新企业所得税法颁布前交通运输业享受的税收优惠：
   （1）新办交通企业
   《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[1994]001号）对新办的独立核算的从事交通运输业企业或经营单位，第一年免征所得税；第二年减半征收所得税。
   （2）西部新办交通企业减免
   《财政部、国家税务总局、海关总署关于西部大开发税收优惠政策问题的通知》（财税[2001]202号），2001年1月1日起对在西部地区新办交通且项目业务收入占企业总收入70%以上的，可以享受企业所得税如下优惠政策：内资企业自开始生产经营之日起，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税；外商投资企业经营期在10年以上的，自获利年度起，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。
    新办交通企业，是指投资新办从事公路、铁路、航空、港口、码头运营和管道运输的企业。
    西部地区包括重庆市、四川省、贵州省、云南省、西藏自治区、陕西省、甘肃省、宁夏回族自治区、青海省、新疆维吾尔自治区、新疆生产建设兵团、内蒙古自治区和广西壮族自治区（上述地区以下统称“西部地区”）。湖南省湘西土家族苗族自治州、湖北省恩施土家族苗族自治州、吉林省延边朝鲜族自治州，可以比照西部地区的税收优惠政策执行。
   （3）外资企业所得税
   《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》第八条和《外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》第七十二条第一款第（八）项，对从事交通运输的外商投资企业，经营期在10年以上的，从开始获利的年度起，第1年和第2年免征企业所得税，第3至第5年减半征收企业所得税。但属于石油、天然气、稀有金属、贵重金属等资源开采项目的，根据国务院规定不得享受上述减免税待遇。
   《国家税务总局关于从事交通运输的外商投资企业界定问题的批复》（国税函发[94]383号）及《国家税务总局关于从事出租车等客运业务的外商投资企业适用税收优惠政策问题的批复 》（国税函[2004]945号）规定：《外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》第七十二条第一款第（八）项所说交通运输业，包括从事搬家、搬运业务的外商投资企业，但不包括从事函件物品（特快）传递业务的外商投资企业，不包括从事客运业务的外商投资企业，从事出租车、城市公共客运运输业务，不属于上述规定的企业所得税优惠的适用范围。
    新企业所得税法颁布后交通运输业税收优惠：
    新企业所得税法实施后，原有税收优惠相应取消，仅延续了民族自治地区政策，西部大开发的相关优惠规定，且政策口径有所变化：
   （1）民族自治地方
   《企业所得税法》第二十九条规定，民族自治地方的自治机关对本民族自治地方的企业应缴纳的企业所得税中属于地方分享的部分，可以决定减征或者免征。自治州、自治县决定减征或者免征的，须报省、自治区、直辖市人民政府批准。
   《企业所得税法实施条例》第九十四条规定，企业所得税法第二十九条所称民族自治地方，是指按照《中华人民共和国民族区域自治法》的规定，实行民族区域自治的自治区、自治州、自治县。
    对民族自治地方内国家限制和禁止行业的企业，不得减征或者免征企业所得税。
   （2）西部大开发优惠政策
   《国家税务总局关于执行西部大开发税收优惠政策有关问题的批复》（国税函[2009]411号）明确《财政部、国家税务总局、海关总署关于西部大开发税收优惠政策问题的通知》（财税[2001]202号）第二条第三款规定“新办交通企业是指投资新办从事公路、铁路、航空、港口、码头运营和管道运输的企业”中的交通企业，是指投资于上述设施建设项目并运营该项目取得经营收入的企业。
    交通运输业享受税收优惠的注意事项
    对于能开具抵扣功能的运输发票企业来说，其享受税收优惠，主要要对以下方面进行规范：
    一、对税收优惠要件的规范，包括对实际主营项目是否为交通运输行业，是否有交通运输工具，是否为新办等等；
    二、对开具发票真实性的规范，主要集中在对真实性的检查上，即是否存在这样的客户，客户是否需要类似的服务，相关报价是否合理等等；
    三、对企业是否存在避税行为的规范，是否存在利润转移，比如取得关联企业过高的付费，或者占用关联企业资源不进行付费等等。