2009年完成股权变更后，同年完成了工商变更登记，企业股权转让合同或协议生效并完成股权变更手续后，A公司未在规定的时限内到主管税务机关备案，存在延迟备案问题。此外，转让双方于2008年12月19日签订的股权转让协议中明确，股权转让款以现金形式支付。10天后，在转让双方签订的股权转让协议之补充协议中，股权转让价款的支付方式由现金支付改为股权支付。但是，A公司未就上述事实向相关部门提交补充协议并对变更支付方式进行备案。其间，主管税务机关曾多次要求A公司依法履行税务备案程序，税务人员向A公司解释了税务备案不及时、不完整存在的税务风险，但一直没有引起该公司足够的重视。
　　因此，当A公司向其主管税务机关提出，希望就其股权转让行为适用特殊性税务处理条款，享受递延纳税的税收优惠时，被其主管税务机关告之，A公司虽然符合享受税收优惠的所有非程序性条件，但唯独没有按照规定事先履行书面备案程序。根据59号文件第十一条规定，企业未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理，也就不能享受相应的税收优惠。        
　　同时，根据《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》(国税函〔2009〕698号)、《企业重组业务企业所得税管理办法》(国家税务总局公告2010年第4号)中有关非居民企业发生重组业务适用特殊性税务处理的规定，北京市国税局最终认定A公司不符合特殊性税务处理的条件，要求其主管税务机关按照非居民企业股权转让一般性税务处理的适用政策和程序做好税收征管工作。最终，非居民企业A就其股权转让所得补缴税款及滞纳金共计 1200万元。
　　后来，A公司的全球税务高管专程来到北京沟通此事，希望北京市国税局能够“放一马”。但是，最终却没有改变北京市国税局的决定。在离开北京前，A公司的全球税务高管表示，今后会严格按照中国的法律办事，特别是要更加重视有关备案的程序性规定，加强内部管理和税务风险的防范，防止类似情况再次发生。
　　在了解了A公司的经历后，很多相关企业都纷纷表示：不重视税务备案真的不行了。而北京市国税局国际税务管理处有关负责人告诉记者，由于纳税人的备案资料是税务机关发掘非居民税源的重要抓手，税务机关对税务备案的重视程度将会与日俱增。在这种情况下，如果相关非居民企业和扣缴义务人不重视税务登记和备案程序，将可能给企业带来涉税风险。