增值税
　　国税发〔2000〕187号规定，"购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省(自治区、直辖市和计划单列市)的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。
　　购货方能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票的，或者取得手工开出的合法、有效专用发票且取得了销售方所在地税务机关已经或者正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处证明的，购货方所在地税务机关应依法准予抵扣进项税款或者出口退税。"
　　具体处理：
　　(1)对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处，就是没有罚款和滞纳金；
　　(2)补缴已抵扣的进项税款或者取得的出口退税；
　　(3)重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票，准予抵扣进项税款或者出口退税。
　　企业所得税
　　国家税务总局公告2012年第15号第六条规定，"根据《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定，对企业发现以前年度实际发生的、按照税收规定应在企业所得税前扣除而未扣除或者少扣除的支出，企业做出专项申报及说明后，准予追补至该项目发生年度计算扣除，但追补确认期限不得超过5年。"
　　具体处理
　　(1)企业发生应税项目支出所取得的发票，属于存在真实交易行为,非故意取得虚假、虚开发票的，应当向对方换开符合规定的发票作为税前扣除凭证。在汇算清缴期内换开的，可在当期所得税前扣除，在汇算清缴期后换开的，企业做出专项申报及说明后，准予追补至该项目发生年度计算扣除，但追补确认期限不得超过5年。
　　(2)由于开票单位被主管税务机关认定为非正常户或者开票单位发生解散、清算、注销、破产等情形，经开票单位原主管税务机关调查核实，企业无法向对方换开合法有效发票的，企业能够提供交易合同、非现金支付证明、对方收款证明、收发货凭证、出库单(领料单)以及经办人证言等相关证据，证明该项交易真实的，其相关支出允许在企业所得税税前扣除。