营业税
根据《中华人民共和国营业税暂行条例》及国家税务总局关于印发《营业税税目注释（试行稿）》的通知（国税发[1993]149号）第七条规定，代理业属于服务业税目征收范围。因而，对于企业所取得的手续费返还收入，严格意义来讲应按服务业中的代理业缴纳营业税，实务处理中却常因该笔收入是从税务机关取得而模糊了征税概念。此外，国家税务总局《关于代扣代缴储蓄存款利息所得个人所得税手续费收入征免税问题的通知》（国税发[2001]31号）第一条规定，储蓄机构代扣代缴利息税取得的手续费收入，应缴纳营业税和企业所得税。但因该政策的适用主体是储蓄机构，因而，实际操作中各地并没有普遍对“三代”企业就此款项征收营业税，值得注意的是，目前也有部分省市对此行为已经作出征税规定，例如《广西壮族自治区地方税务局关于企业代扣代缴个人所得税取得手续费收入纳税问题的函》（桂地税函[2009]446号）明确规定，企业代扣代缴个人所得税取得手续费收入应缴纳营业税。从上述分析来看，企业取得代扣代缴手续费应该缴纳营业税。
个人所得税
对于代扣代缴个人所得税返还手续费的用途是有明确规定的：《财政部 国家税务总局 中国人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（财行[2005]365号）规定，“三代”单位取得手续费收入应单独核算并计入本单位收入，用于“三代”管理支出，也可以适当奖励相关工作人员。《个人所得税代扣代缴暂行办法》（国税发[1995]065号）规定，扣缴义务人可将其用于代扣代缴费用开支和奖励代扣代缴工作做得较好的办税人员。这两个规定明确了手续费返还收入应用于代扣代缴工作的管理性支出或奖励有关工作人员。
对于返还手续费在发放给个人时是否应该征收个人所得税？实践中通常是将所有发放给个人的手续费都作为免征个人所得税进行处理。
《财政部国家税务总局关于个人所得税若干政策问题的通知》（财税字[1994]20号）第二条规定，个人按规定取得的扣缴手续费暂免征收个人所得税。国家税务总局《关于代扣代缴储蓄 存款利息昕得个人所得税手续费收入征免税问题的通知》（国税发[2001]31号）第二条规定，储蓄机构内从事代扣代缴工作的办税人员取得的扣缴利息税手续费所得免征个人所得税。
上述规定足以说明对于免征个人所得税的手续费也应仅指办理代扣代缴手续的相关人员按规定所取得的扣缴手续费。而如果公司将此款项作为奖金或者集体福利性质奖励给非相关人员则应并入员工当期工资薪金计征个人所得税。也有部分省市对此作出明确规定，如：《重庆市地方税务局关于明确个人所得税有关政策问题的通知》（渝地税发[2007]263号）规定，个人办理代扣代缴税款手续，按规定取得的扣缴手续费暂免征收个人所得税。其免税范围界定为：发放给具体办税人员的手续费奖励暂免征收个人所得税，对扩大范围发放的手续费奖励，仍按税法规定缴纳个人所得税。
企业所得税
《中华人民共和国企业所得税法》第六条规定，企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，为收入总额。因而，对于企业取得的该项手续费返还收入应计入企业所得税收入中，对于用于该项工作的支出也同时计入到支出中，参与企业当年企业所得税汇算中。
