房地产开发公司准备在广州市竞拍一块地开发房地产项目。准备竞拍地块，规划地上住宅建筑面积约10万平方米，地下规划停车位建筑面积约4万平方米，开发完以后地下停车位也可以办理房产证，所以地下部分也要交土地出让金。实际地上商品房和地下车位的地价是不一样的，据评估地上商品房的楼面地价约2万元/平方米，地下车位的楼面地价约2千元/平方米。整块地地上地下综合楼面地价约1.5万元/平方米。实际拟签订的土地出让合同不分别约定地上地下土地成本，只是约定整块地的土地出让金约21亿元，包含地上地下的建筑面积。
由于地上地下实际楼面地价差异达10倍，地下面积占比也比较高。所以如果按照地上地下的实际土地成本测算，则地上的普通住宅可以免缴土地增值税。如果按照地上地下建筑面积分摊土地出让合同的土地出让金总额进行测算，则地上的普通住宅不能免交土地增值税。这两种测算结果的土地增值税金差异超过2亿元。
因为如果按照总地价平均分摊地上地下建筑面积进行土地增值税清算，项目就可能不赚钱了，甚至会亏钱了。如果能够争取按照地上地下实际的土地成本进行土地增值税清算，项目才可能赚钱，竞拍土地开发该项目才是正确的决策。但是按照目前的情况和税务机关的执行惯例，极大可能是按照总地价平均分摊地上地下建筑面积进行土地增值税清算。到底能不能以及怎样才能按照地上地下的实际土地成本进行土地增值税清算，这是企业不能确定的。
那么我们要看看对土地增值税清算时土地成本分摊的问题
首先是财法字〔1995〕6号《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第九条明确规定
纳税人成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产的，其扣除项目金额的确定，可按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊，或按建筑面积计算分摊，也可按税务机关确认的其他方式计算分摊。
然后是穗地税函〔2014〕109号规定：
一、地下车库未分割而整层销售的，“可售建筑面积”与“已售建筑面积”均以该车库《房地产权证》或《房屋面积测量成果报告书》记载的“建筑面积”为准。
二、地下车库分割车位销售的，“可售建筑面积”应为《房地产权证》或《房屋面积测量成果报告书》记载的每个可售车位的“套内建筑面积”之和与车位“另共有面积”的合计数。
“已售建筑面积”应为《房地产权证》或《房屋面积测量成果报告书》记载的每个已售车位的“套内建筑面积”之和与车位“另共有面积”分摊份额的合计数。
车位“另共有面积”分摊份额按照如下顺序确定：
1、由纳税人提供国土房管部门出具的分摊证明；
2、纳税人按每个已售车位的“套内建筑面积”之和占每个可售车位“套内建筑面积”之和的比例确定。即：“另共有面积”分摊份额=每个已售车位“套内建筑面积”之和÷每个可售车位“套内建筑面积”之和×车位“另共有面积”。
按照上述规定，上面提到的地块极大可能按照总地价平均分摊地上地下建筑面积进行土地增值税清算。
但是，2019年6月28日，国家税务总局广东省税务局关于发布《国家税务总局广东省税务局土地增值税清算管理规程》的公告(国家税务总局广东省税务局公告2019年第5号)第二十九条第二款明确规定
土地出让金是否按照以下方式分摊：国有土地使用权出让合同或其补充协议注明，地下部分不缴纳土地出让金或者地上部分与地下部分分别缴纳土地出让金的，土地出让金应直接归集到对应的受益对象(地上部分或地下部分)。
按照上述规定，只要国有土地使用权出让合同或其补充协议注明，地上部分与地下部分分别缴纳土地出让金的，土地出让金应直接归集到对应的受益对象(地上部分或地下部分)。
