企业为了有效整合市场资源，壮大企业规模等目的.通常采取吸收合并和新设合并方式实现与其他企业的重组。所谓吸收合并是指两个以上的企业合并时，其中一个企业吸收了其他企业而存续，被吸收的企业解散。所谓新设合并是指两个以上企业并为一个新企业.合并各方解散：企业合并时，合并各方的债权、债务由合并后的企业或者新设的企业承继。企业所得税法规定，对企业纳税年度发生的亏损准予向以后年度结转.用以后年度的所得弥补但结转年限最长不得超过五年。企业合并后，被合并企业以前年度的亏损未超过法定弥补期限的情况下，其亏损应当如何弥补，
　　一是企业合并适用一般性税务处理(或应税重组)的，被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。根据《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009)59号)规定.企业台并除符合适用特殊性税务处理规定的外，被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。企业合并适用一般性税务处理的，被合并企业应按清算进行所得税处理。根据《企业所得税法》第十八条的规定；"企业纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过五年。"这里说的'以后年度的所得'并没月将其限定为经营所得，也没有将其限定为"经营期间的所得"，也就是对"清算所得"并没有排除在外，《企业所得税法》第五十三条规定."企业依法清算时。应当以清算期间作为一个纳税年度"。由于企业清算期是作为独立的纳税年度，且《企业所得税法》并没有将企业"清算所得"排除在"以后年度所得"之外，因此，被合并企业的清算所得可以弥补其尚未弥补的亏损。当然这里的亏损是按企业所得税法的规定计算的应弥补而未弥补亏损，被合并企业所得税清算没有所得或清算所得不足以弥补亏损的，则终止弥补。
　　二是企业合并适用特殊性税务处理(或免税重组)的。被合并企业的亏损在剩余结转年限内在合并企业应纳税所得额中限额弥补；具体弥补限额的计算：
　　1 .2008年1月1日前按《国家税务总局关于企业合并分立业务有关所得税问题的通知》(国税发[2000)11日号)的规定执行。
　　2 .2008年1月1日以后，根据《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》{财税[2009)59号)规定，适用特殊性税务处理规定应符合以下五个条件:(一)具有合理的商业目的。且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。(二)被合并部分的资产或股权比例为100%(三)企业重组后的连续1 2个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。(四)企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的日5%以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并。{五)企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续1 2个月内，不得转让所取得的股权，符合并选择适用特殊性税务处理规定的。可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值x截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。但在"财税[2008]5日号"文中  对"可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额"是指弥补亏损总额不超过限额，还是指
　　每年度弥补的限额不得超过规定的限额，政策并不明朗。《国家税务总局关于发布(企业重组业务企业所得税管理办法)的公告》(国家税务总局公告2010年第4号)第二十六条作了进一步明确·可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额。是指按《税法》规定的剩余结转年限内每年可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额、也就是说，被合并企业的亏损按剩余结转年限内.按照被合并企业净资产公允价值和合并当年年末国家发行的最长期限的国债利率的限额以内允许弥补。
　　举例：假设合并前A公司账面净资产为300万元.允许税前弥补而尚未弥补的亏损为1 280万元，其中2007年尚未弥补的亏损为1 42万元，2008年尚未弥补亏损为690万元，2009年尚未弥补亏损为448万元-经中介机构评估。合并时A公司房产及土地公允价值增值51 80万元。存货按市场价格增值600万元，评估后A公司；争资产的公允价值为4200万元。合并后当年实现的应纳税所得额为3000万元：合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率为4. 41%.假设企业合并符合并选择适用"特殊性税务处理"规定的则根据现行税收政策，201G年允许合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=4200x 4 41%=185. 22万元。所以，合并企业2010年实现的应纳税所得额3000万中可以用来弥补被合并企业合并前的亏损额为185 .22万元。对合并前尚未弥补的亏损1094.78(1 280-185.22)万元,还可以在允许弥补的剩余年限内继续弥补,但每年允许税前弥补的金额不能超过185.22万元，
　　另外需要注意的是。企业发生符合规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。企业未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。根据《国家税务总局关于发布<企业重组业务企业所得税管理力法>的公告》(国家税务总局公告2010年第4号)企业发生合并应准备以下资料：(一)当事方企业合并的总体情况说明，情况说明中应包括企业合并的商业目的；(二)企业合并的政府主管部门的批准文件；(三)企业合并各方当事人的股权关系说明；(四)被合并企业的净资产、各单项资产和负债及其账面价值和计税基础等相关资料；(五)证明重组符合特殊性税务处理条件的资料，包括合并前企业各股东取得股权支付比例情况以及12个月内不改变资产原来的实质性经营活动，原主要股东不转让所取得股权的承诺书等；(六)工商部门核准相关企业股权变更事项证明材料；(七)主管税务机关要求提供的其他资料证明。